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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4tyu | ||||||
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タイトル | Homodimeric Single Domain Antibody (sdAb) against Staphylococcal enterotoxin B (SEB) | ||||||
![]() | Single Domain Antibody | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / Single domain antibody / camelid / v-set domain / amyloid like | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Legler, P.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and mutational analysis of a monomeric and dimeric form of a single domain antibody with implications for protein misfolding. 著者: George, J. / Compton, J.R. / Leary, D.H. / Olson, M.A. / Legler, P.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 45.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 440.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 441.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 14387.058 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.89 % / 解説: rod-shaped |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.1 詳細: 0.1 M citric acid pH 4.1, 1.6 M ammonium sulfate, 20 % glycerol PH範囲: 4.1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 150 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月12日 |
放射 | モノクロメーター: Bruker Helios Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.12→49.13 Å / Num. all: 16298 / Num. obs: 15098 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 6.45 % / Biso Wilson estimate: 9.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1387 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 12.74 |
反射 シェル | 解像度: 2.12→2.22 Å / 冗長度: 2.49 % / Rmerge(I) obs: 0.3649 / Mean I/σ(I) obs: 4.88 / % possible all: 60.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4DKA 解像度: 2.13→45.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.881 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.858 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.31 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.374 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.13→45.33 Å
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拘束条件 |
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