[日本語] English
万見
- PDB-4tx9: Crystal structure of HisAp from Streptomyces sviceus with degrade... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tx9
タイトルCrystal structure of HisAp from Streptomyces sviceus with degraded ProFAR
要素Phosphoribosyl isomerase A
キーワードISOMERASE / TIM-barrel / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylanthranilate isomerase / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase activity / phosphoribosylanthranilate isomerase activity / L-histidine biosynthetic process / tryptophan biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HisA/PriA, Actinobacteria / Histidine biosynthesis, HisA-like / HisA/PriA, bacterial-type / Histidine biosynthesis protein / Histidine biosynthesis protein / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMINOIMIDAZOLE 4-CARBOXAMIDE RIBONUCLEOTIDE / Phosphoribosyl isomerase A
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sviceus ATCC 29083 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Michalska, K. / Verduzco-Castro, E.A. / Endres, M. / Barona-Gomez, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094585 米国
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2016
タイトル: Co-occurrence of analogous enzymes determines evolution of a novel ( beta alpha )8-isomerase sub-family after non-conserved mutations in flexible loop.
著者: Verduzco-Castro, E.A. / Michalska, K. / Endres, M. / Juarez-Vazquez, A.L. / Noda-Garcia, L. / Chang, C. / Henry, C.S. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Barona-Gomez, F.
履歴
登録2014年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosyl isomerase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7424
ポリマ－26,2121
非ポリマー5303
水6,053336
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.546, 72.546, 143.286
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 Phosphoribosyl isomerase A / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase ...1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase / N-(5'-phosphoribosyl)anthranilate isomerase / Phosphoribosylformimino-5-aminoimidazole carboxamide ribotide isomerase


分子量: 26212.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sviceus ATCC 29083 (バクテリア)
遺伝子: priA, hisA, SSEG_10012 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold / 参照: UniProt: B5I4P8
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-AMZ / AMINOIMIDAZOLE 4-CARBOXAMIDE RIBONUCLEOTIDE / AICAR / AICAR


分子量: 338.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N4O8P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.92 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M imidazole/HCl, 0.4 M Na2HPO4/1.6 M K2HPO4, 10mg/ml protein, 2 mM ProFAR

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97927 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月11日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 51524 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 20.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 27.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1613)精密化
HKL-3000位相決定
HKL-3000データ収集
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
SHELXモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→26.84 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1805 1319 2.56 %random
Rwork0.1521 ---
obs0.1529 51456 99.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→26.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1819 0 32 336 2187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141930
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6212633
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.865704
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062305
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008345
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.660.26391470.22945457X-RAY DIFFRACTION99
1.66-1.740.25771330.20515468X-RAY DIFFRACTION100
1.74-1.830.21221570.17265487X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.940.20591410.15455504X-RAY DIFFRACTION100
1.94-2.090.17761480.1495516X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.30.17891350.13645571X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.640.16541420.14435602X-RAY DIFFRACTION100
2.64-3.320.17971490.15635658X-RAY DIFFRACTION100
3.32-26.840.16531670.14255874X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4301-0.35050.22142.58580.32761.77860.2206-0.5018-0.65320.7067-0.17450.00780.31780.2948-0.11310.3179-0.0701-0.07080.25430.04560.235135.82154.370231.7763
21.55070.44730.3383.504-0.06081.63380.02250.2291-0.1095-0.17680.002-0.0706-0.04840.0775-0.02520.1085-0.0019-0.01910.1809-0.03460.094335.430415.149814.4254
35.88674.4703-1.0933.4889-1.45274.1893-0.30350.58950.3573-0.37870.41780.9132-0.1603-0.6204-0.1170.15940.0206-0.04630.2855-0.03360.221723.708917.397211.2596
42.1088-0.57330.21062.26280.45861.4264-0.0142-0.0441-0.02790.0053-0.1320.19690.0004-0.22860.15480.101-0.0148-0.01750.2064-0.03970.16622.794919.109622.9515
55.37610.6402-0.02573.0984-0.24762.2446-0.1684-0.4756-0.07960.1243-0.02990.4852-0.0373-0.55350.17990.1293-0.00730.00480.2871-0.0750.184721.225222.290231.2096
64.46290.45733.29194.66770.72186.4739-0.17830.14410.3625-0.20410.0346-0.0339-0.3433-0.03130.14720.1625-0.0211-0.0360.13980.00020.182836.77230.757327.9555
71.92793.9028-0.36217.9013-0.78985.73650.2472-0.66770.62080.5237-0.32290.6463-0.4142-0.54310.13730.2192-0.00960.02160.2636-0.08320.209329.331126.817540.2765
81.43650.2177-0.06291.90840.63942.17440.0633-0.0586-0.15530.21090.0207-0.16910.18790.0667-0.06230.1425-0.0144-0.04060.1392-0.00730.15340.426411.660430.2264
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 16 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 62 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 63 through 77 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 78 through 114 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 115 through 135 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 136 through 151 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 152 through 162 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 163 through 245 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る