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万見
- PDB-4tx2: Crystal structure of the X-domain from teicoplanin biosynthesis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tx2
タイトルCrystal structure of the X-domain from teicoplanin biosynthesis
要素Non-ribosomal peptide synthetase
キーワードPROTEIN BINDING / non-ribosomal peptide synthetase / condensation type domain / teicoplanin biosynthesis / oxygenase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


amide biosynthetic process / : / : / secondary metabolite biosynthetic process / lipid biosynthetic process / phosphopantetheine binding / catalytic activity
類似検索 - 分子機能
Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Thioesterase / Thioesterase domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain ...Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Thioesterase / Thioesterase domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-ribosomal peptide synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Actinoplanes teichomyceticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Peschke, M. / Haslinger, K. / Cryle, M.J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationEmmy-Noether Program, CR 392/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: X-domain of peptide synthetases recruits oxygenases crucial for glycopeptide biosynthesis.
著者: Haslinger, K. / Peschke, M. / Brieke, C. / Maximowitsch, E. / Cryle, M.J.
履歴
登録2014年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Database references
改定 1.22015年5月13日Group: Database references
改定 2.02017年9月6日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Refinement description
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact / software
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Non-ribosomal peptide synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4361
ポリマ－53,4361
非ポリマー00
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area20300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.990, 134.990, 54.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Non-ribosomal peptide synthetase


分子量: 53435.977 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1047-1511 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinoplanes teichomyceticus (バクテリア)
遺伝子: tcp12 / プラスミド: pET24d / 詳細 (発現宿主): GB1 fusion protein / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q70AZ6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM Bis-Tris, 200 mM (NH4)2SO4, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→48 Å / Num. obs: 12768 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 20.5 % / Biso Wilson estimate: 42.4 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rrim(I) all: 0.122 / Χ2: 0.914 / Net I/σ(I): 24.31 / Num. measured all: 261201
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.9-3.20.9830.3629.0967705322932270.37199.9
3.2-3.40.9930.21914.3231216157715760.22599.9
3.4-3.60.9960.16119.1624645121112110.166100
3.6-3.70.9970.14122.5115405395390.145100
3.7-3.80.9980.12225.0196674634630.125100
3.8-3.90.9980.11126.7288934264260.114100
3.9-40.9980.10928.2881383853850.111100
4-4.10.9980.09330.6371383463460.096100
4.1-4.20.9990.09132.364003183170.09499.7
4.2-4.30.9980.09331.8856652832830.096100
4.3-4.50.9990.0835.4298425035030.082100
4.5-50.9990.07538.12193049339330.077100
5-60.9990.08533.8321858105610560.087100
6-80.9990.07736.33167528558550.079100
8-1010.04657.1761643053050.047100
10-200.9990.04162.5654812992990.042100
2010.03570.7779349440.03689.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JGP

2jgp


解像度: 2.9→44.186 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2508 639 5.01 %Random Selection
Rwork0.1922 12115 --
obs0.1951 12754 99.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 103.88 Å2 / Biso mean: 30.6939 Å2 / Biso min: 3.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→44.186 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3519 0 0 18 3537
Biso mean---24.85 -
残基数----452
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023587
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5924885
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.022559
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003656
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1141338
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.9001-3.1240.3481260.258923852511
3.124-3.43820.28571260.231824062532
3.4382-3.93550.26341280.199124262554
3.9355-4.95730.22541270.158224082535
4.9573-44.1910.20651320.17224902622

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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