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万見
- PDB-4tv0: Drosophila stem-loop binding protein complexed with histone mRNA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tv0
タイトルDrosophila stem-loop binding protein complexed with histone mRNA stem-loop, Selenomethionine derivative
要素
  • Histone RNA hairpin-binding protein
  • RNA (26-MER)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / SLBP / histone mRNA stem-loop / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / histone pre-mRNA stem-loop binding / RNA Polymerase II Transcription Termination / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / histone pre-mRNA 3'end processing complex / mitotic chromosome condensation / sequence-specific mRNA binding / mRNA transport / RNA stem-loop binding ...SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / histone pre-mRNA stem-loop binding / RNA Polymerase II Transcription Termination / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / histone pre-mRNA 3'end processing complex / mitotic chromosome condensation / sequence-specific mRNA binding / mRNA transport / RNA stem-loop binding / mRNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histone RNA stem-loop-binding protein SLBP1/SLBP2 / Histone RNA hairpin-binding protein, RNA-binding domain / SLBP, RNA-binding domain superfamily / Histone RNA hairpin-binding protein RNA-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Histone RNA hairpin-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.601 Å
データ登録者Zhang, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIEHS(T.M.T.H) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Molecular mechanisms for the regulation of histone mRNA stem-loop-binding protein by phosphorylation.
著者: Zhang, J. / Tan, D. / DeRose, E.F. / Perera, L. / Dominski, Z. / Marzluff, W.F. / Tong, L. / Hall, T.M.
履歴
登録2014年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone RNA hairpin-binding protein
B: RNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3854
ポリマ－19,3052
非ポリマー802
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area7360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.929, 103.929, 103.929
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

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要素

#1: タンパク質 Histone RNA hairpin-binding protein / Histone stem-loop-binding protein


分子量: 11010.641 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 184-276 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Slbp, CG11886 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VAN6
#2: RNA鎖 RNA (26-MER)


分子量: 8293.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 16% (wt/vol) PEG3350, 0.2 M Ca(Ac)2, 50 mM cacodylic acid, pH 6.5
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月7日
放射モノクロメーター: double crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 11133 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 23.8 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 26.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8_1069) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.601→30.002 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2845 604 9.97 %
Rwork0.2496 --
obs0.253 11120 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.601→30.002 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数380 540 2 0 922
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007992
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1571454
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.786462
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065179
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00791
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.601-2.7190.41941380.3781219X-RAY DIFFRACTION98
2.719-2.86220.3671430.37161254X-RAY DIFFRACTION100
2.8622-3.04140.37651410.3181258X-RAY DIFFRACTION100
3.0414-3.27590.35821370.27621248X-RAY DIFFRACTION100
3.2759-3.60510.2871330.24311261X-RAY DIFFRACTION100
3.6051-4.12560.25841400.20311252X-RAY DIFFRACTION100
4.1256-5.19340.23121440.22421261X-RAY DIFFRACTION100
5.1934-30.00370.27461330.25091258X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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