[日本語] English
万見
- PDB-4tut: Structure of a Prion peptide -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tut
タイトルStructure of a Prion peptide
要素Prion peptide: GLY-GLY-TYR-MET-LEU-GLY
キーワードMEMBRANE PROTEIN / DE NOVO PROTEIN / prion peptide
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.9 Å
データ登録者Yu, L. / Lee, S.-J. / Yee, V.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Crystal Structures of Polymorphic Prion Protein beta 1 Peptides Reveal Variable Steric Zipper Conformations.
著者: Yu, L. / Lee, S.J. / Yee, V.C.
履歴
登録2014年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月1日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / pdbx_entity_src_syn ...citation / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Experimental preparation
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / exptl_crystal
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _exptl_crystal.density_Matthews

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Prion peptide: GLY-GLY-TYR-MET-LEU-GLY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5971
ポリマ－5971
非ポリマー00
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)10.395, 9.731, 17.382
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.940, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細biological unit is the same as asym.

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Prion peptide: GLY-GLY-TYR-MET-LEU-GLY


分子量: 596.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.42 Å3/Da
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 1.3 M sodium acetate, and 25 % ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.72932 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.72932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.9→50 Å / Num. obs: 1862 / % possible obs: 71.4 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 1.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1.019 / Net I/av σ(I): 20.908 / Net I/σ(I): 27.4 / Num. measured all: 7403
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
0.9-0.931.90.068821.04732.3
0.93-0.972.40.071301.05548.3
0.97-1.012.80.0681351.03556.5
1.01-1.073.10.071651.02864.5
1.07-1.133.60.062021.02777.7
1.13-1.223.90.0592091.01980.4
1.22-1.344.20.0682121.02180.3
1.34-1.544.50.0682301.04187.1
1.54-1.944.90.0672370.96890.5
1.94-505.40.0672601.02792.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-3000データ削減
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.9→9.996 Å / SU ML: 0.03 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.32 / 位相誤差: 6.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.098 80 4.3 %Random selection
Rwork0.07 1780 --
obs0.0712 1860 71.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 12.32 Å2 / Biso mean: 2.497 Å2 / Biso min: 1.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 0.9→9.996 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数41 0 0 5 46
Biso mean---7.7 -
残基数----6
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00741
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.36553
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0584
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.017
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.07414
LS精密化 シェル最高解像度: 0.8996 Å / Total num. of bins used: 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.098 80 -
Rwork0.07 1780 -
all-1860 -
obs--71 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る