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- PDB-4tug: Crystal structure of MjMre11-DNA2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tug
タイトルCrystal structure of MjMre11-DNA2 complex
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*AP*GP*C)-3')
  • DNA double-strand break repair protein Mre11
キーワードDNA binding protein/DNA / Nuclease / DNA binding protein-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA exonuclease activity / DNA end binding / Y-form DNA binding / 3'-5' exonuclease activity / double-strand break repair / manganese ion binding / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Double Stranded RNA Binding Domain - #600 / Mre11 C-terminal Rad50-binding domain / DNA double-strand break repair protein Mre11, archaea-type / : / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like ...Double Stranded RNA Binding Domain - #600 / Mre11 C-terminal Rad50-binding domain / DNA double-strand break repair protein Mre11, archaea-type / : / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Double Stranded RNA Binding Domain / 4-Layer Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA double-strand break repair protein Mre11
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.55 Å
データ登録者Sung, S. / Cho, Y.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2014
タイトル: DNA end recognition by the Mre11 nuclease dimer: insights into resection and repair of damaged DNA.
著者: Sung, S. / Li, F. / Park, Y.B. / Kim, J.S. / Kim, A.K. / Song, O.K. / Kim, J. / Che, J. / Lee, S.E. / Cho, Y.
履歴
登録2014年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月29日Group: Database references
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA double-strand break repair protein Mre11
A: DNA double-strand break repair protein Mre11
B: DNA double-strand break repair protein Mre11
D: DNA double-strand break repair protein Mre11
E: DNA double-strand break repair protein Mre11
F: DNA double-strand break repair protein Mre11
G: DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*AP*GP*C)-3')
H: DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,35520
ポリマ－247,0648
非ポリマー29212
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12780 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area90370 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)91.530, 185.624, 106.212
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
DNA double-strand break repair protein Mre11


分子量: 39704.672 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 1-333 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: mre11, MJ1323 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58719
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*AP*GP*C)-3')


分子量: 4314.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*CP*A)-3')


分子量: 4520.935 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.55→50 Å / Num. obs: 41919 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / Net I/σ(I): 13.3

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8_1069) / 分類: 精密化
精密化解像度: 3.55→42.422 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2358 1996 5.05 %
Rwork0.1842 --
obs0.1868 39540 94.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.55→42.422 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15480 592 12 20 16104
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00916516
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16322291
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6016424
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0772357
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042751
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.55-3.64340.3431680.23111531X-RAY DIFFRACTION53
3.6434-3.74180.26171230.22072093X-RAY DIFFRACTION75
3.7418-3.85190.26341460.19492651X-RAY DIFFRACTION93
3.8519-3.97610.23821550.19322781X-RAY DIFFRACTION98
3.9761-4.11810.25591220.17652838X-RAY DIFFRACTION99
4.1181-4.28280.22951500.16892825X-RAY DIFFRACTION100
4.2828-4.47760.22731470.16062831X-RAY DIFFRACTION100
4.4776-4.71330.2451560.16012842X-RAY DIFFRACTION100
4.7133-5.00820.21961400.15772867X-RAY DIFFRACTION100
5.0082-5.39420.19211790.16032829X-RAY DIFFRACTION100
5.3942-5.93570.23841530.17982845X-RAY DIFFRACTION100
5.9357-6.79160.24361390.20382868X-RAY DIFFRACTION100
6.7916-8.54520.25611530.20422877X-RAY DIFFRACTION100
8.5452-42.42470.21981650.19932866X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6192-0.8702-0.87323.56631.10522.90660.2585-0.4573-0.66860.82710.1494-0.06950.3918-0.2717-0.11520.90450.1108-0.02211.0369-0.07670.886146.905417.576735.9608
23.93240.95691.07422.09-0.33053.2102-0.08780.34120.0977-0.177-0.07150.2768-0.2734-0.4631-0.0450.80280.2878-0.08550.9614-0.16840.740542.610424.565122.8238
30.2798-0.5044-0.72770.6210.7554.1028-0.21240.2508-0.4004-0.04270.00420.17680.1393-0.4545-0.02181.0629-0.02180.01371.1777-0.00930.988732.2519.303151.3223
43.2987-0.97380.47050.99121.36253.97170.2678-0.05320.41050.0381-0.1592-0.0065-0.37670.1418-0.05930.8051-0.1482-0.0640.93890.13490.958339.306843.359183.5737
52.8961-0.0523-0.10142.16871.23882.67490.01020.18170.0199-0.10950.1608-0.472-0.0060.72-0.0320.7824-0.07920.06680.9170.10940.872941.650937.727177.8813
60.5699-0.1633-0.69361.4241-0.47643.1543-0.3862-0.01180.27140.3490.2208-0.2909-0.46220.61940.05690.9724-0.1166-0.09270.99860.0170.92342.940542.0129107.18
73.4770.26050.16721.02241.08323.46520.31760.22380.42450.393-0.4493-0.19530.4210.01920.04880.6978-0.14280.07840.9854-0.1430.96326.007228.452974.2776
82.4028-0.2602-0.26612.02950.69863.4493-0.00840.0165-0.07250.0593-0.1780.4119-0.13-0.9740.09430.73390.0035-0.04921.06880.02060.78481.261337.367378.213
94.14520.74580.5942.2070.37244.62290.38670.0721-0.97750.7204-0.63480.86660.1318-1.2373-0.08691.11480.0119-0.06011.6362-0.30511.6203-5.670127.054570.5833
101.5262-0.5099-0.45532.11950.27341.14040.13180.0446-0.9133-0.056-0.06980.23851.2212-0.6894-0.09891.8942-0.4276-0.14881.1476-0.13391.5395.25924.638872.1044
116.397-2.4402-0.13165.12420.60034.11970.26120.8565-0.0252-0.5372-0.38920.235-0.24950.8112-0.17780.8711-0.0604-0.11161.2453-0.0890.970178.980733.159432.7592
123.19220.28151.55181.989-0.40633.73980.10430.1782-0.0131-0.16690.0782-0.29220.34550.4525-0.13340.90990.1515-0.05221.0127-0.13890.754175.685924.776733.1998
136.8068-3.5303-3.07473.65875.47669.7650.3841-1.4339-0.7110.8528-0.2068-0.33850.39120.2844-0.17141.20330.0093-0.25651.24170.00381.064983.415920.349454.5105
142.69930.63680.4031.4199-0.4343.98160.06720.32770.00870.2134-0.2582-0.5103-0.34511.2212-0.08980.85660.0135-0.1251.2901-0.02310.918587.880131.979943.605
151.63041.1060.37790.86620.47212.6041-0.29550.92471.0662-0.3417-0.1354-0.6762-0.18680.8706-0.16641.1088-0.0713-0.03261.47680.10531.262189.760837.982531.4951
163.97490.01940.10880.6386-1.13992.04170.06480.42280.09930.3576-0.1758-0.184-1.1520.6259-0.1671.6471-0.0531-0.13771.65710.17671.91883.035160.926825.0958
170.0978-0.2836-0.06072.2540.58990.14690.74890.32231.38980.1105-0.00090.1435-0.8233-0.4103-0.0222.4098-0.027-0.15291.50490.15971.9772.98163.999231.3165
183.5716-0.5183-0.79921.147-0.84953.03240.7116-0.6220.11150.2491-0.20310.8686-0.1361-0.06910.02281.1465-0.20330.22090.90460.00731.48586.975577.1891102.3534
192.9530.8302-0.27293.4652-1.90841.47110.1319-0.09360.99350.4051-0.08290.8288-0.42340.0606-0.00871.1006-0.1990.25020.737-0.1041.600292.366790.085997.4782
203.4604-1.65630.05135.32460.46373.12970.1414-0.15330.50340.43030.01710.4407-0.1690.489-0.16481.0193-0.15260.07030.7215-0.03240.8315101.671354.181995.633
213.03791.13561.86152.8323-0.26041.7411-0.65530.00582.7669-0.36740.2380.70160.0462-0.1614-0.02740.7654-0.225-0.0020.66290.1032.41753.689676.146889.2814
221.59640.08241.181.10660.27680.9105-0.31960.79250.687-0.3617-0.10510.2986-0.5771-0.24580.13531.60780.2364-0.10431.14310.43162.366444.587484.481779.2814
230.03510.0314-0.06250.0041-0.030.055-0.09090.1864-0.0495-0.4249-0.1579-0.0639-0.1480.24650.05343.2227-0.2595-0.03672.33740.632.126258.046689.366655.7455
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 0 through 39 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 40 through 227 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 228 through 312 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid -3 through 18 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 19 through 227 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 228 through 313 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 18 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 19 through 210 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 211 through 235 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 236 through 306 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 0 through 18 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 19 through 129 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 130 through 147 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 148 through 219 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 220 through 256 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 257 through 274 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 275 through 306 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid -2 through 39 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 40 through 244 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 245 through 311 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid -1 through 227 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 228 through 256 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 257 through 303 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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