PDB-4tti: Crystal structure of double mutant E. Coli purine nucleoside phos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4tti

タイトル

Crystal structure of double mutant E. Coli purine nucleoside phosphorylase with 4 FMC molecules

要素

Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type

キーワード

TRANSFERASE / Purine nucleoside phosphorylase / formicyn A

機能・相同性

機能・相同性情報

purine nucleoside interconversion / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine nucleoside catabolic process / purine-nucleoside phosphorylase activity / DNA damage response / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Stefanic, Z. / Bzowska, A.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Crystallographic snapshots of ligand binding to hexameric purine nucleoside phosphorylase and kinetic studies give insight into the mechanism of catalysis.
著者: Stefanic, Z. / Narczyk, M. / Mikleusevic, G. / Kazazic, S. / Bzowska, A. / Luic, M.

履歴

登録	2014年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月16日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2018年10月31日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2018年11月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / entity_src_nat / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _entity.src_method / _entity_name_com.name ..._entity.src_method / _entity_name_com.name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4tti.cif.gz	305.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4tti.ent.gz	244.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4tti.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/4tti ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/4tti	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ts3C 4ts9C 4ttaC 4ttjC 1k9sS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1k9s-d 4ts9-1 4ts3-d 1a69-1 3ut6-1 4d98-1 3of3-1 3ooe-d 3ooh-1 5mx8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type

B: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type

C: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type

D: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type

E: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type

F: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type

ヘテロ分子

156 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.933, 124.174, 189.436
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The biological assembly is a hexamer. One hexamer is found in asymmetric unit.

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type / PNP / Inosine phosphorylase 分子量: 25591.508 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: deoD, pup, b4384, JW4347 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABP8, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-FMC / (1S)-1-(7-amino-1H-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-3-yl)-1,4-anhydro-D-ribitol / ホルマイシンA 分子量: 267.241 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₄
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.8 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 / 詳細: 50 mM citric buffer, 34 % ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM14 / 波長: 0.97977 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97977 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.89→47.8 Å / Num. all: 757830 / Num. obs: 116237 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 26.915 Å² / R_merge F obs: 0.259 / R_merge(I) obs: 0.169 / R_rim(I) all: 0.184 / Net I/σ(I): 10.89 / Num. measured all: 757830

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	Diffraction-ID	% possible all
1.89-2		1.41	1.212	1.2	75273	18822	17364	1.368	1	92.3
2-2.14		0.743	0.855	2.3	112716	17675	17664	0.93		99.9
2.14-2.31		0.483	0.573	3.5	108913	16495	16491	0.622		100
2.31-2.53		0.318	0.386	5.3	103830	15199	15195	0.417		100
2.53-2.83		0.208	0.254	8	97780	13857	13855	0.274		100
2.83-3.27		0.115	0.146	13.8	89149	12254	12252	0.157		100
3.27-4		0.054	0.074	25.8	76986	10421	10421	0.08		100
4-5.64		0.032	0.046	37.9	59919	8216	8216	0.05		100
	5.64	0.026	0.034	43.3	33264	4794	4779	0.037		99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1k9s

1k9s

解像度: 1.89→47.7 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2103	5807	5 %	random
R_work	0.1666	110329	-	-
obs	0.1688	116136	98.76 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 94.2 Å² / B_iso mean: 21.377 Å² / B_iso min: 6.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→47.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10624	0	131	1247	12002

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	11042
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.168	14922
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	1703
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1911
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.178	4038

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8903-1.9118	0.3859	131	0.3548	2490	2621	68
1.9118-1.9343	0.3389	189	0.3159	3591	3780	97
1.9343-1.9579	0.3	189	0.2624	3594	3783	99
1.9579-1.9827	0.2942	194	0.249	3683	3877	99
1.9827-2.0088	0.2903	195	0.2368	3695	3890	100
2.0088-2.0363	0.2532	193	0.2191	3668	3861	100
2.0363-2.0654	0.2575	196	0.2073	3722	3918	100
2.0654-2.0962	0.2478	191	0.205	3640	3831	100
2.0962-2.129	0.2696	194	0.1982	3677	3871	100
2.129-2.1639	0.2455	194	0.1949	3684	3878	100
2.1639-2.2012	0.2571	195	0.1864	3702	3897	100
2.2012-2.2412	0.25	194	0.1845	3684	3878	100
2.2412-2.2843	0.2345	195	0.1725	3707	3902	100
2.2843-2.331	0.2161	194	0.1673	3684	3878	100
2.331-2.3816	0.2299	195	0.1619	3708	3903	100
2.3816-2.437	0.1999	194	0.1655	3704	3898	100
2.437-2.498	0.2244	194	0.1647	3685	3879	100
2.498-2.5655	0.2593	196	0.1629	3713	3909	100
2.5655-2.641	0.2094	195	0.158	3705	3900	100
2.641-2.7262	0.212	196	0.1488	3731	3927	100
2.7262-2.8237	0.2318	197	0.1541	3737	3934	100
2.8237-2.9367	0.199	195	0.1525	3702	3897	100
2.9367-3.0703	0.1883	197	0.1517	3736	3933	100
3.0703-3.2322	0.1763	196	0.1431	3737	3933	100
3.2322-3.4346	0.1775	198	0.1301	3764	3962	100
3.4346-3.6997	0.1605	196	0.1254	3733	3929	100
3.6997-4.0719	0.1371	200	0.1244	3794	3994	100
4.0719-4.6606	0.1348	199	0.1152	3798	3997	100
4.6606-5.8702	0.2153	203	0.1585	3849	4052	100
5.8702-47.8503	0.2101	212	0.1889	4012	4224	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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