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- PDB-4tth: Crystal structure of a CDK6/Vcyclin complex with inhibitor bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tth
タイトルCrystal structure of a CDK6/Vcyclin complex with inhibitor bound
要素
  • Cyclin homolog
  • Cyclin-dependent kinase 6
キーワードTRANSFERASE/CELL CYCLE/INHIBITOR / Kinase / TRANSFERASE-CELL CYCLE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin D2-CDK6 complex / cyclin D3-CDK6 complex / cyclin D1-CDK6 complex / cell dedifferentiation / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / FBXO family protein binding / lateral ventricle development / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression ...cyclin D2-CDK6 complex / cyclin D3-CDK6 complex / cyclin D1-CDK6 complex / cell dedifferentiation / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / FBXO family protein binding / lateral ventricle development / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / negative regulation of myeloid cell differentiation / type B pancreatic cell development / negative regulation of monocyte differentiation / dentate gyrus development / astrocyte development / regulation of cell motility / gliogenesis / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / positive regulation of cell-matrix adhesion / generation of neurons / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / negative regulation of cell cycle / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of cell differentiation / negative regulation of osteoblast differentiation / hematopoietic stem cell differentiation / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Notch signaling pathway / ruffle / cyclin binding / regulation of erythrocyte differentiation / G1/S transition of mitotic cell cycle / Oncogene Induced Senescence / response to virus / positive regulation of fibroblast proliferation / negative regulation of epithelial cell proliferation / Cyclin D associated events in G1 / T cell differentiation in thymus / regulation of gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / regulation of cell cycle / negative regulation of cell population proliferation / cell division / protein serine kinase activity / centrosome / DNA damage response / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclin domain, herpesvirus / Herpesviridae viral cyclin / Cyclin, herpesvirus / Cyclin-dependent kinase 6 / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal ...Cyclin domain, herpesvirus / Herpesviridae viral cyclin / Cyclin, herpesvirus / Cyclin-dependent kinase 6 / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-24V / Cyclin-dependent kinase 6 / Cyclin homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Saimiriine herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Piper, D.E. / Walker, N. / Wang, Z.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Discovery of AMG 925, a FLT3 and CDK4 dual kinase inhibitor with preferential affinity for the activated state of FLT3.
著者: Li, Z. / Wang, X. / Eksterowicz, J. / Gribble, M.W. / Alba, G.Q. / Ayres, M. / Carlson, T.J. / Chen, A. / Chen, X. / Cho, R. / Connors, R.V. / DeGraffenreid, M. / Deignan, J.T. / Duquette, J. ...著者: Li, Z. / Wang, X. / Eksterowicz, J. / Gribble, M.W. / Alba, G.Q. / Ayres, M. / Carlson, T.J. / Chen, A. / Chen, X. / Cho, R. / Connors, R.V. / DeGraffenreid, M. / Deignan, J.T. / Duquette, J. / Fan, P. / Fisher, B. / Fu, J. / Huard, J.N. / Kaizerman, J. / Keegan, K.S. / Li, C. / Li, K. / Li, Y. / Liang, L. / Liu, W. / Lively, S.E. / Lo, M.C. / Ma, J. / McMinn, D.L. / Mihalic, J.T. / Modi, K. / Ngo, R. / Pattabiraman, K. / Piper, D.E. / Queva, C. / Ragains, M.L. / Suchomel, J. / Thibault, S. / Walker, N. / Wang, X. / Wang, Z. / Wanska, M. / Wehn, P.M. / Weidner, M.F. / Zhang, A.J. / Zhao, X. / Kamb, A. / Wickramasinghe, D. / Dai, K. / McGee, L.R. / Medina, J.C.
履歴
登録2014年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2014年8月6日ID: 4P41
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin homolog
B: Cyclin-dependent kinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,0673
ポリマ－65,6532
非ポリマー4151
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area20960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.100, 71.100, 448.995
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Cyclin homolog / V-cyclin


分子量: 28665.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saimiriine herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
株: 11 / 遺伝子: 72, ECLF2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q01043
#2: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 6 / Cell division protein kinase 6 / Serine/threonine-protein kinase PLSTIRE


分子量: 36987.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK6, CDKN6 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q00534, cyclin-dependent kinase
#3: 化合物 ChemComp-24V / 9-cyclopentyl-N-(5-piperazin-1-ylpyridin-2-yl)pyrido[4,5]pyrrolo[1,2-d]pyrimidin-2-amine / N-(5-ピペラジノ-2-ピリジニル)-9-シクロペンチル-9H-ピリド[4′,3′:4,5]ピロロ[2,3-d]ピリ(以下略)


分子量: 414.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H26N8
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10 mM TRIS pH 7.9, 100 mM calcium acetate, 10 mM DTT, 8-12% PEG 3350, 100 mM NDSB-201

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→19.68 Å / Num. obs: 16125 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11.8 % / Net I/σ(I): 28
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2EUF

2euf


解像度: 2.9→19.68 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3366 805 5.03 %Random selection
Rwork0.2346 ---
obs0.2396 16018 99.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3865 0 31 10 3906
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093972
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3165405
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2231441
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081657
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005666
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.08120.40591360.27862462X-RAY DIFFRACTION100
3.0812-3.3180.40931360.27862417X-RAY DIFFRACTION100
3.318-3.650.34881310.24652481X-RAY DIFFRACTION100
3.65-4.17380.32251480.21982509X-RAY DIFFRACTION100
4.1738-5.2420.31191310.22882563X-RAY DIFFRACTION100
5.242-19.68040.32971230.22662781X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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