ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | (phenix.refine: 1.5_2)位相決定 | PHENIX | (phenix.refine: 1.5_2)精密化 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→19.625 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.92 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2423 | 1087 | 5.01 % |
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Rwork | 0.19 | - | - |
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obs | 0.1925 | 21679 | 99.86 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.646 Å2 / ksol: 0.373 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | | Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -5.1516 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -5.1516 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | 10.3032 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.625 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3416 | 0 | 61 | 156 | 3633 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.007 | 3552 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.06 | 4840 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d16.986 | 1314 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.069 | 560 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 590 | | | | | |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID | Dom-ID | Auth asym-ID | 数 | Refine-ID | タイプ | Rms dev position (Å) |
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1 | 1 | A1624 | X-RAY DIFFRACTION | POSITIONAL | 1 | 2 | B1624 | X-RAY DIFFRACTION | POSITIONAL0.05 | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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2.4001-2.5092 | 0.2779 | 132 | 0.2209 | 2535 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.5092-2.6411 | 0.28 | 119 | 0.2176 | 2600 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.6411-2.8062 | 0.2593 | 141 | 0.2194 | 2526 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.8062-3.0221 | 0.2903 | 134 | 0.2179 | 2558 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.0221-3.3249 | 0.2595 | 139 | 0.2068 | 2556 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.3249-3.803 | 0.2488 | 139 | 0.1834 | 2580 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.803-4.7799 | 0.1961 | 130 | 0.1551 | 2598 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 4.7799-19.6261 | 0.2067 | 153 | 0.1613 | 2639 | X-RAY DIFFRACTION | 100 |
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