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- PDB-4tri: X-ray crystal structure of CYP142A2 from Mycobacterium smegmatis,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tri
タイトルX-ray crystal structure of CYP142A2 from Mycobacterium smegmatis, complexed with cholesterol sulfate.
要素P450 heme-thiolate protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / cholesterol sulfate / ligand bound
機能・相同性
機能・相同性情報


cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25R)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLEST-5-EN-3-YL HYDROGEN SULFATE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Steroid C26-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Madrona, Y. / Ortiz de Montellano, P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Cholesterol ester oxidation by mycobacterial cytochrome p450.
著者: Frank, D.J. / Madrona, Y. / Ortiz de Montellano, P.R.
履歴
登録2014年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22014年11月19日Group: Database references
改定 1.32015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.42017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P450 heme-thiolate protein
B: P450 heme-thiolate protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,9118
ポリマ－91,5602
非ポリマー2,3516
水12,935718
1
A: P450 heme-thiolate protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9554
ポリマ－45,7801
非ポリマー1,1753
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: P450 heme-thiolate protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9554
ポリマ－45,7801
非ポリマー1,1753
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.455, 96.140, 145.888
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 P450 heme-thiolate protein


分子量: 45780.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_5918 / プラスミド: pCWori / 詳細 (発現宿主): c-terminal His tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0R4Q6
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-C3S / CHOLEST-5-EN-3-YL HYDROGEN SULFATE / CHOLESTEROL-SULFATE


分子量: 466.717 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O4S
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 718 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.74 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20-28% PEG 3350, 50mM NaCl, 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: R-AXIS IV, In-house data collection
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年5月15日
放射モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 55973 / Num. obs: 53177 / % possible obs: 94.15 % / Observed criterion σ(F): 0.02 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 16.8

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化解像度: 2→29.055 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 23.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2133 2788 4.98 %Random selection
Rwork0.1626 ---
obs0.1651 55965 94.15 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.055 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6275 0 162 718 7155
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076610
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1659009
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3122463
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043994
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051177
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.997-2.03140.28261230.21242366X-RAY DIFFRACTION85
2.0314-2.06830.32991310.21522567X-RAY DIFFRACTION93
2.0683-2.10810.26491170.19712633X-RAY DIFFRACTION93
2.1081-2.15110.28931100.1892610X-RAY DIFFRACTION93
2.1511-2.19790.26391450.18152613X-RAY DIFFRACTION93
2.1979-2.2490.22581470.17852571X-RAY DIFFRACTION94
2.249-2.30520.26971680.17552588X-RAY DIFFRACTION94
2.3052-2.36750.23571500.16342649X-RAY DIFFRACTION94
2.3675-2.43710.26031210.17242653X-RAY DIFFRACTION94
2.4371-2.51570.26881490.18252623X-RAY DIFFRACTION94
2.5157-2.60560.23671540.17152647X-RAY DIFFRACTION95
2.6056-2.70980.24861200.17812675X-RAY DIFFRACTION95
2.7098-2.83310.22461580.17512693X-RAY DIFFRACTION95
2.8331-2.98230.21961350.17762676X-RAY DIFFRACTION95
2.9823-3.16890.22561440.17212698X-RAY DIFFRACTION96
3.1689-3.41330.21681410.17292722X-RAY DIFFRACTION95
3.4133-3.75610.21621470.15042684X-RAY DIFFRACTION95
3.7561-4.29810.17041450.13722777X-RAY DIFFRACTION96
4.2981-5.40950.13541520.12872804X-RAY DIFFRACTION97
5.4095-29.05850.18551310.15242928X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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