PDB-4tr9: Ternary co-crystal structure of fructose-bisphosphate aldolase fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4tr9

タイトル

Ternary co-crystal structure of fructose-bisphosphate aldolase from Plasmodium falciparum in complex with TRAP and a small molecule inhibitor

要素

ALA-ALA-ALA-SER-LEU-TYR-GLU-LYS-LYS-ALA-ALA
ALA-ALA-SER-LEU-TYR-GLU-LYS-LYS-ALA-ALA
ASP-TRP-ASN
Fructose-bisphosphate aldolase

キーワード

Lyase/Lyase Inhibitor / Lyase-Lyase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Fructose catabolism / Platelet degranulation / Gluconeogenesis / Glycolysis / microneme / Neutrophil degranulation / symbiont entry into host / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / actin polymerization or depolymerization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.111 Å

データ登録者

Bosch, G. / Weltzer, R. / O'Malley, K. / Bosch, J.

引用

ジャーナル: Malar.J. / 年: 2015
タイトル: Inhibition by stabilization: targeting the Plasmodium falciparum aldolase-TRAP complex.
著者: Nemetski, S.M. / Cardozo, T.J. / Bosch, G. / Weltzer, R. / O'Malley, K. / Ejigiri, I. / Kumar, K.A. / Buscaglia, C.A. / Nussenzweig, V. / Sinnis, P. / Levitskaya, J. / Bosch, J.

履歴

登録	2014年6月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月2日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4tr9.cif.gz	564.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4tr9.ent.gz	470.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4tr9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/4tr9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/4tr9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2pc4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tle-d 1qo5-5 5tlz-d 3dfp-d 1a5c-1 1qo5-2 1j4e-d 1f2j-1 3dfn-d 1xfb-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (5) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (5) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Fructose-bisphosphate aldolase

B: Fructose-bisphosphate aldolase

C: Fructose-bisphosphate aldolase

D: Fructose-bisphosphate aldolase

E: ALA-ALA-SER-LEU-TYR-GLU-LYS-LYS-ALA-ALA

G: ALA-ALA-ALA-SER-LEU-TYR-GLU-LYS-LYS-ALA-ALA

H: ASP-TRP-ASN

I: ASP-TRP-ASN

J: ASP-TRP-ASN

K: ASP-TRP-ASN

ヘテロ分子

166 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.896, 139.557, 142.099
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

AS PER THE AUTHORS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A TETRAMER OF CHAINS A,B,C,D

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Fructose-bisphosphate aldolase 分子量: 40152.906 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF14_0425 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7KQL9, fructose-bisphosphate aldolase

-
タンパク質・ペプチド , 3種, 6分子 EGHIJK

#2: タンパク質・ペプチド	ALA-ALA-SER-LEU-TYR-GLU-LYS-LYS-ALA-ALA 分子量: 1053.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: It seems as if this is the C-terminal tail of Aldolase, however no direct connectivity to either Chain A,B,C,D could be made. Amino acids were modeled as good as possible 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7KQL9*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド	ALA-ALA-ALA-SER-LEU-TYR-GLU-LYS-LYS-ALA-ALA 分子量: 1124.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: It seems as if this is the C-terminal tail of Aldolase, however no direct connectivity to either Chain A,B,C,D could be made. Amino acids were modeled as good as possible 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7KQL9*PLUS
#4: タンパク質・ペプチド	ASP-TRP-ASN 分子量: 433.416 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Synthetic TRAP-tail 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q76NM2*PLUS

-
非ポリマー , 2種, 608分子

#5: 化合物	ChemComp-38D / N'-[(E)-(2,4-dichlorophenyl)methylidene]-3,4-dihydroxybenzohydrazide 分子量: 325.147 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₀Cl₂N₂O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 604 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.6 % Preparation: Data completeness is 61.1% due to the geometry of the detector used
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M MgCl / PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.11→44.85 Å / Num. obs: 49244 / % possible obs: 61.09 % / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.07019 / Net I/σ(I): 21.47
反射シェル	解像度: 2.11→2.186 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.9098 / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / % possible all: 8.08

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2pc4

2pc4

解像度: 2.111→44.85 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 36.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2621	2493	5.06 %	random selection
R_work	0.2057	-	-	-
obs	0.2086	49227	61.07 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.111→44.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10899	0	84	604	11587

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	11381
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.501	15462
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.23	4264
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.019	1765
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1999

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.111-2.1511	0.4612	17	0.3281	228	X-RAY DIFFRACTION	6
2.1511-2.195	0.3985	40	0.3216	478	X-RAY DIFFRACTION	12
2.195-2.2428	0.3617	40	0.3201	688	X-RAY DIFFRACTION	17
2.2428-2.2949	0.286	38	0.3312	882	X-RAY DIFFRACTION	21
2.2949-2.3523	0.3744	46	0.3115	1085	X-RAY DIFFRACTION	26
2.3523-2.4159	0.3279	64	0.2909	1299	X-RAY DIFFRACTION	31
2.4159-2.487	0.3317	94	0.2902	1546	X-RAY DIFFRACTION	37
2.487-2.5673	0.3697	90	0.2897	1878	X-RAY DIFFRACTION	44
2.5673-2.659	0.3035	103	0.2839	2265	X-RAY DIFFRACTION	53
2.659-2.7655	0.2835	140	0.2708	2799	X-RAY DIFFRACTION	66
2.7655-2.8913	0.3437	192	0.2748	3658	X-RAY DIFFRACTION	86
2.8913-3.0437	0.3532	239	0.2695	4177	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0437-3.2344	0.3	245	0.2435	4175	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2344-3.484	0.2944	225	0.2179	4227	X-RAY DIFFRACTION	99
3.484-3.8344	0.2586	234	0.1894	4237	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8344-4.3889	0.2297	223	0.1661	4271	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3889-5.5279	0.2141	236	0.1597	4313	X-RAY DIFFRACTION	99
5.5279-44.85	0.2075	227	0.1744	4528	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2126	-0.2082	0.2639	0.2179	0.0353	0.2949	0.001	-0.0573	-0.0741	0.0074	0.0054	0.0298	0.0359	0.0608	-0	0.2646	-0.0252	0.0357	0.2666	0.002	0.2313	1.8726	-16.6077	19.0938
2	0.3376	0.0725	0.0695	0.1304	-0.1993	0.263	0.0387	0.0093	-0.022	0.0047	-0.0213	0.0303	0.0233	-0.0998	0	0.1054	-0.0072	-0.0152	0.1775	-0.0056	0.1604	0.7246	-7.472	28.7691
3	0.0617	0.0297	-0.149	-0.0046	0.0116	0.2959	-0.0738	0.2441	0.0118	0.0917	0.0099	-0.0071	-0.0231	-0.0635	-0	0.2569	-0.0071	-0.0528	0.3087	-0.0145	0.3096	-7.6997	-6.5432	10.759
4	0.2938	0.0457	0.1254	0.2284	0.1876	0.7074	0.1337	0.1253	-0.0106	-0.1859	-0.0224	0.0279	0.1583	-0.0411	0.0019	0.3356	-0.0068	0.0036	0.1936	-0.013	0.2275	7.4696	-29.8433	59.5359
5	0.2082	-0.1102	0.0781	0.1036	0.0352	0.1097	-0.0375	0.0936	-0.1283	0.076	-0.0984	-0.0279	0.5026	0.006	-0.0038	0.2882	-0.018	-0.0057	0.1916	0.057	0.2773	2.9235	-38.8374	62.0144
6	0.1943	0.2872	-0.1041	-0.0255	-0.2004	0.5043	-0.0113	-0.0035	-0.0174	0.0616	-0.0103	0.0394	-0.0242	0.0051	-0	0.1927	0.0327	-0.0066	0.2142	0.0136	0.2454	10.0261	-18.1411	48.1056
7	0.0037	-0.0877	0.103	0.2808	0.0085	0.2718	0.0359	0.1428	-0.0476	-0.0505	-0.0374	0.0313	0.1231	0.0884	-0	0.1291	-0.0001	-0.0091	0.2311	0.0058	0.2178	17.1297	-12.7262	61.031
8	0.236	0.2416	-0.2352	0.2473	-0.2578	0.2431	0.2006	0.0511	-0.0107	0.075	-0.295	-0.0482	-0.0167	0.1179	-0.0058	0.2686	0.0621	-0.0352	0.3092	-0.0012	0.3454	19.5167	-26.335	68.6838
9	0.0547	-0.0833	-0.0064	0.0806	-0.0344	0.0793	0.0659	-0.0757	-0.1734	0.2626	-0.1756	-0.1672	0.338	-0.0411	-0	0.3691	-0.0114	-0.0312	0.3003	0.0389	0.3574	18.3504	-34.1784	74.0318
10	0.184	0.1843	-0.3395	0.2608	-0.2836	0.3496	-0.1598	0.0985	0.1265	-0.0562	0.1169	-0.0557	-0.1896	0.191	-0.0114	0.3015	-0.0269	-0.054	0.27	0.0353	0.1962	12.6634	14.7659	70.0833
11	0.3173	0.1619	-0.2132	0.1215	-0.153	0.1552	-0.0095	-0.0335	0.1053	0.1494	0.0207	0.0428	-0.2838	0.0994	0.0008	0.3409	-0.009	-0.057	0.186	-0.0073	0.2327	8.4045	28.443	79.7244
12	0.2141	0.0812	0.0289	0.2258	0.2419	0.5139	-0.0343	-0.0263	-0.0193	-0.0037	0.0084	0.0261	-0.1406	-0.0542	-0	0.1477	-0.0041	0.0049	0.1841	-0.0077	0.2021	2.9102	10.4206	64.1852
13	0.1186	0.0799	0.0263	0.3882	0.0586	0.0509	0.1032	-0.3625	0.0799	0.2347	-0.3488	-0.0437	-0.1109	-0.0837	-0.0264	0.2459	0.0777	0.0279	0.263	-0.0727	0.3593	-3.9423	21.0504	85.2706
14	0.0759	0.0893	-0.0531	0.0269	-0.0355	0.0029	-0.0639	-0.1851	-0.0034	-0.0293	0.0161	-0.0938	-0.1552	-0.1398	-0.0001	0.5293	0.0616	-0.155	0.3413	0.0362	0.4052	-0.3727	20.494	33.5513
15	0.0296	0.0733	-0.0064	0.2117	-0.0132	0.1424	0.1866	-0.1275	0.2915	0.2644	-0.0661	0.0985	0.3212	0.541	0.081	0.6162	-0.2934	-0.0169	0.7501	-0.1083	0.3127	30.6218	33.1259	35.6707
16	0.2653	-0.0929	0.1236	0.322	0.0674	0.0695	0.047	-0.0746	0.1855	-0.1556	0.0038	0.0411	-0.1348	0.1521	0.0395	0.3917	-0.1499	0.0176	0.278	-0.0322	0.254	23.9527	38.2261	31.8025
17	1.0637	-0.1176	0.3584	0.1642	-0.1284	0.181	0.3108	0.4237	0.4018	-0.0022	0.2507	0.103	-0.7349	0.4563	0.4621	0.7075	-0.2231	0.1014	0.2536	0.0076	0.3203	18.5556	41.6381	31.2455
18	0.085	-0.0741	-0.1017	0.0334	-0.0906	0.2746	0.0865	-0.039	-0.0856	-0.0321	-0.1213	0.1862	-0.2357	0.1554	0	0.385	-0.062	0.0131	0.31	-0.0051	0.3535	19.0902	21.2427	44.9062
19	0.0259	0.0347	0.01	0.2757	-0.4867	0.4961	-0.0173	-0.0486	-0.0246	0.0356	-0.0425	0.0813	-0.1395	0.146	-0.0092	0.1789	-0.0824	-0.0145	0.2616	-0.0063	0.1862	20.0046	12.4071	34.3617
20	0.7382	0.0797	-0.0892	1.4262	0.5285	0.1748	-0.2118	-0.5855	-0.1132	-0.6189	-0.0833	0.0961	-0.3722	0.5336	-0.1559	0.3167	-0.2475	0.0202	0.4127	-0.0333	0.1605	29.0028	23.7339	24.2994
21	0.3795	-0.3121	0.2769	0.2789	-0.2432	0.1917	0.512	-0.2956	-0.0133	-0.477	-0.414	-0.4362	-0.2987	-0.0947	0.0903	0.5724	-0.1965	0.1779	0.4122	0.043	0.4517	30.6442	31.3374	18.7713
22	0.0445	-0.0092	0.0329	0.0177	-0.01	0.0227	-0.0487	-0.0951	0.2278	-0.0022	-0.18	0.0647	-0.0084	0.2545	0.0001	0.2621	0.0467	-0.0869	0.3823	0.0375	0.3417	2.5889	17.0681	17.003
23	0.0146	-0.0186	-0.0164	0.0156	0.0122	0.0243	0.1268	-0.33	0.0796	-0.0737	0.2486	-0.0426	-0.0154	0.1107	-0.0001	1.0285	-0.1296	-0.0839	1.2735	0.0395	0.5547	17.8559	-4.3178	78.7282
24	0.0007	0.0049	0.0046	0.0221	0.0212	0.0406	-0.0585	0.1745	-0.2235	0.0856	0.0705	-0.076	-0.1203	-0.0542	0.0004	0.5709	-0.086	0.2249	1.1268	-0.0633	0.8965	-10.2344	-11.9209	23.117
25	0.0188	0.0434	-0.0017	0.0994	-0.0141	0.022	-0.0956	-0.002	-0.263	-0.0471	-0.1794	0.0715	-0.208	0.1016	-0	1.0752	-0.0529	0.2814	0.7152	-0.318	0.9214	20.806	-28.2839	57.5021
26	0.0173	0.0202	0.0164	0.02	0.02	0.041	0.0071	0.2322	0.0893	0.006	0.2429	-0.0951	0.1154	-0.1114	0.0005	0.6597	0.0012	0.046	0.5098	-0.0217	0.7634	-3.6141	21.2299	70.1765
27	0.0017	-0.0079	0.0057	0.1066	-0.0234	0.0182	-0.1094	-0.1685	0.1912	0.0616	-0.0127	0.0695	-0.038	0.0045	0	1.157	-0.1703	-0.3502	0.8428	-0.1298	0.9683	30.9855	25.1208	35.4422

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 89 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 90 through 282 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 283 through 351 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 5 through 89 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 90 through 112 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 113 through 186 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 187 through 282 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 283 through 322 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 323 through 351 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 5 through 51 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 52 through 112 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 113 through 308 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 309 through 351 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 5 through 28 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 29 through 57 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 58 through 89 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 90 through 112 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 113 through 166 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 167 through 282 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 283 through 322 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 323 through 351 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 7 through 16 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'G' and (resid 6 through 16 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'H' and (resid 604 through 606 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'I' and (resid 604 through 606 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'J' and (resid 604 through 606 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'K' and (resid 604 through 606 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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