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万見
- PDB-4tr3: Mouse iodothyronine deiodinase 3 catalytic core, SeMet-labeled ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tr3
タイトルMouse iodothyronine deiodinase 3 catalytic core, SeMet-labeled active site mutant SeCys->Cys
要素Type III iodothyronine deiodinase
キーワードOXIDOREDUCTASE / deiodinase / thyronine hormones / thioredoxin fold
機能・相同性
機能・相同性情報


thyroxine 5-deiodinase / thyroxine 5-deiodinase activity / thyroxine 5'-deiodinase activity / thyroid hormone catabolic process / Regulation of thyroid hormone activity / retinal cone cell apoptotic process / brown fat cell proliferation / hormone biosynthetic process / retinal cone cell development / positive regulation of multicellular organism growth ...thyroxine 5-deiodinase / thyroxine 5-deiodinase activity / thyroxine 5'-deiodinase activity / thyroid hormone catabolic process / Regulation of thyroid hormone activity / retinal cone cell apoptotic process / brown fat cell proliferation / hormone biosynthetic process / retinal cone cell development / positive regulation of multicellular organism growth / response to hypoxia / endosome membrane / apoptotic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Iodothyronine deiodinase I/III / Iodothyronine deiodinase / Iodothyronine deiodinase, active site / Iodothyronine deiodinase / Iodothyronine deiodinases active site. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thyroxine 5-deiodinase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Steegborn, C. / Schweizer, U. / Schlicker, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of mammalian selenocysteine-dependent iodothyronine deiodinase suggests a peroxiredoxin-like catalytic mechanism.
著者: Schweizer, U. / Schlicker, C. / Braun, D. / Kohrle, J. / Steegborn, C.
履歴
登録2014年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Data collection
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type III iodothyronine deiodinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6971
ポリマ－21,6971
非ポリマー00
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.920, 54.300, 66.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Type III iodothyronine deiodinase / 5DIII / DIOIII / Type 3 DI / Type-III 5'-deiodinase


分子量: 21696.639 Da / 分子数: 1 / 変異: yes / 由来タイプ: 組換発現
詳細: six N-terminal residues are cloning artifact; three C-terminal residues not visible in electron density
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dio3 / プラスミド: pET151 TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91ZI8, EC: 1.97.1.11
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 20 % PEG 3350, 0.2 M Ammoniumcitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 14304 / Num. obs: 14015 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 13.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0042精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータ削減
SHELX位相決定
ARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→42.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 3.035 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2272 706 5 %RANDOM
Rwork0.1866 13309 --
obs0.1885 14015 95.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 51.08 Å2 / Biso mean: 18 Å2 / Biso min: 4.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.27 Å20 Å20 Å2
2---0.54 Å20 Å2
3----0.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→42.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1462 0 0 93 1555
Biso mean---22.18 -
残基数----188
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221500
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3951.9532038
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8625187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.06522.97374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.82615226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0551514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2212
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211194
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9711.5935
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.79721498
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7213565
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2364.5540
LS精密化 シェル解像度: 1.896→1.945 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 46 -
Rwork0.186 727 -
all-773 -
obs--72.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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