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- PDB-4tr2: Crystal structure of PvSUB1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tr2
タイトルCrystal structure of PvSUB1
要素Subtilisin-like 1 serine protease
キーワードHYDROLASE / plasmodium egress protease / calcium-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


subtilisin / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
SUB1 protease prodomain ProdP9 / SUB1 protease Prodomain ProdP9 / Subtilisin SUB1-like catalytic domain / : / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. ...SUB1 protease prodomain ProdP9 / SUB1 protease Prodomain ProdP9 / Subtilisin SUB1-like catalytic domain / : / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / subtilisin
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Giganti, D. / Bouillon, A. / Martinez, M. / Weber, P. / Girard-Blanc, C. / Petres, S. / Haouz, A. / Barale, J.C. / Alzari, P.M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-11-RPIB-002 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: A novel Plasmodium-specific prodomain fold regulates the malaria drug target SUB1 subtilase.
著者: Giganti, D. / Bouillon, A. / Tawk, L. / Robert, F. / Martinez, M. / Crublet, E. / Weber, P. / Girard-Blanc, C. / Petres, S. / Haouz, A. / Hernandez, J.F. / Mercereau-Puijalon, O. / Alzari, P.M. / Barale, J.C.
履歴
登録2014年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 2.02017年8月30日Group: Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Subtilisin-like 1 serine protease
B: Subtilisin-like 1 serine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,87615
ポリマ－147,0812
非ポリマー79513
水27015
1
A: Subtilisin-like 1 serine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9868
ポリマ－73,5401
非ポリマー4457
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Subtilisin-like 1 serine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8917
ポリマ－73,5401
非ポリマー3506
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4990 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area35950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.000, 95.000, 287.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Subtilisin-like 1 serine protease


分子量: 73540.398 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 26-630 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
遺伝子: sub1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: E6Y8B9
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.27 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 1.6 M NaH2PO4, 0.4 M K2HPO4, 0.1 M phosphate citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→45 Å / Num. obs: 37100 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 60.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.726 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.11.4 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 2TEC, 1DBI, 1CGI, 1R0R, 1LW6, 1EA7, and 1IC6

2tec

1dbi

1cgi

1r0r

1lw6

1ea7

1ic6


解像度: 2.7→45.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9288 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8957 / SU R Cruickshank DPI: 0.537 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.541 / SU Rfree Blow DPI: 0.29 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.294
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2441 1853 4.99 %RANDOM
Rwork0.1999 ---
obs0.2021 37100 99.63 %-
原子変位パラメータBiso mean: 61.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.2931 Å20 Å20 Å2
2---5.2931 Å20 Å2
3---10.5861 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.418 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→45.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7362 0 33 15 7410
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0097505HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1510166HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2653SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes229HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1069HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7505HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd7SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.89
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.89
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion995SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8902SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2799 130 4.6 %
Rwork0.2208 2695 -
all0.2236 2825 -
obs--99.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.18-0.05660.6440.0156-0.15642.19850.0866-0.0351-0.0358-0.0551-0.0819-0.03520.1392-0.0593-0.00470.07940.03360.0704-0.0276-0.0662-0.3228-4.0353-38.1373-17.3582
20.2772-0.1626-0.02830.3508-0.60242.67110.15030.32390.028-0.3218-0.1945-0.06580.50630.13080.04420.46380.04090.05770.57550.0401-0.09811.2971-48.632916.0393
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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