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- PDB-4tqi: Human transthyretin (TTR) complexed with 3-(9H-fluoren-9-ylidenea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tqi
タイトルHuman transthyretin (TTR) complexed with 3-(9H-fluoren-9-ylideneaminooxy)propanoic acid in a dual binding mode
要素Transthyretin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / PEG TTR crystallization / Flourenone based amyloid antagonist and inhibitor / Prealbumin / Dual binding mode / hormone transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport ...Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family ...Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6BD / Transthyretin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Stura, E.A. / Ciccone, L. / Nencetti, S. / Rossello, A. / Orlandini, E.
引用ジャーナル: J Enzyme Inhib Med Chem / 年: 2015
タイトル: X-ray crystal structure and activity of fluorenyl-based compounds as transthyretin fibrillogenesis inhibitors.
著者: Ciccone, L. / Nencetti, S. / Rossello, A. / Tepshi, L. / Stura, E.A. / Orlandini, E.
履歴
登録2014年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3026
ポリマ－27,5552
非ポリマー7474
水4,774265
1
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子

A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,60312
ポリマ－55,1094
非ポリマー1,4948
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.250, 86.370, 63.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

6BD

21A-201-

6BD

31A-201-

6BD

41B-201-

6BD

51B-201-

6BD

61B-201-

6BD

71B-201-

6BD

81A-302-

HOH

91B-335-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA


分子量: 13777.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: PLASMA / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物 ChemComp-6BD / (2S)-3-[(9H-fluoren-9-ylideneamino)oxy]-2-methylpropanoic acid / (S)-3-(9H-fluoren-9-ylideneaminooxy)-2-methylpropanoic acid


分子量: 281.306 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H15NO3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: protein: TTR 10 mg/ml + ligand 0.66 milli-M in 0.1 M NaCl, 0.05 M Na acetate, pH 5.5. Precipitant: 70% (30% PEG-4K, 0.2 M imidazole malate, pH 6.0) and 30% (12% MPEG-5K, 0.1 M sodium acetate, ...詳細: protein: TTR 10 mg/ml + ligand 0.66 milli-M in 0.1 M NaCl, 0.05 M Na acetate, pH 5.5. Precipitant: 70% (30% PEG-4K, 0.2 M imidazole malate, pH 6.0) and 30% (12% MPEG-5K, 0.1 M sodium acetate, pH 5.5). Cryoprotectant: 40% (25 % diethylene glycol, 12.5 % MPD, 37.5 % 2,3-butanediol, 12.5 % 1,4-dioxane), 10% PEG 10K, 0.1 M (mixed sodium propionate, sodium cacodylate, Bis-Tris-propane) (65% component A pH 4; 35% B pH 9.5)
PH範囲: 5.5 - 6.5 / Temp details: cooled inbubator

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryostream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月20日
詳細: convex prefocussing mirror and a Kirkpatrick-Baez pair of focussing mirrors
放射モノクロメーター: Cryogenically cooled channel cut Si[111] crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→43.2 Å / Num. obs: 63728 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.04 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 11.11
反射 シェル解像度: 1.25→1.32 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / % possible all: 91.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.4_1496)精密化
MxCuBEデータ収集
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GS0

3gs0


解像度: 1.25→35.72 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 3181 5 %Random
Rwork0.173 ---
obs0.174 63673 95.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→35.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1792 0 54 265 2111
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062258
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.063118
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.139801
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006410
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2489-1.26760.45591260.40962402X-RAY DIFFRACTION88
1.2676-1.28740.37461330.37242520X-RAY DIFFRACTION93
1.2874-1.30850.35131330.37932527X-RAY DIFFRACTION93
1.3085-1.3310.3781310.35022518X-RAY DIFFRACTION94
1.331-1.35520.35031360.3322582X-RAY DIFFRACTION94
1.3552-1.38130.33331330.30612545X-RAY DIFFRACTION94
1.3813-1.40950.31631370.27752597X-RAY DIFFRACTION95
1.4095-1.44020.30931360.24932584X-RAY DIFFRACTION95
1.4402-1.47370.23431360.22052577X-RAY DIFFRACTION95
1.4737-1.51050.28441370.21552603X-RAY DIFFRACTION95
1.5105-1.55140.2491370.21932597X-RAY DIFFRACTION96
1.5514-1.5970.22231370.18992618X-RAY DIFFRACTION96
1.597-1.64850.19851390.14072641X-RAY DIFFRACTION96
1.6485-1.70750.18451380.13672611X-RAY DIFFRACTION96
1.7075-1.77580.16931400.13222654X-RAY DIFFRACTION97
1.7758-1.85660.16171410.12922679X-RAY DIFFRACTION97
1.8566-1.95450.18261410.13312676X-RAY DIFFRACTION97
1.9545-2.0770.1531410.13222688X-RAY DIFFRACTION98
2.077-2.23730.14561430.12442710X-RAY DIFFRACTION98
2.2373-2.46240.19761430.13442733X-RAY DIFFRACTION98
2.4624-2.81860.16821440.1472768X-RAY DIFFRACTION99
2.8186-3.55060.15861480.14122800X-RAY DIFFRACTION99
3.5506-35.73220.22191510.1722862X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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