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万見
- PDB-4tpy: High throughput screening using acoustic droplet ejection to comb... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tpy
タイトルHigh throughput screening using acoustic droplet ejection to combine protein crystals and chemical libraries on crystallization plates at high density
要素Cationic trypsin
キーワードHYDROLASE / Thrombin / Serpins / Fibrin
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / BROMIDE ION / Serine protease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Teplitsky, E. / Joshi, K. / Mullen, J.D. / Soares, A.S.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)P41RR012408 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103473 米国
Department of Energy (DOE, United States)LDRD11-008 米国
引用
ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: High throughput screening using acoustic droplet ejection to combine protein crystals and chemical libraries on crystallization plates at high density.
著者: Teplitsky, E. / Joshi, K. / Ericson, D.L. / Scalia, A. / Mullen, J.D. / Sweet, R.M. / Soares, A.S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallographica Section D Biological Crystallography
年: 2014
タイトル: Hitting the target: fragment screening with acoustic in situ co-crystallization of proteins plus fragment libraries on pin-mounted data-collection micromeshes
著者: Yin, X. / Scalia, A. / Leroy, L. / Cuttitta, C.M. / Polizzo, G.M. / Ericson, D.L. / Roessler, C.G. / Campos, O. / Ma, M.Y. / Agarwal, R. / Jackimowicz, R. / Allaire, M. / Orville, A.M. / ...著者: Yin, X. / Scalia, A. / Leroy, L. / Cuttitta, C.M. / Polizzo, G.M. / Ericson, D.L. / Roessler, C.G. / Campos, O. / Ma, M.Y. / Agarwal, R. / Jackimowicz, R. / Allaire, M. / Orville, A.M. / Sweet, R.M. / Soares, A.S.
履歴
登録2014年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月15日Group: Data collection
改定 1.22017年9月20日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_nat ...citation / entity_src_nat / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cationic trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,25743
ポリマ－23,3241
非ポリマー2,93242
水6,936385
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area9450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.677, 58.443, 66.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cationic trypsin / Beta-trypsin


分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Bromine derivative identified using acoustic droplet ejection to screen 1728 distinct conditions on each micro plate.
由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin

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非ポリマー , 7種, 427分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物...
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.13 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 30mg/ml trypsin and 10mg/ml benzamidine in buffer (10mM CaCl2, 20mM HEPES pH 7.0) is combined with 1x precipitant (20% PEG 8000, 20mM ammonium s., 100 mM Bis Tris pH 7.0). Vapour diffusion ...詳細: 30mg/ml trypsin and 10mg/ml benzamidine in buffer (10mM CaCl2, 20mM HEPES pH 7.0) is combined with 1x precipitant (20% PEG 8000, 20mM ammonium s., 100 mM Bis Tris pH 7.0). Vapour diffusion against 2x precipitant (40% PEG 8000, 40mM ammonium s., 200mM Bis Tris pH 7.0).
PH範囲: 7.0-7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9198 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9198 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. all: 44900 / Num. obs: 44900 / % possible obs: 90.39 % / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 27.41
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / Rmerge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / % possible all: 33.2

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0069 / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.3→43.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 0.837 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.052 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17227 2346 5 %RANDOM
Rwork0.14211 ---
obs0.14356 44900 90.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.323 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.6 Å20 Å2
3---0.5 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.3→43.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1629 0 78 385 2092
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0191843
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021724
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3611.962507
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0734009
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8585248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.45126.12962
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.61815306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.648152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.160.2282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02403
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3521.108960
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.341.106958
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0181.6731218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0241.6741219
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6291.318883
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6291.319883
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.7691.8571290
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.98612.0822451
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.49610.6352267
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 67 -
Rwork0.311 1317 -
obs--36.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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