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万見
- PDB-4tot: Crystal structure of rat cyclophilin D in complex with a potent n... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tot
タイトルCrystal structure of rat cyclophilin D in complex with a potent nonimmunosuppressive inhibitor
要素
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
  • nonimmunosuppressive inhibitor
キーワードISOMERASE/ISOMERASE Inhibitor / Inhibitor / Complex / Cyclosporin / ISOMERASE-ISOMERASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / regulation of proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / negative regulation of oxidative phosphorylation uncoupler activity / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / mitochondrial permeability transition pore complex / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of ATP-dependent activity / negative regulation of oxidative phosphorylation / regulation of mitochondrial membrane permeability ...: / regulation of proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / negative regulation of oxidative phosphorylation uncoupler activity / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / mitochondrial permeability transition pore complex / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of ATP-dependent activity / negative regulation of oxidative phosphorylation / regulation of mitochondrial membrane permeability / cyclosporin A binding / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / necroptotic process / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / apoptotic mitochondrial changes / protein peptidyl-prolyl isomerization / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to calcium ion / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to ischemia / peptide binding / cellular response to hydrogen peroxide / protein folding / regulation of apoptotic process / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
nonimmunosuppressive inhibitor / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Knapp, M.S. / Elling, R.A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Potent nonimmunosuppressive cyclophilin inhibitors with improved pharmaceutical properties and decreased transporter inhibition.
著者: Fu, J. / Tjandra, M. / Becker, C. / Bednarczyk, D. / Capparelli, M. / Elling, R. / Hanna, I. / Fujimoto, R. / Furegati, M. / Karur, S. / Kasprzyk, T. / Knapp, M. / Leung, K. / Li, X. / Lu, P. ...著者: Fu, J. / Tjandra, M. / Becker, C. / Bednarczyk, D. / Capparelli, M. / Elling, R. / Hanna, I. / Fujimoto, R. / Furegati, M. / Karur, S. / Kasprzyk, T. / Knapp, M. / Leung, K. / Li, X. / Lu, P. / Mergo, W. / Miault, C. / Ng, S. / Parker, D. / Peng, Y. / Roggo, S. / Rivkin, A. / Simmons, R.L. / Wang, M. / Wiedmann, B. / Weiss, A.H. / Xiao, L. / Xie, L. / Xu, W. / Yifru, A. / Yang, S. / Zhou, B. / Sweeney, Z.K.
履歴
登録2014年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
E: nonimmunosuppressive inhibitor
F: nonimmunosuppressive inhibitor
G: nonimmunosuppressive inhibitor
H: nonimmunosuppressive inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,54114
ポリマ－76,2208
非ポリマー1,3216
水5,368298
1
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
E: nonimmunosuppressive inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4334
ポリマ－19,0552
非ポリマー3782
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area7790 Å2
手法PISA
2
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
F: nonimmunosuppressive inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4334
ポリマ－19,0552
非ポリマー3782
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area7860 Å2
手法PISA
3
C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
G: nonimmunosuppressive inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3373
ポリマ－19,0552
非ポリマー2821
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area7760 Å2
手法PISA
4
D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
H: nonimmunosuppressive inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3373
ポリマ－19,0552
非ポリマー2821
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area7700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.197, 57.286, 75.274
Angle α, β, γ (deg.)89.95, 83.81, 89.86
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial / PPIase F / Cyclophilin D / CypD / Cyclophilin F / Rotamase F


分子量: 17692.166 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 43-206 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ppif / 詳細 (発現宿主): pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29117, peptidylprolyl isomerase
#2: タンパク質・ペプチド
nonimmunosuppressive inhibitor


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1362.825 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: nonimmunosuppressive inhibitor
#3: 化合物
ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.55 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES pH 6.5, 5% (v/v) PEG 400, 2M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→45.47 Å / Num. obs: 30008 / % possible obs: 90.94 % / 冗長度: 3.22 % / Biso Wilson estimate: 33.71 Å2 / Net I/σ(I): 7.82

-
解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.11.4 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in-house structure

解像度: 2.39→30.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9005 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8677 / SU R Cruickshank DPI: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.416 / SU Rfree Blow DPI: 0.241 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.247
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2298 1517 5.06 %RANDOM
Rwork0.1961 ---
obs0.1978 29998 90.94 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1115 Å2-0.4018 Å21.2694 Å2
2---2.0381 Å2-0.9374 Å2
3---2.1496 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.39→30.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4976 0 1376 298 6650
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0096168HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.18900HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2096SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes116HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes808HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6168HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.98
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion708SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies8HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7267SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.39→2.47 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3013 98 4.73 %
Rwork0.219 1973 -
all0.2229 2071 -
obs--90.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.42440.26570.00241.18930.05510.8602-0.00140.0251-0.0311-0.04470.043-0.09430.00180.0885-0.04150.04920.0066-0.0329-0.1202-0.0184-0.0756-13.032-16.09692.5827
20.2042-0.1741-0.02161.4303-0.02551.0433-0.0234-0.0294-0.04210.03540.02980.1141-0.0105-0.0522-0.00640.05390.0071-0.0382-0.10630.0046-0.0892-18.269212.583619.8755
30.75680.12750.61691.46610.45150.6272-0.00420.18990.0286-0.06070.0545-0.0207-0.03630.1566-0.05020.0349-0.0002-0.0416-0.08070.0047-0.1075-27.7173-17.355747.0278
40.8004-0.00440.51410.5828-0.33170.9933-0.0043-0.1978-0.0210.0710.087-0.0308-0.0544-0.1852-0.08270.04890.0227-0.0434-0.0819-0.0061-0.09494.610611.316450.2134
50.03840.15280.10280.1222-0.1634-0.02260.00420.0127-0.00850.0711-0.00850.05290.0073-0.04860.00430.09080.0277-0.0232-0.1155-0.0104-0.0798-13.6036-2.403929.664
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|2 - A|165 }A2 - 165
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|2 - B|165 }B2 - 165
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|2 - C|165 }C2 - 165
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|2 - D|165 }D2 - 165
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|201 - A|202 C|201 - C|201 B|201 - B|202 E|1 - E|11 D|201 - D|201 G|1 - G|11 F|1 - F|11 H|1 - H|11 }A201 - 202
6X-RAY DIFFRACTION5{ A|201 - A|202 C|201 - C|201 B|201 - B|202 E|1 - E|11 D|201 - D|201 G|1 - G|11 F|1 - F|11 H|1 - H|11 }C201
7X-RAY DIFFRACTION5{ A|201 - A|202 C|201 - C|201 B|201 - B|202 E|1 - E|11 D|201 - D|201 G|1 - G|11 F|1 - F|11 H|1 - H|11 }B201 - 202
8X-RAY DIFFRACTION5{ A|201 - A|202 C|201 - C|201 B|201 - B|202 E|1 - E|11 D|201 - D|201 G|1 - G|11 F|1 - F|11 H|1 - H|11 }E1 - 11
9X-RAY DIFFRACTION5{ A|201 - A|202 C|201 - C|201 B|201 - B|202 E|1 - E|11 D|201 - D|201 G|1 - G|11 F|1 - F|11 H|1 - H|11 }D201
10X-RAY DIFFRACTION5{ A|201 - A|202 C|201 - C|201 B|201 - B|202 E|1 - E|11 D|201 - D|201 G|1 - G|11 F|1 - F|11 H|1 - H|11 }G1 - 11
11X-RAY DIFFRACTION5{ A|201 - A|202 C|201 - C|201 B|201 - B|202 E|1 - E|11 D|201 - D|201 G|1 - G|11 F|1 - F|11 H|1 - H|11 }F1 - 11
12X-RAY DIFFRACTION5{ A|201 - A|202 C|201 - C|201 B|201 - B|202 E|1 - E|11 D|201 - D|201 G|1 - G|11 F|1 - F|11 H|1 - H|11 }H1 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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