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- PDB-4toh: 1.80A resolution structure of Iron Bound BfrB (C89S, K96C) from P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4toh
タイトル1.80A resolution structure of Iron Bound BfrB (C89S, K96C) from Pseudomonas aeruginosa
要素Bacterioferritin
キーワードOXIDOREDUCTASE / ELECTRON TRANSPORT / IRON STORAGE / iron binding / iron mobilization
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / iron ion binding / heme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / Bacterioferritin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lovell, S. / Battaile, K.P. / Yao, H. / Kumar, R. / Eshelman, K. / Rivera, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1158469 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Concerted motions networking pores and distant ferroxidase centers enable bacterioferritin function and iron traffic.
著者: Yao, H. / Rui, H. / Kumar, R. / Eshelman, K. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Im, W. / Rivera, M.
履歴
登録2014年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
C: Bacterioferritin
D: Bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,29947
ポリマ－74,1524
非ポリマー4,14743
水13,475748
1
A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
C: Bacterioferritin
D: Bacterioferritin
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)469,795282
ポリマ－444,91424
非ポリマー24,882258
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
crystal symmetry operation10_444-y-1,-x-1,-z-1/21
crystal symmetry operation11_554-x+y,y,-z-1/21
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/21
Buried area127740 Å2
ΔGint-3133 kcal/mol
Surface area123370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.993, 153.993, 155.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-211-

SO4

21B-211-

SO4

31C-201-

HEM

41C-201-

HEM

51D-201-

HEM

61D-201-

HEM

71A-319-

HOH

詳細The biological unit (24-mer) can be generated by applying the following symmetry operators on the asymmetric unit: X, X-Y-1, -Z-1/2 -X+Y, Y, -Z-1/2 -X+Y, -X-1, Z -Y-1, X-Y-1, Z -Y-1, -X-1, -Z-1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Bacterioferritin


分子量: 18538.066 Da / 分子数: 4 / 変異: C89S, K96C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: bfrB, PA3531 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ARCTIC EXPRESS RIL / 参照: UniProt: Q9HY79, ferroxidase

-
非ポリマー , 5種, 791分子

#2: 化合物...
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 748 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細B211 LIES ON A 3-FOLDS AXIS, THE S AND O3 ATOMS ARE GENERATED BY THE SYMMETRY OPERATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶Colour: Red Prism / マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.66 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: 35% (v/v) MPD, 0.1M MES, 0.2M Lithium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.73963 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.73963 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 17.2 % / 数: 1260361 / Rmerge(I) obs: 0.119 / D res high: 2 Å / D res low: 48.25 Å / Num. obs: 73277 / % possible obs: 99.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsRedundancy
22.0411.0827.1
9.848.2510.06417
反射解像度: 1.8→48.23 Å / Num. obs: 99837 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 18.3 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 22.3 / Num. measured all: 1825740
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.8-1.8310.21.3131.84801047210.7010.42796.5
9.86-48.2317.30.07765.4128037390.9970.01899.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.2.8データスケーリング
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1701)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IS7

3is7


解像度: 1.8→48.23 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 16.99 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED IN REFINEMENT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1717 9520 5.01 %
Rwork0.1473 180676 -
obs0.1485 99803 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 104.51 Å2 / Biso mean: 24.8208 Å2 / Biso min: 10.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→48.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5078 0 218 748 6044
Biso mean--30.58 35.43 -
残基数----624
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095476
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0137461
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044792
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006954
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8552043
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.82050.31983440.29465773611796
1.8205-1.84190.29433040.26895916622097
1.8419-1.86430.26763260.24255931625798
1.8643-1.88790.25913070.22525975628299
1.8879-1.91280.22862720.208160726344100
1.9128-1.9390.2143310.199160176348100
1.939-1.96670.21672910.182260406331100
1.9667-1.9960.21313350.178560426377100
1.996-2.02720.20032740.178160726346100
2.0272-2.06050.19113130.164260256338100
2.0605-2.0960.21393000.15960426342100
2.096-2.13410.18413130.155560596372100
2.1341-2.17520.16983060.14660296335100
2.1752-2.21960.17743000.136760586358100
2.2196-2.26780.17743360.129960496385100
2.2678-2.32060.15233310.129560236354100
2.3206-2.37860.1662950.13660896384100
2.3786-2.44290.16563290.135360056334100
2.4429-2.51480.15513390.127160466385100
2.5148-2.5960.14763050.130860546359100
2.596-2.68870.16133670.129659816348100
2.6887-2.79640.16623570.132860126369100
2.7964-2.92360.16872880.13460556343100
2.9236-3.07770.16793010.136560836384100
3.0777-3.27050.14032820.140760806362100
3.2705-3.5230.17423730.137459756348100
3.523-3.87740.1512970.135960626359100
3.8774-4.43810.12433330.112660326365100
4.4381-5.59020.15213300.141860486378100
5.5902-48.24880.20063410.173860316372100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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