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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4toh | ||||||
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タイトル | 1.80A resolution structure of Iron Bound BfrB (C89S, K96C) from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
![]() | Bacterioferritin | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ELECTRON TRANSPORT / IRON STORAGE / iron binding / iron mobilization | ||||||
機能・相同性 | ![]() ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / iron ion binding / heme binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lovell, S. / Battaile, K.P. / Yao, H. / Kumar, R. / Eshelman, K. / Rivera, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Concerted motions networking pores and distant ferroxidase centers enable bacterioferritin function and iron traffic. 著者: Yao, H. / Rui, H. / Kumar, R. / Eshelman, K. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Im, W. / Rivera, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 174.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 134.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological unit (24-mer) can be generated by applying the following symmetry operators on the asymmetric unit: X, X-Y-1, -Z-1/2 -X+Y, Y, -Z-1/2 -X+Y, -X-1, Z -Y-1, X-Y-1, Z -Y-1, -X-1, -Z-1/2 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 18538.066 Da / 分子数: 4 / 変異: C89S, K96C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 791分子 ![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-FE2 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-K / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | B211 LIES ON A 3-FOLDS AXIS, THE S AND O3 ATOMS ARE GENERATED BY THE SYMMETRY OPERATION |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | Colour: Red Prism / マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.66 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: 35% (v/v) MPD, 0.1M MES, 0.2M Lithium Sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月12日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.73963 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 17.2 % / 数: 1260361 / Rmerge(I) obs: 0.119 / D res high: 2 Å / D res low: 48.25 Å / Num. obs: 73277 / % possible obs: 99.6 | |||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 1.8→48.23 Å / Num. obs: 99837 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 18.3 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 22.3 / Num. measured all: 1825740 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3IS7 解像度: 1.8→48.23 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 16.99 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED IN REFINEMENT
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 104.51 Å2 / Biso mean: 24.8208 Å2 / Biso min: 10.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→48.23 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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