PDB-3e1n: Crystal structure of E. coli Bacterioferritin (BFR) after a 65 mi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e1n

タイトル

Crystal structure of E. coli Bacterioferritin (BFR) after a 65 minute (aerobic) exposure to FE(II) revealing a possible MU-OXO bridge/MU-Hydroxy bridged DIIRON intermediate at the ferroxidase centre. (FE(III)-O-FE(III)-BFR).

要素

BACTERIOFERRITIN

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / BACTERIOFERRITIN. RHOMBIC DODECAHEDRAL SUPERSTRUCTURE. / HEME / IRON / IRON STORAGE / METAL-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion sequestering activity / ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / protein homodimerization activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Crow, A. / Lawson, T. / Lewin, A. / Moore, G.R. / Le Brun, N.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for iron mineralization by bacterioferritin
著者: Crow, A. / Lawson, T.L. / Lewin, A. / Moore, G.R. / Le Brun, N.E.

履歴

登録	2008年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.0	2025年2月12日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3e1n.ent.gz	333.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e1n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/3e1n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/3e1n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3e1jC 3e1lC 3e1mC 3e1oC 3e1pC 2qp7 PDB 未公開エントリS 3e1q C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3e1o-1 2y3q-1 6p8l-1 4toa-d 3is8-d 3e1j-1 4tog-1 4xkt-1 3e1p-1 2fl0-1 5d8r-1 4toh-1 5d8y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
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ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
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シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
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グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
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ヴォールト (Vaults)
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カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)
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ロドプシン (Rhodopsin)
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#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: BACTERIOFERRITIN

B: BACTERIOFERRITIN

C: BACTERIOFERRITIN

D: BACTERIOFERRITIN

E: BACTERIOFERRITIN

F: BACTERIOFERRITIN

G: BACTERIOFERRITIN

H: BACTERIOFERRITIN

I: BACTERIOFERRITIN

J: BACTERIOFERRITIN

K: BACTERIOFERRITIN

L: BACTERIOFERRITIN

ヘテロ分子

230 kDa, 12 ポリマー
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A: BACTERIOFERRITIN

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J: BACTERIOFERRITIN

K: BACTERIOFERRITIN

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A: BACTERIOFERRITIN

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E: BACTERIOFERRITIN

F: BACTERIOFERRITIN

G: BACTERIOFERRITIN

H: BACTERIOFERRITIN

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J: BACTERIOFERRITIN

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ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
460 kDa, 24 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	207.741, 207.741, 142.951
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: FE2 / End label comp-ID: FE2 / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 301 / Label seq-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A - O
2	1	B	B - U
3	1	C	C - Z
4	1	D	D - DA
5	1	E	E - IA
6	1	F	F - MA
7	1	G	G - SA
8	1	H	H - YA
9	1	I	I - CB
10	1	J	J - HB
11	1	K	K - LB
12	1	L	L - PB
1	2	B	B - U
2	2	A	A - O
3	2	C	C - Z
4	2	D	D - DA
5	2	E	E - IA
6	2	F	F - MA
7	2	G	G - SA
8	2	H	H - YA
9	2	I	I - CB
10	2	J	J - HB
11	2	K	K - LB
12	2	L	L - PB
1	3	C	C - Z
2	3	A	A - O
3	3	B	B - U
4	3	D	D - DA
5	3	E	E - IA
6	3	F	F - MA
7	3	G	G - SA
8	3	H	H - YA
9	3	I	I - CB
10	3	J	J - HB
11	3	K	K - LB
12	3	L	L - PB
1	4	D	D - DA
2	4	A	A - O
3	4	B	B - U
4	4	C	C - Z
5	4	E	E - IA
6	4	F	F - MA
7	4	G	G - SA
8	4	H	H - YA
9	4	I	I - CB
10	4	J	J - HB
11	4	K	K - LB
12	4	L	L - PB
1	5	E	E - IA
2	5	A	A - O
3	5	B	B - U
4	5	C	C - Z
5	5	D	D - DA
6	5	F	F - MA
7	5	G	G - SA
8	5	H	H - YA
9	5	I	I - CB
10	5	J	J - HB
11	5	K	K - LB
12	5	L	L - PB
1	6	F	F - MA
2	6	A	A - O
3	6	B	B - U
4	6	C	C - Z
5	6	D	D - DA
6	6	E	E - IA
7	6	G	G - SA
8	6	H	H - YA
9	6	I	I - CB
10	6	J	J - HB
11	6	K	K - LB
12	6	L	L - PB
1	7	G	G - SA
2	7	A	A - O
3	7	B	B - U
4	7	C	C - Z
5	7	D	D - DA
6	7	E	E - IA
7	7	F	F - MA
8	7	H	H - YA
9	7	I	I - CB
10	7	J	J - HB
11	7	K	K - LB
12	7	L	L - PB
1	8	H	H - YA
2	8	A	A - O
3	8	B	B - U
4	8	C	C - Z
5	8	D	D - DA
6	8	E	E - IA
7	8	F	F - MA
8	8	G	G - SA
9	8	I	I - CB
10	8	J	J - HB
11	8	K	K - LB
12	8	L	L - PB
1	9	I	I - CB
2	9	A	A - O
3	9	B	B - U
4	9	C	C - Z
5	9	D	D - DA
6	9	E	E - IA
7	9	F	F - MA
8	9	G	G - SA
9	9	H	H - YA
10	9	J	J - HB
11	9	K	K - LB
12	9	L	L - PB
1	10	J	J - HB
2	10	A	A - O
3	10	B	B - U
4	10	C	C - Z
5	10	D	D - DA
6	10	E	E - IA
7	10	F	F - MA
8	10	G	G - SA
9	10	H	H - YA
10	10	I	I - CB
11	10	K	K - LB
12	10	L	L - PB
1	11	K	K - LB
2	11	A	A - O
3	11	B	B - U
4	11	C	C - Z
5	11	D	D - DA
6	11	E	E - IA
7	11	F	F - MA
8	11	G	G - SA
9	11	H	H - YA
10	11	I	I - CB
11	11	J	J - HB
12	11	L	L - PB
1	12	L	L - PB
2	12	A	A - O
3	12	B	B - U
4	12	C	C - Z
5	12	D	D - DA
6	12	E	E - IA
7	12	F	F - MA
8	12	G	G - SA
9	12	H	H - YA
10	12	I	I - CB
11	12	J	J - HB
12	12	K	K - LB

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	BACTERIOFERRITIN / BFR / CYTOCHROME B-1 / CYTOCHROME B-557 分子量: 18518.016 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: BFR / プラスミド: PALN1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0ABD3

-
非ポリマー , 5種, 304分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	... ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子量: 103.120 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.55 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI- SODIUM CITRATE PH 5.0. CRYSTALS OF OF APO-BFR WERE SUBSEQUENTLY SOAKED AEROBICALLY FOR 65 MINUTES IN A SOLUTION CONTAINING FE2+ AND BUFFERED WITH MOPS PH 7 ...詳細: 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI- SODIUM CITRATE PH 5.0. CRYSTALS OF OF APO-BFR WERE SUBSEQUENTLY SOAKED AEROBICALLY FOR 65 MINUTES IN A SOLUTION CONTAINING FE2+ AND BUFFERED WITH MOPS PH 7 INSTEAD OF CITRATE PH 5. AFTER 65MIN EXPOSURE TO IRON AND AIR, THE CRYSTAL WAS FLASH FROZEN IN LIQUID NITROGEN AND X-RAY DIFFRACTION DATA COLLECTED. SEE PAPER FOR FULL DETAILS., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 5.00

結晶

マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.55 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI- SODIUM CITRATE PH 5.0. CRYSTALS OF OF APO-BFR WERE SUBSEQUENTLY SOAKED AEROBICALLY FOR 65 MINUTES IN A SOLUTION CONTAINING FE2+ AND BUFFERED WITH MOPS PH 7 ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.739
検出器	検出器: CCD / 日付: 2006年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.739 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→32.7 Å / Num. obs: 75629 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 11 % / R_sym value: 0.17 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / R_sym value: 0.251 / % possible all: 91.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2QP7

2qp7
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.8→32.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 12.064 / SU ML: 0.239 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.226 / ESU R Free: 0.369 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.268	3785	5 %	EXTENDED FROM THE SAME SET USED IN 2QP7 (APO-BFR)
R_work	0.25	-	-	-
obs	0.251	71794	98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.74 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→32.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15912	0	374	246	16532

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.021	16576
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.856	2.019	22452
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.891	5	1956
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.238	24.675	924
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.763	15	3156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.318	15	132
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.149	0.2	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	12696
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	8469
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.32	0.2	11332
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	510
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.048	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.222	0.2	139
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.309	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.819	1.5	9788
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.208	2	15228
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.186	3	7696
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.482	4.5	7200
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

数: 1333 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	tight positional	0.01	0.05
1	2	B	tight positional	0.01	0.05
1	3	C	tight positional	0.01	0.05
1	4	D	tight positional	0.01	0.05
1	5	E	tight positional	0.01	0.05
1	6	F	tight positional	0.01	0.05
1	7	G	tight positional	0.01	0.05
1	8	H	tight positional	0.01	0.05
1	9	I	tight positional	0.01	0.05
1	10	J	tight positional	0.01	0.05
1	11	K	tight positional	0.01	0.05
1	12	L	tight positional	0.01	0.05
2	1	B	tight positional	0.01	0.05
2	2	A	tight positional	0.01	0.05
2	3	C	tight positional	0.01	0.05
2	4	D	tight positional	0.01	0.05
2	5	E	tight positional	0.01	0.05
2	6	F	tight positional	0.01	0.05
2	7	G	tight positional	0.01	0.05
2	8	H	tight positional	0.01	0.05
2	9	I	tight positional	0.01	0.05
2	10	J	tight positional	0.01	0.05
2	11	K	tight positional	0.01	0.05
2	12	L	tight positional	0.01	0.05
3	1	C	tight positional	0.01	0.05
3	2	A	tight positional	0.01	0.05
3	3	B	tight positional	0.01	0.05
3	4	D	tight positional	0.01	0.05
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LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.429	213	-
R_work	0.385	4843	-
obs	-	-	90.53 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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