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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4tof | ||||||
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タイトル | 1.65A resolution structure of BfrB (C89S, K96C) crystal form 1 from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
要素 | Bacterioferritin | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / ELECTRON TRANSPORT / IRON STORAGE / iron binding / iron mobilization | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / iron ion binding / heme binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Lovell, S. / Battaile, K.P. / Yao, H. / Kumar, R. / Eshelman, K. / Rivera, M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015 タイトル: Concerted motions networking pores and distant ferroxidase centers enable bacterioferritin function and iron traffic. 著者: Yao, H. / Rui, H. / Kumar, R. / Eshelman, K. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Im, W. / Rivera, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4tof.cif.gz | 168.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4tof.ent.gz | 131.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4tof.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4tof_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4tof_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4tof_validation.xml.gz | 34.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4tof_validation.cif.gz | 49.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/4tof ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/4tof | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6|||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological unit (24-mer) can be generated by applying the following symmetry operators on the asymmetric unit: -X+Y, Y, -Z-1/2 -Y-1, X-Y-1, Z -Y-1, -X-1, -Z-1/2 -X+Y, -X-1, Z X, X-Y-1, -Z-1/2 |
-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 18538.066 Da / 分子数: 4 / 変異: C89S, K96C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: bfrB, PA3531 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ARCTIC EXPRESS RIL / 参照: UniProt: Q9HY79, ferroxidase |
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-非ポリマー , 5種, 782分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 化合物 | ChemComp-K / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | Colour: Red Prism / マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.01 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: 35% (v/v) MPD, 0.1M MES, 0.2M Lithium Sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月27日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.65→49.13 Å / Num. obs: 134788 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.9 % / Biso Wilson estimate: 20.67 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 2688900 / Scaling rejects: 2 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3IS7 解像度: 1.65→38.095 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.69 / 位相誤差: 15.01 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 80.21 Å2 / Biso mean: 22.5906 Å2 / Biso min: 11.65 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.65→38.095 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %
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