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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4tnu | ||||||
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タイトル | Human brain aspartoacylase mutant Y231C complex with intermediate analog (N-phosphonomethyl-L-aspartate) | ||||||
![]() | Aspartoacylase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Canavan disease / Zinc-dependent hydrolase / aspartoacylase family / aminoacylase-2 / N-acetyl-L-aspartate | ||||||
機能・相同性 | ![]() aspartoacylase / aspartoacylase activity / acetate metabolic process / aspartate metabolic process / Aspartate and asparagine metabolism / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / hydrolase activity, acting on ester bonds / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wijayasinghe, Y.S. / Pavlovsky, A.G. / Viola, R.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Aspartoacylase catalytic deficiency as the cause of canavan disease: a structural perspective. 著者: Wijayasinghe, Y.S. / Pavlovsky, A.G. / Viola, R.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 134.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 104.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 451.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 455.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 10 - 310 / Label seq-ID: 10 - 310
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35724.051 Da / 分子数: 2 / 変異: Y231C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.96 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 14% PEG 3350, 0.05M sodium citrate, 0.3M potassium phosphate (dibasic), 3% ethylene glycol, 0.01M DTT |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.283 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 25970 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0032 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2O4H 解像度: 2.9→48.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 13.541 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.572 / ESU R Free: 0.309 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70.51 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.9→48.88 Å
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拘束条件 |
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