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- PDB-4tnl: 1.8 A resolution room temperature structure of Thermolysin record... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tnl
タイトル1.8 A resolution room temperature structure of Thermolysin recorded using an XFEL
要素Thermolysin
キーワードHYDROLASE / Zn protease / X-ray free electron laser
機能・相同性
機能・相同性情報


thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / : / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain ...Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / : / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain / Fungalysin/Thermolysin Propeptide Motif / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kern, J. / Tran, R. / Alonso-Mori, R. / Koroidov, S. / Echols, N. / Hattne, J. / Ibrahim, M. / Gul, S. / Laksmono, H. / Sierra, R.G. ...Kern, J. / Tran, R. / Alonso-Mori, R. / Koroidov, S. / Echols, N. / Hattne, J. / Ibrahim, M. / Gul, S. / Laksmono, H. / Sierra, R.G. / Gildea, R.J. / Han, G. / Hellmich, J. / Lassalle-Kaiser, B. / Chatterjee, R. / Brewster, A. / Stan, C.A. / Gloeckner, C. / Lampe, A. / DiFiore, D. / Milathianaki, D. / Fry, A.R. / Seibert, M.M. / Koglin, J.E. / Gallo, E. / Uhlig, J. / Sokaras, D. / Weng, T.-C. / Zwart, P.H. / Skinner, D.E. / Bogan, M.J. / Messerschmidt, M. / Glatzel, P. / Williams, G.J. / Boutet, S. / Adams, P.D. / Zouni, A. / Messinger, J. / Sauter, N.K. / Bergmann, U. / Yano, J. / Yachandra, V.K.
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Taking snapshots of photosynthetic water oxidation using femtosecond X-ray diffraction and spectroscopy.
著者: Kern, J. / Tran, R. / Alonso-Mori, R. / Koroidov, S. / Echols, N. / Hattne, J. / Ibrahim, M. / Gul, S. / Laksmono, H. / Sierra, R.G. / Gildea, R.J. / Han, G. / Hellmich, J. / Lassalle-Kaiser, ...著者: Kern, J. / Tran, R. / Alonso-Mori, R. / Koroidov, S. / Echols, N. / Hattne, J. / Ibrahim, M. / Gul, S. / Laksmono, H. / Sierra, R.G. / Gildea, R.J. / Han, G. / Hellmich, J. / Lassalle-Kaiser, B. / Chatterjee, R. / Brewster, A.S. / Stan, C.A. / Glockner, C. / Lampe, A. / DiFiore, D. / Milathianaki, D. / Fry, A.R. / Seibert, M.M. / Koglin, J.E. / Gallo, E. / Uhlig, J. / Sokaras, D. / Weng, T.C. / Zwart, P.H. / Skinner, D.E. / Bogan, M.J. / Messerschmidt, M. / Glatzel, P. / Williams, G.J. / Boutet, S. / Adams, P.D. / Zouni, A. / Messinger, J. / Sauter, N.K. / Bergmann, U. / Yano, J. / Yachandra, V.K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010
タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution.
著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy ...著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert Oeffner / Randy J Read / David C Richardson / Jane S Richardson / Thomas C Terwilliger / Peter H Zwart /
要旨: Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many ...Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many of these structures because of the need for manual interpretation of complex numerical data using many software packages and the repeated use of interactive three-dimensional graphics. PHENIX has been developed to provide a comprehensive system for macromolecular crystallographic structure solution with an emphasis on the automation of all procedures. This has relied on the development of algorithms that minimize or eliminate subjective input, the development of algorithms that automate procedures that are traditionally performed by hand and, finally, the development of a framework that allows a tight integration between the algorithms.
履歴
登録2014年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月23日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.32015年10月7日Group: Other
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thermolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5866
ポリマ－34,3601
非ポリマー2265
水5,837324
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.0407, 93.0407, 130.41
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-588-

HOH

21A-605-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Thermolysin / Thermostable neutral proteinase


分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 233-548 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
参照: UniProt: P00800, thermolysin
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 120408

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode
詳細: 300 ul of the protein stock was mixed in a 1:1 ratio with 40% PEG 2000, 100 mM MES pH 6.5, 5 mM CaCl2. Crystallization occurred within minutes.

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.27 Å
検出器タイプ: CS-PAD detector / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月3日
詳細: Collected at the CXI instrument at LCLS/SLAC using the CSPAD
放射モノクロメーター: No monochromator, FEL beam with 20-30 eV bandwidth
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.27 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→34.27 Å / Num. obs: 31458 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1468 % / Biso Wilson estimate: 16.3967395539 Å2 / Net I/σ(I): 71.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 14.6 % / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1647+SVN精密化
cctbx.xfelデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2tli

2tli


解像度: 1.8→34.27 Å / SU ML: 0.204817582335 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42149651097 / 位相誤差: 20.1997292845
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232602531993 3063 5.2358974359 %
Rwork0.211866857775 55437 -
obs0.212950766366 58500 99.9128964492 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.1244048785 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2415 0 5 324 2744
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005142269747712473
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9237274396283369
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0342922692207359
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0040116139072445
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5608297587845
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.82810.3751932589951350.3692272075142482X-RAY DIFFRACTION98.3464862834
1.8281-1.85810.3672519720661400.340020054882540X-RAY DIFFRACTION99.7766195086
1.8581-1.89010.3093940299261460.3169467107282482X-RAY DIFFRACTION99.9619627235
1.8901-1.92450.2668887776521380.2797105572322540X-RAY DIFFRACTION100
1.9245-1.96150.2195991003421400.2578731122722498X-RAY DIFFRACTION100
1.9615-2.00160.2344724710721420.2510315694172537X-RAY DIFFRACTION100
2.0016-2.04510.2761279448231350.2372546274752516X-RAY DIFFRACTION100
2.0451-2.09260.263024768471390.2303894325742522X-RAY DIFFRACTION100
2.0926-2.1450.2708426772851360.2194595846132535X-RAY DIFFRACTION100
2.145-2.20290.2514569207131660.2180352078132481X-RAY DIFFRACTION100
2.2029-2.26780.2183705362951530.2038337064372517X-RAY DIFFRACTION100
2.2678-2.34090.2670944531951440.1963869895012503X-RAY DIFFRACTION100
2.3409-2.42460.2477035556021280.2012590371842545X-RAY DIFFRACTION100
2.4246-2.52160.2333296073841240.2032785574612538X-RAY DIFFRACTION100
2.5216-2.63640.2321956841361760.1917352904322477X-RAY DIFFRACTION100
2.6364-2.77530.2371842003321400.1845758143182515X-RAY DIFFRACTION100
2.7753-2.94910.2292608623591280.1919083531592543X-RAY DIFFRACTION100
2.9491-3.17660.1824246594051240.1928204358442524X-RAY DIFFRACTION100
3.1766-3.4960.2298756434731260.1869447554692552X-RAY DIFFRACTION100
3.496-4.00120.1853468455811340.1895702234072523X-RAY DIFFRACTION100
4.0012-5.03860.1787992405481440.1887944210872523X-RAY DIFFRACTION100
5.0386-34.27970.2433430223191250.2128550145742544X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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