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- PDB-4tmx: Translation initiation factor eIF5B (517-858) mutant D533N from C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tmx
タイトルTranslation initiation factor eIF5B (517-858) mutant D533N from C. thermophilum, bound to GTP and sodium
要素eIF5B
キーワードTRANSLATION / Translation factor / GTPase / monovalent cation / translation initiation
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-synthesizing GTPase / translation initiation factor activity / GTPase activity / GTP binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Elongation factor Tu-type domain / Elongation factor Tu domain 4 / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain ...Elongation factor Tu-type domain / Elongation factor Tu domain 4 / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Eukaryotic translation initiation factor 5B
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kuhle, B. / Ficner, R.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2014
タイトル: A monovalent cation acts as structural and catalytic cofactor in translational GTPases.
著者: Kuhle, B. / Ficner, R.
履歴
登録2014年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月19日Group: Database references
改定 1.22014年12月24日Group: Database references
改定 1.32016年2月24日Group: Structure summary
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: eIF5B
B: eIF5B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,80823
ポリマ－76,7382
非ポリマー2,07021
水15,115839
1
A: eIF5B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,37411
ポリマ－38,3691
非ポリマー1,00510
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: eIF5B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,43412
ポリマ－38,3691
非ポリマー1,06511
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.530, 116.820, 66.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1HISHISGLUGLUchain AAA515 - 8562 - 343
2GLYGLYASPASPchain BBB514 - 8581 - 345
詳細The biological unit is a monomer. There are 2 fragments of the biological unit in the asymmetric unit (chains A & B)

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 eIF5B


分子量: 38369.031 Da / 分子数: 2 / 断片: G domain and domain II / 変異: D533N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: G0S8G9*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 860分子

#2: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 839 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細The accession number on NCBI for the corresponding gene is XP_006693439.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.25 / 詳細: HEPES, PEG 4000, NaOAc

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→46.43 Å / Num. obs: 131458 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 18.33 Å2 / Rmerge F obs: 1 / Rrim(I) all: 0.029 / Χ2: 0.988 / Net I/σ(I): 24.4 / Num. measured all: 542891
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible allRmerge(I) obs
1.5-1.590.8032.936090979394670.59898.2
1.54-1.580.8713.7739964951794820.46399.60.405
1.58-1.630.9214.7738896928092320.36299.50.316
1.63-1.680.9435.8737065899589420.28999.40.252
1.68-1.730.9637.3935447874986730.22399.10.194
1.73-1.790.9769.2331617846083210.16998.40.146
1.79-1.860.98813.1634375811480930.12299.70.107
1.86-1.940.99216.533382783678060.09799.60.085
1.94-2.020.99620.9131902751574950.07499.70.065
2.02-2.120.99727.6130407724771930.05499.30.047
2.12-2.240.99833.2426808686367770.04298.70.036
2.24-2.370.99941.7927067646164500.03399.80.029
2.37-2.540.99950.3826542610460920.02799.80.024
2.54-2.740.99956.4724149564556320.02499.80.021
2.74-30.99964.5121703524352010.0299.20.018
3-3.35178.9617627472846480.01598.30.013
3.35-3.871104.0217990417541720.01299.90.01
3.87-4.74112214927355135390.0199.70.009
4.74-6.711104.7710235274627170.01198.90.01
6.711119.586698153115230.01499.50.012

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.55 Å46.43 Å
Translation4.55 Å46.43 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALE2.5.2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1690)精密化
PHASER位相決定
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NCN

4ncn


解像度: 1.5→46.43 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1816 6573 5 %
Rwork0.155 124875 -
obs0.1564 131448 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 102.44 Å2 / Biso mean: 25.4756 Å2 / Biso min: 8.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→46.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5357 0 128 880 6365
Biso mean--25.27 37 -
残基数----687
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0146060
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6198235
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086917
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091094
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5842368
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3202X-RAY DIFFRACTION8.58TORSIONAL
12B3202X-RAY DIFFRACTION8.58TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5004-1.51740.29352040.25393883408794
1.5174-1.53530.25442200.23014183440399
1.5353-1.5540.2432180.214341364354100
1.554-1.57370.23252200.208941714391100
1.5737-1.59440.23312200.199441974417100
1.5944-1.61620.21582200.19674164438499
1.6162-1.63930.24232180.18814146436499
1.6393-1.66380.21442180.1854152437099
1.6638-1.68980.22062200.179241664386100
1.6898-1.71750.23652170.1744137435499
1.7175-1.74710.19282210.17834183440499
1.7471-1.77890.19642140.17814076429098
1.7789-1.81310.21052200.17214176439699
1.8131-1.85010.18162220.160142144436100
1.8501-1.89040.18732170.1641224339100
1.8904-1.93430.19492180.159241514369100
1.9343-1.98270.19672220.159342194441100
1.9827-2.03630.18742190.155741574376100
2.0363-2.09620.17632210.15154192441399
2.0962-2.16390.17852180.14984149436799
2.1639-2.24120.17512190.14954153437299
2.2412-2.3310.17632190.145641604379100
2.331-2.4370.16782220.14542264448100
2.437-2.56550.1882200.147741744394100
2.5655-2.72620.18322200.153241774397100
2.7262-2.93670.19232200.15454198441899
2.9367-3.23220.16432180.14964134435298
3.2322-3.69970.1692230.143742284451100
3.6997-4.66050.15012210.129842154436100
4.6605-46.45220.17272240.15744236446099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.04530.1281-0.1411.45610.01320.90190.0078-0.07510.040.09220.01330.0079-0.0267-0.0089-0.01930.1048-0.01160.00580.1095-0.00930.078351.555821.615320.7107
21.2787-0.2548-0.20443.42160.88581.1710.0090.0215-0.1740.02330.0021-0.18470.083-0.03350.01220.15530.01080.00240.2249-0.0040.208767.7933-0.313216.7351
31.8034-0.6803-0.22155.1248-0.02531.18730.06420.0974-0.089-0.36020.01460.05950.0119-0.0755-0.05310.15420.00170.01470.2087-0.02460.169865.4214.42099.9074
45.835-3.1941.52828.4016-0.92796.1780.4286-1.1909-1.24440.90680.03650.07651.134-0.2401-0.40950.5171-0.0821-0.10810.48460.08570.485673.5927-10.213924.37
51.1179-0.04550.01081.4510.4251.54270.0083-0.0473-0.0080.0484-0.0413-0.00130.0091-0.00470.03030.10140.0086-0.01010.1160.00510.127939.1619-13.3621.7136
61.3797-0.2044-0.38013.1836-0.06533.0170.05710.1217-0.2728-0.0941-0.1480.26870.1685-0.24220.06420.08170.0324-0.0310.1288-0.02710.15730.6361-14.316-6.8738
71.961-0.39721.07892.77190.03843.3974-0.04110.1130.3157-0.1793-0.0499-0.0321-0.45810.10610.10680.2154-0.01580.00030.10110.02140.184840.19977.7777-7.0885
85.00665.3749-0.81028.1586-1.63972.038-0.11560.35370.4535-0.53610.04340.6638-0.2665-0.2240.06680.23850.0801-0.07030.22620.00970.179328.6897-0.6079-15.8703
90.9536-0.1091-0.19991.5976-0.21242.3680.01890.03950.0298-0.0662-0.00680.3483-0.1137-0.3836-0.00230.12950.0282-0.02420.1525-0.02020.184729.8705-3.7306-1.2995
105.7705-2.6972-0.63013.83540.20352.67510.0396-0.0925-0.0213-0.02180.0008-0.12040.13980.17750.00520.1227-0.0339-0.01030.11840.02340.105839.0527-24.376210.4915
112.2720.7470.20192.9957-0.60852.40310.0278-0.0129-0.187-0.0609-0.0834-0.32960.29630.13720.05010.18040.0165-0.02220.16450.03780.139547.3381-27.549213.5562
122.89680.4448-0.35044.4102-1.41727.113-0.0709-0.0896-0.5281-0.2952-0.00230.38211.3203-0.98430.09210.4766-0.1085-0.02370.3110.0020.298538.3727-39.919713.1038
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 515 through 736 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 737 through 797 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 798 through 838 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 839 through 856 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 514 through 626 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 627 through 652 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 653 through 672 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 673 through 693 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 694 through 736 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 737 through 771 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 772 through 826 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 827 through 858 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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