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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4tms | ||||||
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タイトル | PLASTIC ADAPTATION TOWARD MUTATIONS IN PROTEINS: STRUCTURAL COMPARISON OF THYMIDYLATE SYNTHASES | ||||||
要素 | THYMIDYLATE SYNTHASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (METHYLTRANSFERASE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / methylation / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lactobacillus casei (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Finer-Moore, J. / Stroud, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 1990 タイトル: Plastic adaptation toward mutations in proteins: structural comparison of thymidylate synthases. 著者: Perry, K.M. / Fauman, E.B. / Finer-Moore, J.S. / Montfort, W.R. / Maley, G.F. / Maley, F. / Stroud, R.M. #1: ジャーナル: Science / 年: 1987 タイトル: Atomic Structure of Thymidylate Synthase: Target for Rational Drug Design 著者: Hardy, L.W. / Finer-Moore, J.S. / Montfort, W.R. / Jones, M.O. / Santi, D.V. / Stroud, R.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4tms.cif.gz | 76.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4tms.ent.gz | 58.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4tms.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/4tms ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/4tms | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36630.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactobacillus casei (バクテリア) 参照: UniProt: P00469, thymidylate synthase |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.11 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.08 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 22275 / % possible obs: 90.5 % / Num. measured all: 66941 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.35→7 Å / Rfactor obs: 0.193 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→7 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 7 Å / Rfactor obs: 0.193 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: p_angle_d |