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- PDB-4tmn: SLOW-AND FAST-BINDING INHIBITORS OF THERMOLYSIN DISPLAY DIFFERENT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tmn
タイトルSLOW-AND FAST-BINDING INHIBITORS OF THERMOLYSIN DISPLAY DIFFERENT MODES OF BINDING. CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF EXTENDED PHOSPHONAMIDATE TRANSITION-STATE ANALOGUES
要素THERMOLYSIN
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex / METALLOPROTEINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain ...Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain / Fungalysin/Thermolysin Propeptide Motif / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CBZ-PHE-P-LEU-ALA (ZFPLA) / Chem-0PK / Thermolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Holden, H.M. / Tronrud, D.E. / Monzingo, A.F. / Weaver, L.H. / Matthews, B.W.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1987
タイトル: Slow- and fast-binding inhibitors of thermolysin display different modes of binding: crystallographic analysis of extended phosphonamidate transition-state analogues.
著者: Holden, H.M. / Tronrud, D.E. / Monzingo, A.F. / Weaver, L.H. / Matthews, B.W.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1987
タイトル: Structures of Two Thermolysin-Inhibitor Complexes that Differ by a Single Hydrogen Bond
著者: Tronrud, D.E. / Holden, H.M. / Matthews, B.W.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1986
タイトル: Crystallographic Structural Analysis of Phosphoramidates as Inhibitors and Transition-State Analogs of Thermolysin
著者: Tronrud, D.E. / Monzingo, A.F. / Matthews, B.W.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1984
タイトル: Binding of N-Carboxymethyl Dipepetide Inhibitors to Thermolysin Determined by X-Ray Crystallography. A Novel Class of Transition-State Analogues for Zinc Peptidases
著者: Monzingo, A.F. / Matthews, B.W.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1984
タイトル: An Interactive Computer Graphics Study of Thermolysin-Catalyzed Peptide Cleavage and Inhibition by N-Carboxymethyl Dipeptides
著者: Hangauer, D.G. / Monzingo, A.F. / Matthews, B.W.
#5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1983
タイトル: Structural Analysis of the Inhibition of Thermolysin by an Active-Site-Directed Irreversible Inhibitor
著者: Holmes, M.A. / Tronrud, D.E. / Matthews, B.W.
#6: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1982
タイトル: Structure of a Mercaptan-Thermolysin Complex Illustrates Mode of Inhibition of Zinc Proteases by Substrate-Analogue Mercaptans
著者: Monzingo, A.F. / Matthews, B.W.
#7: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982
タイトル: Structure of Thermolysin Refined at 1.6 Angstroms Resolution
著者: Holmes, M.A. / Matthews, B.W.
#8: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1981
タイトル: Binding of Hydroxamic Acid Inhibitors to Crystalline Thermolysin Suggests a Pentacoordinate Zinc Intermediate in Catalysis
著者: Holmes, M.A. / Matthews, B.W.
#9: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1979
タイトル: Binding of the Biproduct Analog L-Benzylsuccinic Acid to Thermolysin Determined by X-Ray Crystallography
著者: Bolognesi, M.C. / Matthews, B.W.
#10: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1977
タイトル: Comparison of the Structures of Carboxypeptidase a and Thermolysin
著者: Kester, W.R. / Matthews, B.W.
#11: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1977
タイトル: A Crystallographic Study of the Complex of Phosphoramidon with Thermolysin. A Model for the Presumed Catalytic Transition State and for the Binding of Extended Substrates
著者: Weaver, L.H. / Kester, W.R. / Matthews, B.W.
#12: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1977
タイトル: Crystallographic Study of the Binding of Dipeptide Inhibitors to Thermolysin. Implications for the Mechanism of Catalysis
著者: Kester, W.R. / Matthews, B.W.
#13: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1976
タイトル: Role of Calcium in the Thermal Stability of Thermolysin
著者: Dahlquist, F.W. / Long, J.W. / Bigbee, W.L.
#14: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1975
タイトル: Evidence of Homologous Relationship between Thermolysin and Neutral Protease a of Bacillus Subtilis
著者: Levy, P.L. / Pangburn, M.K. / Burstein, Y. / Ericsson, L.H. / Neurath, H. / Walsh, K.A.
#15: ジャーナル: Experientia,Suppl. / 年: 1976
タイトル: The Structure and Stability of Thermolysin
著者: Weaver, L.H. / Kester, W.R. / Teneyck, L.F. / Matthews, B.W.
#16: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1974
タイトル: The Conformation of Thermolysin
著者: Matthews, B.W. / Weaver, L.H. / Kester, W.R.
#17: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1974
タイトル: Binding of Lanthanide Ions to Thermolysin
著者: Matthews, B.W. / Weaver, L.H.
#18: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1972
タイトル: The Structure of Thermolysin. An Electron Density Map at 2.3 Angstroms Resolution
著者: Colman, P.M. / Jansonius, J.N. / Matthews, B.W.
#19: ジャーナル: Nature New Biol. / 年: 1972
タイトル: Amino-Acid Sequence of Thermolysin
著者: Titani, K. / Hermodson, M.A. / Ericsson, L.H. / Walsh, K.A. / Neurath, H.
#20: ジャーナル: Nature New Biol. / 年: 1972
タイトル: Three Dimensional Structure of Thermolysin
著者: Matthews, B.W. / Jansonius, J.N. / Colman, P.M. / Schoenborn, B.P. / Duporque, D.
#21: ジャーナル: Nature New Biol. / 年: 1972
タイトル: Structure of Thermolysin
著者: Matthews, B.W. / Colman, P.M. / Jansonius, J.N. / Titani, K. / Walsh, K.A. / Neurath, H.
#22: ジャーナル: Macromolecules / 年: 1972
タイトル: The Gamma Turn. Evidence for a New Folded Conformation in Proteins
著者: Matthews, B.W.
#23: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1972
タイトル: Rare Earths as Isomorphous Calcium Replacements for Protein Crystallography
著者: Colman, P.M. / Weaver, L.H. / Matthews, B.W.
履歴
登録1987年6月29日処理サイト: BNL
改定 1.01989年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年6月13日Group: Derived calculations
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 1.52017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02022年11月23日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
詳細: ORTHOGONAL X,Y,Z AXES WERE REALIGNED FROM A*,B,C TO A,B*,C CRYSTALLOGRAPHIC DIRECTIONS
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 700SHEET THE *ACTIVE-SITE* SHEET SUBSTRUCTURE OF THIS MOLECULE HAS ONE EDGE-STRAND COMPRISED OF TWO ...SHEET THE *ACTIVE-SITE* SHEET SUBSTRUCTURE OF THIS MOLECULE HAS ONE EDGE-STRAND COMPRISED OF TWO DISTINCT SEQUENCES OF THE POLYPEPTIDE CHAIN. TO REPRESENT THIS FEATURE AN EXTRA SHEET IS DEFINED. STRANDS 2,3,4,5 OF S1 ARE IDENTICAL TO STRANDS 2,3,4,5 OF S2.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: THERMOLYSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1087
ポリマ－34,3621
非ポリマー7456
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.100, 94.100, 131.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Atom site foot note1: RESIDUE 51 IS A CIS-PROLINE. / 2: ATOMS 2615 - 2621 LIE IN SUBSITE S1. / 3: ATOMS 2626 - 2629 LIE IN SUBSITE S1(PRIME). / 4: ATOM 2634 LIES IN SUBSITE S2(PRIME). / 5: ATOMS 2613 AND 2614 ARE BONDED TO THE ZINC ATOM.

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要素

#1: タンパク質 THERMOLYSIN


分子量: 34362.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
参照: UniProt: P00800, thermolysin
#2: 化合物 ChemComp-0PK / N-[(S)-[(1R)-1-{[(benzyloxy)carbonyl]amino}-2-phenylethyl](hydroxy)phosphoryl]-L-leucyl-L-alanine / ZFPLA / N-[[(R)-α-(ベンジルオキシカルボニルアミノ)フェネチル]ホスホニル]-L-Leu-L-Ala-OH


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 519.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H34N3O7P / 参照: CBZ-PHE-P-LEU-ALA (ZFPLA)
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE ACTIVE SITE CLEFT OF THERMOLYSIN CONTAINS AT LEAST FOUR SUBSITES S1, S1(PRIME), S2, AND ...THE ACTIVE SITE CLEFT OF THERMOLYSIN CONTAINS AT LEAST FOUR SUBSITES S1, S1(PRIME), S2, AND S2(PRIME) WHICH PARTICIPATE IN THE BINDING OF EXTENDED SUBSTRATES. THEY ARE SPECIFIED ON *SITE* RECORDS BELOW.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.94 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.2 / 手法: unknown / 詳細: Holmes, M.A., (1982) J.Mol.Biol., 160, 623.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12.5 M11CsCl
20.01 Mcalcium acetate12
30.01 MTris12
47 %(v/v)dimethylsulphoxide12

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / Num. obs: 28875 / Num. measured all: 58214 / Rmerge(I) obs: 0.042

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.17 / 最高解像度: 1.7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2432 0 41 162 2635
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3.2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 28691 / Rfactor obs: 0.17
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: t_dihedral_angle_deg / Dev ideal: 16.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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