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- PDB-4tlp: Crystal structure of a alanine91 mutant of WCI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tlp
タイトルCrystal structure of a alanine91 mutant of WCI
要素Chymotrypsin inhibitor 3
キーワードHYDROLASE / Inhibitor / Chymotrypsin inhibitor / Tryptophan
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity
類似検索 - 分子機能
Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chymotrypsin inhibitor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Psophocarpus tetragonolobus (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sen, U. / Majumder, S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Atomic Energy インド
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2015
タイトル: A conserved tryptophan (W91) at the barrel-lid junction modulates the packing and stability of Kunitz (STI) family of inhibitors.
著者: Majumder, S. / Khamrui, S. / Banerjee, R. / Bhowmik, P. / Sen, U.
履歴
登録2014年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22014年12月24日Group: Database references
改定 2.02019年2月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / refine_hist / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chymotrypsin inhibitor 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3411
ポリマ－19,3411
非ポリマー00
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.290, 69.950, 70.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Chymotrypsin inhibitor 3 / WCI-3


分子量: 19340.973 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-200 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Psophocarpus tetragonolobus (マメ科)
発現宿主: Atlantibacter hermannii (バクテリア) / 参照: UniProt: P10822
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 30% PEG6000, 0.1M Sodium Citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→35.165 Å / Num. obs: 14305 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.2 % / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル最高解像度: 1.9 Å / 冗長度: 14.2 % / Mean I/σ(I) obs: 16.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8_1069) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EYL

1eyl


解像度: 1.9→35.165 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2052 719 5.03 %
Rwork0.1707 --
obs0.1725 14305 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.165 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1361 0 0 129 1490
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071398
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2251900
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.276525
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.122213
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006250
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-2.04670.26921550.19342645X-RAY DIFFRACTION100
2.0467-2.25260.22841330.17652682X-RAY DIFFRACTION100
2.2526-2.57850.25181320.1822686X-RAY DIFFRACTION100
2.5785-3.24830.2261430.18042726X-RAY DIFFRACTION100
3.2483-35.17110.16751560.15652847X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1837-0.08390.5832.74770.12461.8620.08420.1009-0.1242-0.30820.00550.00870.0665-0.0378-0.06970.2171-0.0095-0.00850.192-0.01720.2091-1.40196.51417.9926
21.11481.1478-0.01673.9853-0.14151.7061-0.02320.178-0.0338-0.564-0.0078-0.14540.02840.0524-0.00530.180.02310.02070.17920.00680.12390.815211.963613.9328
31.39730.09820.40111.72320.681.3673-0.0093-0.1674-0.02050.1141-0.14670.33980.082-0.3420.0870.1179-0.01280.01470.1779-0.0190.1797-5.282114.416326.3478
41.76861.0424-0.30642.52480.20032.00280.1077-0.02180.22320.0703-0.12870.151-0.1484-0.15510.06460.1190.0193-0.00960.1374-0.01820.1491-0.168119.877424.678
55.15582.20593.51413.3003-0.94084.85720.33060.7637-0.1502-0.52980.1966-1.49910.66190.8472-0.30990.25820.08930.12860.3312-0.0410.454912.05135.229714.1786
62.6218-1.31110.62043.11781.74272.29150.0481-0.0709-0.07210.4937-0.0951-0.45570.09040.18780.05550.18990.0155-0.0460.1570.00960.07385.362311.303629.6046
73.77140.44810.63133.64031.66814.4364-0.1431-0.2854-0.19120.33880.0172-0.34520.51140.1288-0.00670.33840.03480.04580.2050.00340.33925.40434.358220.3467
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 50 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 51 through 77 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 78 through 106 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 107 through 124 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 125 through 137 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 138 through 165 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 166 through 179 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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