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万見
- PDB-4tlg: Crystal structure of SEC14-like protein 4 (SEC14L4) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tlg
タイトルCrystal structure of SEC14-like protein 4 (SEC14L4)
要素SEC14-like protein 4
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SEC14L4
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GOLD domain / : / Phosphatidylinositol Transfer Protein Sec14p / CRAL-TRIO lipid binding domain / GOLD domain superfamily / GOLD domain / GOLD domain profile. / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain ...GOLD domain / : / Phosphatidylinositol Transfer Protein Sec14p / CRAL-TRIO lipid binding domain / GOLD domain superfamily / GOLD domain / GOLD domain profile. / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain superfamily / CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UNDECANOIC ACID / SEC14-like protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Vollmar, M. / Kopec, J. / Kiyani, W. / Shrestha, L. / Sorrell, F. / Krojer, T. / Williams, E. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. ...Vollmar, M. / Kopec, J. / Kiyani, W. / Shrestha, L. / Sorrell, F. / Krojer, T. / Williams, E. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bountra, C. / Yue, W.W.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of SEC14-like protein 4 (SEC14L4)
著者: Vollmar, M.
履歴
登録2014年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月9日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SEC14-like protein 4
B: SEC14-like protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,93130
ポリマ－92,9452
非ポリマー1,98628
水8,305461
1
A: SEC14-like protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,71419
ポリマ－46,4721
非ポリマー1,24118
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SEC14-like protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,21711
ポリマ－46,4721
非ポリマー74510
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.185, 79.495, 82.395
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 SEC14-like protein 4 / Tocopherol-associated protein 3


分子量: 46472.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEC14L4, TAP3 / プラスミド: pNIC28Bsa / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q9UDX3
#2: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-11A / UNDECANOIC ACID / ウンデカン酸


分子量: 186.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H22O2 / コメント: 抗真菌剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Magnesium Chloride -- 0.1M tris pH 8.5 -- 25%(w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→37.33 Å / Num. obs: 640884 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 17.2

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0071 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OLM

1olm


解像度: 1.77→37.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 4.344 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19425 4425 5 %RANDOM
Rwork0.13843 ---
obs0.14118 83615 95.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.583 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.57 Å2-0 Å2-0.22 Å2
2---0.08 Å2-0 Å2
3---0.68 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.77→37.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6182 0 130 461 6773
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0196514
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026238
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2861.9838778
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.803314350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5495808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.93524.415299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.619151123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0191539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2960
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021465
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6832.5313163
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6822.5293162
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4573.8033955
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4573.8043956
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.332.9023351
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.332.9023352
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2094.1944811
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.70420.927358
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.70420.9227359
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.411312752
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free33.5315219
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded16.857512874
LS精密化 シェル解像度: 1.774→1.82 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 320 -
Rwork0.148 6166 -
obs-32318 95.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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