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- PDB-4tkx: Structure of Protease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tkx
タイトルStructure of Protease
要素Lys-gingipain W83
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / Cysteine protease / Gingivalis / Kgp / co-valent inhibitor / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


gingipain K / hemolysis in another organism / cysteine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cleaved adhesin / Peptidase C25, gingipain, C-terminal / Cleaved Adhesin Domain / Domain of unknown function (DUF2436) / Peptidase C25, Ig-like domain / Gingipain propeptide / Gingipain propeptide superfamily / Gingipain, N-terminal / Peptidase family C25, C terminal ig-like domain / Propeptide_C25 ...Cleaved adhesin / Peptidase C25, gingipain, C-terminal / Cleaved Adhesin Domain / Domain of unknown function (DUF2436) / Peptidase C25, Ig-like domain / Gingipain propeptide / Gingipain propeptide superfamily / Gingipain, N-terminal / Peptidase family C25, C terminal ig-like domain / Propeptide_C25 / Gingipain / Gingipain, N-terminal superfamily / Peptidase family C25 / Caspase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Tosyl-L-lysine chloromethyl ketone / ACETATE ION / : / LEAD (II) ION / Chem-TCK / Lys-gingipain W83
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Gorman, M.A. / Parker, M.W.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015
タイトル: Structure of the lysine specific protease Kgp from Porphyromonas gingivalis, a target for improved oral health.
著者: Gorman, M.A. / Seers, C.A. / Michell, B.J. / Feil, S.C. / Huq, N.L. / Cross, K.J. / Reynolds, E.C. / Parker, M.W.
履歴
登録2014年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.32015年4月8日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen ...diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Lys-gingipain W83
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,59021
ポリマ－49,9011
非ポリマー1,68920
水8,629479
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.941, 116.941, 86.852
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-707-

K

21L-871-

HOH

31L-880-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 L

#1: タンパク質 Lys-gingipain W83 / Lysine specific cysteine protease / Lysine-specific cysteine proteinase / Porphypain / PrtK48


分子量: 49900.637 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
遺伝子: kgp, prtK, prtP / 発現宿主: Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q51817, gingipain K

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非ポリマー , 8種, 499分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-PB / LEAD (II) ION


分子量: 207.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pb
#8: 化合物 ChemComp-TCK / N-[(1S)-5-amino-1-(chloroacetyl)pentyl]-4-methylbenzenesulfonamide / Tos-Lys-CH2Cl / TLCK


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 332.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H21ClN2O3S / 参照: Tosyl-L-lysine chloromethyl ketone
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.78 % / 解説: Hexagonal Rods
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 4000, Sodium Acetate, Ammonium Sulphate / PH範囲: 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.96 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月12日
放射モノクロメーター: Si(111) Silicon Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→48.5 Å / Num. all: 78616 / Num. obs: 78616 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 20.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8_1069)精密化
Blu-Iceデータ収集
SHELX位相決定
Cootモデル構築
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→40.71 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.8 / 位相誤差: 12.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.145 7473 5.04 %Random selection
Rwork0.12 ---
obs0.122 148260 97.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→40.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3521 0 88 479 4088
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093775
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2945144
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.321318
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08547
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006656
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5992-1.61740.29811790.27023567X-RAY DIFFRACTION74
1.6174-1.63640.28582150.24214027X-RAY DIFFRACTION83
1.6364-1.65640.2482050.23284138X-RAY DIFFRACTION87
1.6564-1.67740.24462110.20074422X-RAY DIFFRACTION91
1.6774-1.69940.23082750.18434513X-RAY DIFFRACTION94
1.6994-1.72270.17352170.17934690X-RAY DIFFRACTION97
1.7227-1.74730.17682440.16654776X-RAY DIFFRACTION99
1.7473-1.77340.21232480.16274865X-RAY DIFFRACTION100
1.7734-1.80110.1862760.14464753X-RAY DIFFRACTION100
1.8011-1.83060.17552680.12274799X-RAY DIFFRACTION100
1.8306-1.86220.13172600.11064805X-RAY DIFFRACTION100
1.8622-1.89610.15452350.10094797X-RAY DIFFRACTION100
1.8961-1.93250.13862530.10414842X-RAY DIFFRACTION100
1.9325-1.9720.15932620.10134813X-RAY DIFFRACTION100
1.972-2.01490.12562590.10134838X-RAY DIFFRACTION100
2.0149-2.06170.13932800.09214759X-RAY DIFFRACTION100
2.0617-2.11330.1262680.09384809X-RAY DIFFRACTION100
2.1133-2.17040.14082060.09094874X-RAY DIFFRACTION100
2.1704-2.23430.1152350.0854825X-RAY DIFFRACTION100
2.2343-2.30640.11122720.08334789X-RAY DIFFRACTION100
2.3064-2.38880.11912880.0894785X-RAY DIFFRACTION100
2.3888-2.48440.12812580.09284804X-RAY DIFFRACTION100
2.4844-2.59750.13072540.09394828X-RAY DIFFRACTION100
2.5975-2.73440.12392450.10824813X-RAY DIFFRACTION100
2.7344-2.90570.15432560.1154824X-RAY DIFFRACTION100
2.9057-3.130.1462260.1234820X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.44480.13862850.13014804X-RAY DIFFRACTION100
3.4448-3.94290.11862700.12264794X-RAY DIFFRACTION100
3.9429-4.96630.13252740.1144780X-RAY DIFFRACTION100
4.9663-40.72290.16772490.15684834X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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