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万見
- PDB-4tkr: Native-SAD phasing for ThiT from Listeria monocytogenes serovar. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tkr
タイトルNative-SAD phasing for ThiT from Listeria monocytogenes serovar.
要素Thiamine transporter thia
キーワードMEMBRANE PROTEIN / transporter / native-SAD phasing / multiple crystals / low energy / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS
機能・相同性
機能・相同性情報


thiamine transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Thiamine transporter ThiT / Thiamine transporter protein (Thia_YuaJ) / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 - #20 / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
THIAMINE DIPHOSPHATE / Thiamine transporter ThiT / Energy-coupled thiamine transporter ThiT
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.0023 Å
データ登録者Guo, Y. / Liu, Q. / Hendrickson, W.A. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM095315 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM107462 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Multi-crystal native SAD analysis at 6 keV.
著者: Liu, Q. / Guo, Y. / Chang, Y. / Cai, Z. / Assur, Z. / Mancia, F. / Greene, M.I. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録2014年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22014年10月8日Group: Database references
改定 1.32014年10月22日Group: Database references
改定 1.42017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / refine_hist / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.72023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiamine transporter thia
B: Thiamine transporter thia
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,39519
ポリマ－48,1592
非ポリマー5,23617
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6630 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.647, 95.647, 125.027
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Thiamine transporter thia


分子量: 24079.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
遺伝子: M637_10125, M638_09860, M640_06115, M641_06335, M643_01630, M644_08810, M645_06650
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S5L6I0, UniProt: A0A0B8R2U7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#3: 糖
ChemComp-BGL / 2-O-octyl-beta-D-glucopyranose / 2-O-octyl-beta-D-glucose / 2-O-octyl-D-glucose / 2-O-octyl-glucose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-D-Glcp2octylIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M tri-sodium citrate dihydrate, pH 5.6, 30% w/v polyethylene glycol (PEG) 4000, 3% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 2.07366 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.07366 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→40 Å / Num. obs: 13687 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 140.2 % / Net I/σ(I): 39.9

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8_1069) / 分類: 精密化
精密化解像度: 3.0023→39.315 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2343 1267 4.97 %
Rwork0.1978 --
obs0.1997 25496 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.0023→39.315 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2830 0 342 0 3172
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023255
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.664400
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3621082
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041527
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002476
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0023-3.12250.31821440.25142651X-RAY DIFFRACTION99
3.1225-3.26450.30251300.23392716X-RAY DIFFRACTION100
3.2645-3.43650.23181450.19092688X-RAY DIFFRACTION100
3.4365-3.65170.31241340.19472703X-RAY DIFFRACTION100
3.6517-3.93340.18891350.18872682X-RAY DIFFRACTION100
3.9334-4.32880.20351480.1782693X-RAY DIFFRACTION100
4.3288-4.95410.22821500.17452704X-RAY DIFFRACTION100
4.9541-6.23760.19551430.19242686X-RAY DIFFRACTION100
6.2376-39.31870.24691380.22632706X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.00470.5336-0.11651.38290.36510.76760.00450.2783-0.2068-0.07340.01190.01950.13120.0549-0.03590.25040.037-0.0030.587-0.01320.383211.512433.871636.3927
22.4213-0.8975-0.1171.7632-0.31251.5477-0.0038-0.108-0.11830.07920.02920.0650.1301-0.1664-0.02370.2252-0.0311-0.00530.52610.07450.3758-10.357335.825149.0674
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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