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- PDB-4tkn: Structure of the SNX17 FERM domain bound to the second NPxF motif... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tkn
タイトルStructure of the SNX17 FERM domain bound to the second NPxF motif of KRIT1
要素
  • Krev interaction trapped protein 1
  • Sorting nexin-17
キーワードPROTEIN TRANSPORT/SIGNALING PROTEIN / FERM domain / NPxY motif / NPxF motif / PROTEIN TRANSPORT-SIGNALING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiac septum development / GTPase regulator activity / endothelium development / integrin activation / coronary vasculature development / endocytic recycling / cholesterol catabolic process / negative regulation of endothelial cell migration / regulation of establishment of cell polarity / aorta development ...cardiac septum development / GTPase regulator activity / endothelium development / integrin activation / coronary vasculature development / endocytic recycling / cholesterol catabolic process / negative regulation of endothelial cell migration / regulation of establishment of cell polarity / aorta development / endosomal transport / low-density lipoprotein particle receptor binding / small GTPase-mediated signal transduction / negative regulation of endothelial cell proliferation / regulation of endocytosis / regulation of angiogenesis / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / phosphatidylinositol binding / receptor-mediated endocytosis / cell redox homeostasis / negative regulation of angiogenesis / intracellular protein transport / kidney development / cell-cell junction / cytoplasmic vesicle / angiogenesis / microtubule binding / cytoskeleton / early endosome / endosome membrane / endosome / signaling receptor binding / intracellular membrane-bounded organelle / Golgi apparatus / signal transduction / protein-containing complex / extracellular space / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA Binding Protein - #60 / Sorting nexin-17 / SNX17, atypical FERM-like domain / Sorting nexin-17/31, FERM domain / : / : / Sorting Nexin 17 FERM C-terminal domain / Sortin nexin 17/31, FERM domain, F2 lobe / Sortin nexin 17/27/31, FERM domain, F1 lobe / KRIT, N-terminal NPxY motif-rich region ...Acyl-CoA Binding Protein - #60 / Sorting nexin-17 / SNX17, atypical FERM-like domain / Sorting nexin-17/31, FERM domain / : / : / Sorting Nexin 17 FERM C-terminal domain / Sortin nexin 17/31, FERM domain, F2 lobe / Sortin nexin 17/27/31, FERM domain, F1 lobe / KRIT, N-terminal NPxY motif-rich region / Krev interaction trapped protein 1, FERM domain C-lobe / KRIT, N-terminal NPxY motif-rich domain superfamily / : / : / NUDIX, or N-terminal NPxY motif-rich, region of KRIT / KRIT1 ankyrin-repeats domain / KRIT1/FRMD8, FERM domain C-lobe / Ras-associating (RA) domain profile. / Acyl-CoA Binding Protein / Ras-associating (RA) domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / FERM central domain / PH-domain like / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / PH-like domain superfamily / Roll / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Krev interaction trapped protein 1 / Sorting nexin-17
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Stiegler, A.L. / Zhang, R. / Liu, W. / Boggon, T.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01 NS085078 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural Determinants for Binding of Sorting Nexin 17 (SNX17) to the Cytoplasmic Adaptor Protein Krev Interaction Trapped 1 (KRIT1).
著者: Stiegler, A.L. / Zhang, R. / Liu, W. / Boggon, T.J.
履歴
登録2014年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Database references
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
改定 1.62024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorting nexin-17
B: Sorting nexin-17
C: Sorting nexin-17
D: Krev interaction trapped protein 1
E: Krev interaction trapped protein 1
F: Krev interaction trapped protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,1796
ポリマ－103,1796
非ポリマー00
水86548
1
A: Sorting nexin-17
D: Krev interaction trapped protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3932
ポリマ－34,3932
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14320 Å2
手法PISA
2
B: Sorting nexin-17
E: Krev interaction trapped protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3932
ポリマ－34,3932
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area13820 Å2
手法PISA
3
C: Sorting nexin-17
F: Krev interaction trapped protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3932
ポリマ－34,3932
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area14820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.924, 191.202, 46.593
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.250, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

HOH

21C-402-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Sorting nexin-17


分子量: 32469.051 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNX17, KIAA0064 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15036
#2: タンパク質・ペプチド Krev interaction trapped protein 1 / Krev interaction trapped 1 / Cerebral cavernous malformations 1 protein


分子量: 1924.094 Da / 分子数: 3 / Fragment: UNP residues 225-237 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRIT1, CCM1 / プラスミド: pGEX-6p1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00522
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.9 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 5% PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 18042 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15 % / Biso Wilson estimate: 86.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.241 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 3→3.12 Å / 冗長度: 14.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GXB chain A

4gxb


解像度: 3→47.88 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2681 1794 10.02 %Random selection
Rwork0.2181 16107 --
obs0.223 17901 92.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 249.35 Å2 / Biso mean: 126.1331 Å2 / Biso min: 65.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→47.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6371 0 0 48 6419
Biso mean---87.08 -
残基数----788
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056476
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2458739
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0681014
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051095
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6062437
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3-3.08130.39181160.3444916103269
3.0813-3.17190.3421200.31291134125486
3.1719-3.27430.36061260.30541167129387
3.2743-3.39130.33491400.26521218135891
3.3913-3.5270.28311330.26111204133790
3.527-3.68750.29871380.24111281141995
3.6875-3.88180.28391380.23881261139994
3.8818-4.12490.2531410.20911250139196
4.1249-4.44320.22891480.18871306145498
4.4432-4.88990.21221450.16631334147999
4.8899-5.59660.24191480.20261336148499
5.5966-7.04750.2951480.24161332148099
7.0475-47.88580.25991530.198513681521100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.93411.8461-1.66873.6217-2.29495.2308-0.2314-0.86990.40260.2969-0.1483-0.76980.31360.56480.31480.90670.4112-0.40811.1205-0.34941.22723.948652.50716.4354
27.7017-1.7958-0.09485.18960.4383.1844-0.3982-0.29891.3504-0.09810.4941-0.0845-0.0659-0.0539-0.16850.7390.1651-0.27970.9031-0.23781.116.105853.35196.7182
37.9157-0.7491-5.38445.663-3.37588.706-0.0776-0.752-0.4281-0.0544-0.03080.34660.1302-0.19060.12020.70740.1283-0.15250.6402-0.00070.60413.439833.6044.1595
48.07723.04671.83585.99443.48348.4704-0.11520.36390.585-0.04780.4248-0.2156-1.31190.3871-0.14390.7019-0.00960.1120.59590.02221.154537.470222.055232.8367
54.42461.1585-1.08164.696-6.19158.47550.58130.1698-0.4930.0072-0.1812-0.45940.00180.0968-0.35960.71390.0649-0.06240.7248-0.21091.278131.63111.292229.4177
62.8717-3.54542.21395.2983-3.01371.77050.4755-0.2161-1.50420.16471.70421.49170.1216-1.7744-2.04560.610.05170.1221.23570.11161.47314.65710.680637.4712
77.0556-3.3107-0.51557.64693.42214.50770.30310.6623-0.5274-0.5969-0.40530.7656-0.1782-0.69460.03290.82650.13930.00580.81840.0360.889312.078920.368732.2459
83.25591.7795-2.11717.0260.93515.52060.2180.3493-0.08290.2502-0.07030.74910.3246-0.4857-0.04031.12-0.4062-0.43131.09080.45671.29744.8259-29.179643.6969
95.002-2.8034-1.35866.69351.93062.00060.1027-0.56970.66730.6356-0.221-0.85510.0637-0.5686-0.06481.1892-0.5636-0.6891.13120.34371.508811.6845-18.699147.0174
108.33810.58081.92183.96162.48164.10640.70050.543-0.3541-0.20910.4355-0.2311-0.02890.2635-1.10741.1307-0.179-0.20310.74170.11981.333817.5653-8.187440.1204
116.28274.993-2.59385.30.81875.41980.521-0.46020.14920.0494-0.45080.871-0.4726-0.1471-0.15420.6890.1374-0.28830.75440.15391.1822-0.0412-4.603629.8927
127.9672-2.7701-1.99963.34910.30427.45010.6964-0.78861.01340.1499-1.16061.1607-0.3743-1.67280.35730.7195-0.1275-0.15611.0283-0.08221.4526-2.9463-6.603236.8048
132.94660.48622.33117.8117-3.65913.96540.80840.9363-1.65011.73780.6418-0.6595-1.777-1.1851-0.64590.94870.2526-0.24740.9408-0.15671.06614.248925.414511.6365
142.12980.78710.35139.8813-4.68122.461-0.5039-0.90960.0854-0.3314-1.15490.65071.45351.99332.01860.97930.25160.21831.26260.14411.24529.546924.806424.6601
155.97211.51852.25923.91211.17022.7335-0.2476-2.28612.23040.8142-0.8268-0.57870.49980.83680.45140.72830.11360.29881.35410.52651.6881-11.1809-4.641637.2681
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 113 through 217 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 218 through 293 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 294 through 388 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 113 through 207 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 208 through 275 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 276 through 310 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 311 through 388 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 113 through 192 )C0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 193 through 233 )C0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 234 through 293 )C0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 294 through 355 )C0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 356 through 388 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 227 through 236 )D0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 227 through 235 )E0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 227 through 235 )F0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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