+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4thi | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | THIAMINASE I FROM BACILLUS THIAMINOLYTICUS WITH COVALENTLY BOUND 4-AMINO-2,5-DIMETHYLPYRIMIDINE | ||||||
要素 | PROTEIN (THIAMINASE I) | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / THIAMIN DEGRADATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thiamine pyridinylase / thiamine pyridinylase activity / thiamine catabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Campobasso, N. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Crystal structure of thiaminase-I from Bacillus thiaminolyticus at 2.0 A resolution. 著者: Campobasso, N. / Costello, C.A. / Kinsland, C. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Thiaminase I from Bacillus Thiaminolyticus: Space Group Change Upon Freezing of Crystals 著者: Campobasso, N. / Begun, J. / Costello, C.A. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4thi.cif.gz | 87.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4thi.ent.gz | 64.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4thi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4thi_validation.pdf.gz | 455.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 4thi_full_validation.pdf.gz | 459.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4thi_validation.xml.gz | 16.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4thi_validation.cif.gz | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/4thi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/4thi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40518.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 細胞内の位置: PERIPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P45741, thiamine pyridinylase |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-PYD / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | SULFATE ION ON CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD SG OF CYS IS COVALENTLY BOUND TO THE C6 ATOM OF 4-AMINO- ...SULFATE ION ON CRYSTALLOG |
配列の詳細 | THE SWISS-PROT SEQUENCE CONTAINS A SIGNAL SEQUENCE THAT GETS PROCESSED AT THREE DIFFERENT SITES. ...THE SWISS-PROT SEQUENCE CONTAINS A SIGNAL SEQUENCE THAT GETS PROCESSED AT THREE DIFFERENT SITES. THE NUMBERING OF RESIDUES IN THIS PDB FILE IS CONSISTENT |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 4.6 / 詳細: pH 4.60 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9104 |
検出器 | タイプ: PRINCETON / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9104 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 23969 / % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 6.7 % / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 31.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.5 % / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Rsym value: 0.15 / % possible all: 54 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.046 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 54 % / Rmerge(I) obs: 0.15 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: RM TEMP STRUCTURE 2THI 解像度: 2→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|