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- PDB-4sbv: The REFINEMENT OF SOUTHERN BEAN MOSAIC VIRUS IN RECIPROCAL SPACE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4sbv
タイトルThe REFINEMENT OF SOUTHERN BEAN MOSAIC VIRUS IN RECIPROCAL SPACE
要素SOUTHERN BEAN MOSAIC VIRUS COAT PROTEIN
キーワードVIRUS / COAT PROTEIN (VIRAL) / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


T=3 icosahedral viral capsid / structural constituent of virion / lipid binding / calcium ion binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Plant viruses icosahedral capsid proteins 'S' region signature. / Icosahedral viral capsid protein, S domain / Viral coat protein (S domain) / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Southern bean mosaic virus (ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Rossmann, M.G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Refined structure of southern bean mosaic virus at 2.9 A resolution.
著者: Silva, A.M. / Rossmann, M.G.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: Subunit Interactions in Southern Bean Mosaic Virus
著者: Rossmann, M.G. / Abad-Zapatero, C. / Hermodson, M.A. / Erickson, J.W.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: Structural Comparisons of Small Spherical Plant Viruses
著者: Rossmann, M.G. / Abad-Zapatero, C. / Murthy, M.R. / Liljas, L. / Jones, T.A. / Strandberg, B.
#3: ジャーナル: Virology / 年: 1982
タイトル: Amino Acid Sequence of Southern Bean Mosaic Virus Coat Protein and its Relation to the Three-Dimensional Structure of the Virus
著者: Hermodson, M.A. / Abad-Zapatero, C. / Abdel-Meguid, S.S. / Pundak, S. / Rossmann, M.G. / Tremaine, J.H.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1981
タイトル: A Description of Techniques Used in the Structure Determination of Southern Bean Mosaic Virus at 2.8 Angstroms Resolution
著者: Abad-Zapatero, C. / Abdel-Meguid, S.S. / Johnson, J.E. / Leslie, A.G.W. / Rayment, I. / Rossmann, M.G. / Suck, D. / Tsukihara, T.
#5: ジャーナル: Nature / 年: 1980
タイトル: Southern Bean Mosaic Virus at 2.8 Angstroms Resolution
著者: Abad-Zapatero, C. / Abdel-Meguid, S.S. / Johnson, J.E. / Leslie, A.G.W. / Rayment, I. / Rossmann, M.G. / Suck, D. / Tsukihara, T.
#6: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1979
タイトル: Metal-Free Southern Bean Mosaic Virus Crystals
著者: Rayment, I. / Johnson, J.E. / Rossmann, M.G.
#7: ジャーナル: Virology / 年: 1978
タイトル: The Structure of Southern Bean Mosaic Virus at 5 Angstroms Resolution
著者: Suck, D. / Rayment, I. / Johnson, J.E. / Rossmann, M.G.
#8: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1978
タイトル: An 11 Angstroms-Resolution Electron Density Map of Southern Bean Mosaic Virus
著者: Rayment, I. / Johnson, J.E. / Suck, D. / Akimoto, T. / Rossmann, M.G. / Lonberg-Holm, K. / Korant, B.D.
#9: ジャーナル: Virology / 年: 1976
タイトル: The Structure of Southern Bean Mosaic Virus at 22.5 Angstroms Resolution
著者: Johnson, J.E. / Akimoto, T. / Suck, D. / Rayment, I. / Rossmann, M.G.
履歴
登録1985年4月1日処理サイト: BNL
置き換え1985年7月17日ID: 3SBV
改定 1.01985年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年3月21日Group: Advisory
改定 2.02023年4月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ncs_oper / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _cell.Z_PDB / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.id / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SOUTHERN BEAN MOSAIC VIRUS COAT PROTEIN
B: SOUTHERN BEAN MOSAIC VIRUS COAT PROTEIN
C: SOUTHERN BEAN MOSAIC VIRUS COAT PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,9056
ポリマ－84,7853
非ポリマー1203
水61334
1
A: SOUTHERN BEAN MOSAIC VIRUS COAT PROTEIN
B: SOUTHERN BEAN MOSAIC VIRUS COAT PROTEIN
C: SOUTHERN BEAN MOSAIC VIRUS COAT PROTEIN
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,094,316360
ポリマ－5,087,102180
非ポリマー7,214180
水3,243180
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: SOUTHERN BEAN MOSAIC VIRUS COAT PROTEIN
B: SOUTHERN BEAN MOSAIC VIRUS COAT PROTEIN
C: SOUTHERN BEAN MOSAIC VIRUS COAT PROTEIN
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 425 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)424,52630
ポリマ－423,92515
非ポリマー60115
水27015
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: SOUTHERN BEAN MOSAIC VIRUS COAT PROTEIN
B: SOUTHERN BEAN MOSAIC VIRUS COAT PROTEIN
C: SOUTHERN BEAN MOSAIC VIRUS COAT PROTEIN
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 509 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)509,43236
ポリマ－508,71018
非ポリマー72118
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: SOUTHERN BEAN MOSAIC VIRUS COAT PROTEIN
B: SOUTHERN BEAN MOSAIC VIRUS COAT PROTEIN
C: SOUTHERN BEAN MOSAIC VIRUS COAT PROTEIN
ヘテロ分子
x 15


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.27 MDa, 45 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,273,57990
ポリマ－1,271,77545
非ポリマー1,80445
水81145
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation14
単位格子
Length a, b, c (Å)334.300, 334.300, 757.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.5, -0.64549667, 0.57735093), (0.86602536, 0.37267832, -0.33333297), (0.66666704, 0.74535566)
3generate(-0.30901699, -0.17841013, 0.93417257), (0.75576185, -0.64234946, 0.12732297), (0.5773495, 0.74535695, 0.33333247)
4generate(-0.30901699, 0.75576191, 0.57734954), (-0.17841012, -0.64234946, 0.74535695), (0.9341725, 0.12732297, 0.33333247)
5generate(0.5, 0.86602543), (-0.64549663, 0.37267832, 0.66666703), (0.57735088, -0.33333296, 0.74535566)
6generate(0.93417204, -0.35682303), (-0.356823, -0.33333407, -0.87267733), (-0.93417197, 0.12732266, 0.33333407)
7generate(0.80901699, 0.11026352, -0.5773504), (-0.46708651, -0.47568354, -0.74535584), (-0.35682162, 0.87267813, -0.33333346)
8generate(0.5, -0.86602543), (-0.64549663, -0.37267832, -0.66666703), (0.57735088, 0.33333296, -0.74535566)
9generate(-0.5, -0.64549667, 0.57735093), (-0.64549663, -0.16666815, -0.74535615), (0.57735088, -0.74535615, -0.33333185)
10generate(-0.80901699, 0.46708655, 0.35682164), (-0.46708651, -0.14235205, -0.87267752), (-0.35682162, -0.87267752, 0.33333506)

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要素

#1: タンパク質 SOUTHERN BEAN MOSAIC VIRUS COAT PROTEIN


分子量: 28261.676 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Southern bean mosaic virus (ウイルス)
属: Sobemovirus / 株: COW PEA STRAIN / 参照: UniProt: P03607
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.56 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / Num. obs: 298615 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 1

-
解析

精密化Rfactor Rwork: 0.254 / 最高解像度: 2.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4686 0 3 34 4723
精密化
*PLUS
最低解像度: 14 Å / 最高解像度: 2.8 Å / Num. reflection obs: 141979 / Rfactor obs: 0.254
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 24.7 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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