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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s3k
タイトルCrystal structure of the Bacillus megaterium QM B1551 spore cortex-lytic enzyme SleL
要素Spore germination protein YaaH
キーワードHYDROLASE / TIM Barrel / N-acetylglucosaminidase
機能・相同性
機能・相同性情報


oligosaccharide binding / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / chitin binding / endomembrane system / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
CFLE, GH18 catalytic domain / Chitinase A; domain 3 - #10 / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 ...CFLE, GH18 catalytic domain / Chitinase A; domain 3 - #10 / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Chitinase A; domain 3 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spore germination protein YaaH
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Christie, G. / Chirgadze, D.Y. / Ustok, F.I.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structural and functional analysis of SleL, a peptidoglycan lysin involved in germination of Bacillus spores.
著者: Ustok, F.I. / Chirgadze, D.Y. / Christie, G.
履歴
登録2015年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spore germination protein YaaH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4533
ポリマ－49,2611
非ポリマー1922
水7,945441
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.439, 80.496, 90.328
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Spore germination protein YaaH


分子量: 49261.215 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-433 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
株: ATCC 12872 / QMB1551 / 遺伝子: 8984459 (BMQ_0021), BMQ_0021, yaaH / プラスミド: pNZ / 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌)
参照: UniProt: D5DUS2, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.46 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium sulfate, 20% (w/v) PEG 3,350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月10日
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→43.63 Å / Num. all: 51363 / Num. obs: 51055 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.725 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 7431 / Rsym value: 0.725 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.9_1692位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→40.248 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 16.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1844 2000 3.92 %Random
Rwork0.1672 ---
obs0.1679 50990 98.85 %-
all-51583 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→40.248 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3402 0 10 441 3853
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043485
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8644721
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4661311
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036511
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005615
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.74260.271390.26273402X-RAY DIFFRACTION98
1.7426-1.78970.27481420.24823477X-RAY DIFFRACTION99
1.7897-1.84230.25281410.22573463X-RAY DIFFRACTION99
1.8423-1.90180.2441410.20723454X-RAY DIFFRACTION99
1.9018-1.96980.18691420.18183466X-RAY DIFFRACTION99
1.9698-2.04860.17661420.17053470X-RAY DIFFRACTION99
2.0486-2.14190.18841400.16123452X-RAY DIFFRACTION99
2.1419-2.25480.19821430.15293501X-RAY DIFFRACTION99
2.2548-2.39610.18361430.15353499X-RAY DIFFRACTION99
2.3961-2.5810.17621430.15813509X-RAY DIFFRACTION99
2.581-2.84070.17151440.16263517X-RAY DIFFRACTION99
2.8407-3.25160.15561440.15673534X-RAY DIFFRACTION99
3.2516-4.0960.16351460.15273564X-RAY DIFFRACTION99
4.096-40.25930.17981500.15723682X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.23780.0094-0.0520.0776-0.04770.17090.01170.0099-0.01410.0688-0.0303-0.0429-0.06650.0845-0.01510.1453-0.015-0.02560.13680.01590.139252.300129.029684.7644
20.34990.0193-0.03240.2177-0.28390.441-0.57310.36650.3907-0.3970.03150.162-0.04440.4962-0.38640.4657-0.0138-0.16550.3845-0.01250.299554.452648.962191.2799
30.99870.0961-0.20230.7706-0.2210.4593-0.01670.1140.0205-0.05810.02940.05490.023-0.0477-0.00010.1230.0042-0.00410.13090.00360.096619.122829.939368.9989
40.3823-0.0234-0.17610.46880.07120.7575-0.03150.1441-0.0581-0.09620.0018-0.10820.0223-0.07470.02010.1182-0.02190.01140.1304-0.02360.145946.411918.969365.4839
50.2832-0.02540.08950.06750.01450.1567-0.03420.0088-0.00350.06580.0202-0.0341-0.05150.011-0.00430.1303-0.0016-0.00260.11310.00150.140634.457134.855877.3315
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID -2:48 )A-2 - 48
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 49:98 )A49 - 98
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 99:323 )A99 - 323
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 324:384 )A324 - 384
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 385:430 )A385 - 430

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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