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万見
- PDB-4s2p: Crystal structure of unbound OXA-48 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s2p
タイトルCrystal structure of unbound OXA-48
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者King, D.T. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2015
タイトル: Molecular Mechanism of Avibactam-Mediated beta-Lactamase Inhibition.
著者: King, D.T. / King, A.M. / Lal, S.M. / Wright, G.D. / Strynadka, N.C.
履歴
登録2015年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月28日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8792
ポリマ－60,8792
非ポリマー00
水6,161342
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Beta-lactamase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4401
ポリマ－30,4401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Beta-lactamase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4401
ポリマ－30,4401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.410, 102.870, 124.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-475-

HOH

21A-476-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A25 - 264
2010B25 - 264
詳細This protein behaves as a dimer in solution

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 30439.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla OXA-48, blaOXA-48, FP68_27275, KPE71T_00045 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.22 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 200mM tris pH 7.5, 0.1M ammonium chloride, 40% MPD, 5% PEG 8K, 100 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月13日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator (DCM)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→41.6 Å / Num. all: 62413 / Num. obs: 62226 / % possible obs: 99.7 %
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxDCデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0071精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→41.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.669 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22601 3151 5.1 %RANDOM
Rwork0.19188 ---
obs0.19358 59033 99.58 %-
all-59210 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.524 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.54 Å20 Å20 Å2
2--0.79 Å20 Å2
3----2.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→41.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3951 0 0 342 4293
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0194064
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023813
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.531.9165505
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80238743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9395487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.44724.563206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.91815704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8171522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2140.2579
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.024667
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021019
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8362.4881945
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8372.4881944
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7263.7292433
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7253.732434
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9072.8452119
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9022.8452119
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.64.1313072
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.00321.6415391
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.95821.2985213
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 15864 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 238 -
Rwork0.287 4355 -
obs--99.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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