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- PDB-4s2k: OXA-48 in complex with Avibactam at pH 7.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s2k
タイトルOXA-48 in complex with Avibactam at pH 7.5
要素Beta-lactamase
キーワードhydrolase/antibiotic / inhibitor / beta-lactamase / hydrolase-antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NXL / Beta-lactamase OXA-48
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者King, D.T. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2015
タイトル: Molecular Mechanism of Avibactam-Mediated beta-Lactamase Inhibition.
著者: King, D.T. / King, A.M. / Lal, S.M. / Wright, G.D. / Strynadka, N.C.
履歴
登録2015年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月3日Group: Non-polymer description
改定 1.22016年9月28日Group: Database references
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,6568
ポリマ－121,5874
非ポリマー1,0694
水9,674537
1
A: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3284
ポリマ－60,7932
非ポリマー5352
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3284
ポリマ－60,7932
非ポリマー5352
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6642
ポリマ－30,3971
非ポリマー2671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6642
ポリマ－30,3971
非ポリマー2671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
C: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6642
ポリマ－30,3971
非ポリマー2671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6642
ポリマ－30,3971
非ポリマー2671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.780, 142.780, 52.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
詳細Authors report that the protein behaves as a dimer in solution as determined by gel filtration

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要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase


分子量: 30396.721 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla OXA-48, blaOXA-48, FP68_27275, KPE71T_00045 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-NXL / (2S,5R)-1-formyl-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide / avibactam, bound form / NXL104, bound form


分子量: 267.260 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13N3O6S / コメント: 抗生剤, 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.52 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 200mM tris pH 7.5, 0.1M ammonium chloride, 40% MPD, 5% PEG 8K, 100 mM NaCl, 2 mM avibactam, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月13日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator (DCM)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→52.42 Å / Num. all: 69789 / Num. obs: 69650 / % possible obs: 99.8 % / Biso Wilson estimate: 28.8 Å2
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxDCデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HBR

3hbr


解像度: 2.1→42.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9384 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9198 / SU R Cruickshank DPI: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2061 3518 5.05 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.1766 69632 99.84 %-
all-69771 --
原子変位パラメータBiso mean: 30.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.9372 Å20 Å20 Å2
2--4.9372 Å20 Å2
3----9.8744 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.253 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7962 0 68 537 8567
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0088246HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0311161HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2911SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes240HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1167HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8246HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.02
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.53
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1040SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10708SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2435 223 4.34 %
Rwork0.1894 4917 -
all0.1917 5140 -
obs--99.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1366-0.0583-0.14411.0245-0.03210.3883-0.04520.0567-0.1285-0.012-0.0158-0.18820.00590.02370.061-0.08280.0018-0.0106-0.0465-0.06490.059250.7175-40.177315.29
20.6740.0957-0.00981.44160.47370.63520.07-0.0926-0.0630.1421-0.03570.09730.06-0.0548-0.0343-0.0547-0.02760.0219-0.0617-0.02510.002842.87-3.513136.0856
31.21210.25420.35480.76810.23770.61940.0094-0.17470.07210.05280.02320.0993-0.0158-0.0839-0.0326-0.08450.0124-0.009-0.0277-0.03540.005118.4035-38.76618.6048
41.30050.1142-0.03811.0887-0.19650.4698-0.03790.02340.0854-0.0563-0.0238-0.2162-0.02340.03450.0617-0.0616-0.01590.0483-0.0756-0.0420.0560.149423.829432.7842
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A24 - 265
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B21 - 265
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C21 - 265
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D24 - 265

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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