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- PDB-4s29: Crystal structure of Arabidopsis thaliana ThiC with bound imidazo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s29
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana ThiC with bound imidazole ribonucleotide and Fe
要素Phosphomethylpyrimidine synthase, chloroplastic
キーワードLYASE / Alpha-Beta Barrel / Radical SAM superfamily / Iron-sulfur cluster / Thiamin / Vitamin B1 / Vitamin B12 / Domain swapping / AdoMet and Glutamate mutase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphomethylpyrimidine synthase / response to vitamin B1 / carbon-carbon lyase activity / thiamine biosynthetic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / plastid / chloroplast stroma / iron-sulfur cluster binding / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...phosphomethylpyrimidine synthase / response to vitamin B1 / carbon-carbon lyase activity / thiamine biosynthetic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / plastid / chloroplast stroma / iron-sulfur cluster binding / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protein domain specific binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #620 / Radical SAM ThiC family, central domain / Phosphomethylpyrimidine synthase ThiC/5-hydroxybenzimidazole synthase BzaA/B / Phosphomethylpyrimidine synthase / ThiC/Bza, core domain / Radical SAM ThiC family / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / TIM Barrel ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #620 / Radical SAM ThiC family, central domain / Phosphomethylpyrimidine synthase ThiC/5-hydroxybenzimidazole synthase BzaA/B / Phosphomethylpyrimidine synthase / ThiC/Bza, core domain / Radical SAM ThiC family / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-BUTANEDIOL / : / Chem-IRN / Phosphomethylpyrimidine synthase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.382 Å
データ登録者Fenwick, M.K. / Mehta, A.P. / Zhang, Y. / Abdelwahed, S. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Nat Commun
タイトル: Non-canonical active site architecture of the radical SAM thiamin pyrimidine synthase.
著者: Fenwick, M.K. / Mehta, A.P. / Zhang, Y. / Abdelwahed, S.H. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
履歴
登録2015年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphomethylpyrimidine synthase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0964
ポリマ－64,6701
非ポリマー4263
水9,692538
1
A: Phosphomethylpyrimidine synthase, chloroplastic
ヘテロ分子

A: Phosphomethylpyrimidine synthase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,1928
ポリマ－129,3402
非ポリマー8526
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area5600 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area31440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.292, 107.292, 87.845
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Phosphomethylpyrimidine synthase, chloroplastic / Hydroxymethylpyrimidine phosphate synthase / HMP-P synthase / HMP-phosphate synthase / HMPP ...Hydroxymethylpyrimidine phosphate synthase / HMP-P synthase / HMP-phosphate synthase / HMPP synthase / Protein PYRIMIDINE REQUIRING / Thiamine biosynthesis protein ThiC / Protein THIAMINE C


分子量: 64670.090 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 72-644 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: THIC, PY, At2g29630, T27A16.27 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O82392, phosphomethylpyrimidine synthase
#2: 化合物 ChemComp-IRN / 1-(5-O-phosphono-beta-D-ribofuranosyl)-1H-imidazole


タイプ: RNA linking / 分子量: 280.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13N2O7P
#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 538 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM Na acetate, pH5.3-5.6, 1-9%(v/v) 1,4 butanediol, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→50 Å / Num. all: 118292 / Num. obs: 118249 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 10.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.38-1.435.10.317193.7
1.43-1.495.50.239198.3
1.49-1.555.30.173199
1.55-1.645.20.129199
1.64-1.745.60.105199.4
1.74-1.875.20.081199.4
1.87-2.065.60.063199.8
2.06-2.365.40.051199.8
2.36-2.975.60.0451100
2.97-505.30.038199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIXdev_1839精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 4N7Q

4n7q


解像度: 1.382→46.459 Å / SU ML: 0.1 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 11.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1433 5812 4.92 %
Rwork0.1187 --
obs0.1199 118249 99.13 %
all-118292 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.0215 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.382→46.459 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3726 0 25 538 4289
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054126
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0545638
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4961528
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071602
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005742
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3816-1.39730.21081960.15633578X-RAY DIFFRACTION95
1.3973-1.41370.17191790.14093635X-RAY DIFFRACTION97
1.4137-1.43090.17981740.12413698X-RAY DIFFRACTION98
1.4309-1.44910.15181670.11773678X-RAY DIFFRACTION98
1.4491-1.46810.15722170.11343658X-RAY DIFFRACTION98
1.4681-1.48820.14011840.10983701X-RAY DIFFRACTION99
1.4882-1.50950.15621990.1063714X-RAY DIFFRACTION99
1.5095-1.5320.14532120.10213698X-RAY DIFFRACTION99
1.532-1.5560.13421690.10163751X-RAY DIFFRACTION99
1.556-1.58150.13721810.13699X-RAY DIFFRACTION99
1.5815-1.60880.13651550.10313755X-RAY DIFFRACTION99
1.6088-1.6380.13021780.09963715X-RAY DIFFRACTION99
1.638-1.66950.13372050.09873783X-RAY DIFFRACTION99
1.6695-1.70360.12771620.10073723X-RAY DIFFRACTION99
1.7036-1.74060.13092140.10213719X-RAY DIFFRACTION99
1.7406-1.78110.14351880.10423760X-RAY DIFFRACTION99
1.7811-1.82570.14542070.10513768X-RAY DIFFRACTION99
1.8257-1.8750.13331710.11143754X-RAY DIFFRACTION99
1.875-1.93020.13652170.11163727X-RAY DIFFRACTION100
1.9302-1.99250.14492070.11053747X-RAY DIFFRACTION100
1.9925-2.06370.13242090.11263776X-RAY DIFFRACTION100
2.0637-2.14640.13941890.11333785X-RAY DIFFRACTION100
2.1464-2.24410.13991650.11343785X-RAY DIFFRACTION100
2.2441-2.36240.13591830.11553813X-RAY DIFFRACTION100
2.3624-2.51040.13442110.11833803X-RAY DIFFRACTION100
2.5104-2.70420.12942180.12193766X-RAY DIFFRACTION100
2.7042-2.97630.13912100.12843805X-RAY DIFFRACTION100
2.9763-3.40680.1442060.13363808X-RAY DIFFRACTION100
3.4068-4.29180.16372340.12653855X-RAY DIFFRACTION100
4.2918-46.48510.1432050.13733980X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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