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- PDB-4s20: Structural basis for transcription reactivation by RapA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s20
タイトルStructural basis for transcription reactivation by RapA
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
  • 5'-D(P*AP*CP*GP*AP*CP*TP*GP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*G)-3'
  • 5'-R(P*AP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*CP*A)-3'
  • RNA polymerase-associated protein RapA
キーワードTRANSFERASE/DNA/RNA / DNA-directed RNA polymerase / transcription transferase / DNA translocase / ATPase / TRANSFERASE-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / ATP-dependent chromatin remodeler activity / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex ...bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / ATP-dependent chromatin remodeler activity / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / helicase activity / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / intracellular iron ion homeostasis / nucleic acid binding / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase recycling, bacterial, C-terminal / RNA polymerase-associated protein RapA / RapA, N-terminal Tudor like domain 1 / RapA, N-terminal Tudor-like domain 2 / RNA polymerase recycling family C-terminal / RapA N-terminal Tudor like domain / RapA N-terminal Tudor like domain 1 / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal ...RNA polymerase recycling, bacterial, C-terminal / RNA polymerase-associated protein RapA / RapA, N-terminal Tudor like domain 1 / RapA, N-terminal Tudor-like domain 2 / RNA polymerase recycling family C-terminal / RapA N-terminal Tudor like domain / RapA N-terminal Tudor like domain 1 / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / : / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / : / : / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase-associated protein RapA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Liu, B. / Zuo, Y. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural basis for transcription reactivation by RapA.
著者: Liu, B. / Zuo, Y. / Steitz, T.A.
履歴
登録2015年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月18日Group: Database references
改定 1.22015年3月4日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
H: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
J: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
K: RNA polymerase-associated protein RapA
L: RNA polymerase-associated protein RapA
M: 5'-D(P*AP*CP*GP*AP*CP*TP*GP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*G)-3'
N: 5'-R(P*AP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*CP*A)-3'
O: 5'-D(P*AP*CP*GP*AP*CP*TP*GP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*G)-3'
P: 5'-R(P*AP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*CP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,017,74422
ポリマ－1,017,43416
非ポリマー3106
水00
1
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
L: RNA polymerase-associated protein RapA
O: 5'-D(P*AP*CP*GP*AP*CP*TP*GP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*G)-3'
P: 5'-R(P*AP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*CP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)508,87211
ポリマ－508,7178
非ポリマー1553
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area38700 Å2
ΔGint-267 kcal/mol
Surface area177720 Å2
手法PISA
2
F: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
H: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
J: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
K: RNA polymerase-associated protein RapA
M: 5'-D(P*AP*CP*GP*AP*CP*TP*GP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*G)-3'
N: 5'-R(P*AP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*CP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)508,87211
ポリマ－508,7178
非ポリマー1553
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37890 Å2
ΔGint-191 kcal/mol
Surface area178030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)336.090, 158.930, 255.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.28, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22F
13A
23G
14B
24F
15B
25G
16C
26H
17D
27I
18E
28J
19F
29G
110K
210L
111M
211O

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRVALVALAA6 - 2326 - 232
21THRTHRVALVALBB6 - 2326 - 232
12THRTHRVALVALAA6 - 2326 - 232
22THRTHRVALVALFF6 - 2326 - 232
13THRTHRVALVALAA6 - 2326 - 232
23THRTHRVALVALGG6 - 2326 - 232
14THRTHRVALVALBB6 - 2326 - 232
24THRTHRVALVALFF6 - 2326 - 232
15THRTHRVALVALBB6 - 2326 - 232
25THRTHRVALVALGG6 - 2326 - 232
16TYRTYRGLUGLUCC3 - 13423 - 1342
26TYRTYRGLUGLUHH3 - 13423 - 1342
17THRTHRGLYGLYDD12 - 137612 - 1376
27THRTHRGLYGLYII12 - 137612 - 1376
18ALAALAGLUGLUEE2 - 761 - 75
28ALAALAGLUGLUJJ2 - 761 - 75
19THRTHRVALVALFF6 - 2326 - 232
29THRTHRVALVALGG6 - 2326 - 232
110PROPROLEULEUKK2 - 9628 - 968
210PROPROLEULEULL2 - 9628 - 968
111DADADGDGMM1 - 151 - 15
211DADADGDGOO1 - 151 - 15

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11

-
要素

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 10分子 ABFGCHDIEJ

#1: タンパク質
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 36558.680 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoA, ECDH10B_3470 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B1X6E7, UniProt: P0A7Z4*PLUS, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 150820.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoB, O3K_23925 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: K0AVA1, UniProt: P0A8V2*PLUS, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 156537.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoC, O3O_01425 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K0BCS5, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 10118.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoZ, O3O_25075 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K0BU55, DNA-directed RNA polymerase

-
タンパク質 / DNA鎖 / RNA鎖 , 3種, 6分子 KLMONP

#5: タンパク質 RNA polymerase-associated protein RapA / ATP-dependent helicase HepA


分子量: 110672.734 Da / 分子数: 2 / Mutation: R350C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rapA, hepA, yabA, b0059, JW0058 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P60240, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#6: DNA鎖 5'-D(P*AP*CP*GP*AP*CP*TP*GP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*G)-3'


分子量: 4619.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: template
#7: RNA鎖 5'-R(P*AP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*CP*A)-3'


分子量: 2831.743 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: transcript

-
非ポリマー , 2種, 6分子

#8: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.53 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.0, 50 mM magnesium chloride, 5.2% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.7→49.53 Å / Num. all: 68812 / Num. obs: 68399 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 4.7→4.95 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.314 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 4JKR & 3DMQ

4jkr

3dmq
PDB 未公開エントリ


解像度: 4.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / SU B: 436.487 / SU ML: 2.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.806
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.36926 3240 5 %RANDOM
Rwork0.27337 ---
obs0.27829 60931 93.19 %-
all-68399 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 292.879 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å20.01 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数60144 1004 6 0 61154
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01961816
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0259655
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1011.95783707
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8433137036
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.657528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.80324.0852962
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.6761510963
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.04315565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.29445
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02169276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0213795
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.29314.17130313
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.29314.17130312
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.29721.24837774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other11.29721.24837775
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.50114.08931499
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.50114.08831500
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.65321.05245934
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined18.98468311
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other18.98468312
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A126110.08
12B126110.08
21A131400
22F131400
31A126140.08
32G126140.08
41B126130.08
42F126130.08
51B131360
52G131360
61C708860.01
62H708860.01
71D683130.01
72I683130.01
81E44800.02
82J44800.02
91F126180.08
92G126180.08
101K539800.05
102L539800.05
111M10830.02
112O10830.02
LS精密化 シェル解像度: 4.7→4.815 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.433 180 -
Rwork0.393 3705 -
obs--80.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.2865-6.24815.0047.3106-3.10175.4572-0.88481.7580.37231.0369-0.2779-0.0986-0.3663-0.97171.16271.16780.43620.4631.9266-0.01891.162619.152976.8544215.4675
211.9976-2.3570.52892.75221.12991.87281.42950.11211.2844-0.5452-0.6280.7501-0.6202-1.183-0.80152.20511.2602-0.28182.8210.52372.766-20.146196.5212208.5479
31.49070.3496-0.14132.65080.42813.52270.1308-0.1832-0.00850.518-0.2992-0.39230.6208-0.47780.16840.4956-0.1261-0.13390.51640.06911.321218.38565.6744262.0619
40.3518-0.3362-0.53032.8409-0.48453.2284-0.2686-0.00650.41940.17050.27570.60140.5984-1.9343-0.00710.37960.254-0.04972.7061-0.20971.7674-20.147263.9798262.87
53.3781-0.88041.92780.5199-0.172710.89510.4667-0.5737-0.04220.1479-0.1551-0.87350.403-0.45-0.31161.77650.158-0.22273.33-0.09793.5911-36.537255.2993230.4953
69.17354.6067-0.99743.9404-0.32380.87170.0092-0.5799-1.84410.0911-0.1798-1.258-0.7361-0.88660.17062.6101-0.075-0.10221.87170.14250.8822-18.30169.5718401.8641
710.7595-0.36362.87490.1523-0.2792.45230.6560.9015-0.48120.4032-0.00590.27120.9249-1.2272-0.65012.6134-0.74140.3112.98560.37032.9255-57.4204-9.8588393.8458
81.6834-0.5665-0.4832.2378-0.12061.99720.06660.18160.2134-0.16040.063-0.5206-0.2105-0.1122-0.12961.6259-0.0897-0.08110.44480.11531.1572-1.234320.7207358.2664
90.425-0.2087-0.11610.638-0.8082.1381-0.06180.6362-0.2832-0.22470.28880.61490.1693-1.0957-0.22691.1837-0.39-0.42181.7483-0.23641.7625-36.983422.1404343.233
104.72182.080.62112.58082.57593.36470.79010.4158-0.27720.2644-0.011-0.8699-0.28950.3166-0.77913.15510.0738-0.18743.77790.35234.6888-64.620430.8768367.9886
112.8392-0.8307-0.20731.6017-0.57252.77880.46590.06440.50080.0753-0.25990.3225-0.6302-0.5418-0.2061.2930.11650.07661.0891-0.3691.3618-31.956375.1416397.5719
123.20320.8306-0.08912.26381.04572.15830.4356-0.2170.0810.3284-0.47750.40070.7306-0.61350.04190.98070.0107-0.24861.3017-0.51041.26054.626811.4067214.1259
130.3618-0.43470.13730.8988-0.09770.0750.00440.27760.6797-1.1761-0.354-0.8022-0.24710.27010.34954.1085-0.22780.19513.985-0.03713.164-18.0630.2214349.027
147.8422-1.2321-0.41020.68890.77921.1533-0.3664-0.3234-0.4574-0.1346-0.13510.2211-0.02630.10240.50152.9222-0.1415-0.09432.3135-0.16232.674-14.991128.0206354.1978
158.0772-3.0819-2.696913.50427.19024.0028-2.3560.1482.68992.29582.0141.13391.67240.75340.3424.44410.41120.55064.0096-0.6222.2692-1.041455.9619264.492
163.63371.05790.49322.06163.79147.7333-0.64710.078-0.39240.1526-0.63240.3170.4522-1.27141.27952.7061-0.24420.21512.27110.22752.88794.198858.3214260.8477
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 232
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 232
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 1342
4X-RAY DIFFRACTION4D12 - 1376
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 76
6X-RAY DIFFRACTION6F6 - 232
7X-RAY DIFFRACTION7G6 - 232
8X-RAY DIFFRACTION8H3 - 1342
9X-RAY DIFFRACTION9I12 - 1376
10X-RAY DIFFRACTION10J2 - 76
11X-RAY DIFFRACTION11K2 - 962
12X-RAY DIFFRACTION12L2 - 962
13X-RAY DIFFRACTION13M1 - 15
14X-RAY DIFFRACTION14N1 - 9
15X-RAY DIFFRACTION15O1 - 15
16X-RAY DIFFRACTION16P1 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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