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- PDB-4s1t: Crystal structure of the mutant I26A/N52A of the endoribonuclease... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s1t
タイトルCrystal structure of the mutant I26A/N52A of the endoribonuclease from human coronavirus 229E
要素Uridylate-specific endoribonuclease
キーワードHYDROLASE / HCoV-229e / endoribonuclease / trimeric nsp15 / double mutation
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 5'-3' DNA helicase activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / endonuclease activity ...host cell membrane / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 5'-3' DNA helicase activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / endonuclease activity / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / methyltransferase cap1 activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / regulation of autophagy / viral protein processing / lyase activity / RNA helicase / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Nsp15 N-terminal domain-like / nsp15 middle domain / Nonstructural protein 14, alphacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, alphacoronavirus / : / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / AAA domain / Double Stranded RNA Binding Domain ...Nsp15 N-terminal domain-like / nsp15 middle domain / Nonstructural protein 14, alphacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, alphacoronavirus / : / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / AAA domain / Double Stranded RNA Binding Domain / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Human coronavirus 229E (ヒトコロナウイルス 229E)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.504 Å
データ登録者Huo, T. / Liu, X.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure and mutational analysis of the endoribonuclease from human coronavirus 229E
著者: Huo, T. / Liu, X. / Yang, C. / Rao, Z.
履歴
登録2015年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridylate-specific endoribonuclease
B: Uridylate-specific endoribonuclease
C: Uridylate-specific endoribonuclease
D: Uridylate-specific endoribonuclease
E: Uridylate-specific endoribonuclease
F: Uridylate-specific endoribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,50312
ポリマ－232,9336
非ポリマー5706
水9,350519
1
A: Uridylate-specific endoribonuclease
B: Uridylate-specific endoribonuclease
F: Uridylate-specific endoribonuclease
ヘテロ分子

A: Uridylate-specific endoribonuclease
B: Uridylate-specific endoribonuclease
F: Uridylate-specific endoribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,50312
ポリマ－232,9336
非ポリマー5706
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area20190 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area81130 Å2
手法PISA
2
C: Uridylate-specific endoribonuclease
D: Uridylate-specific endoribonuclease
E: Uridylate-specific endoribonuclease
ヘテロ分子

C: Uridylate-specific endoribonuclease
D: Uridylate-specific endoribonuclease
E: Uridylate-specific endoribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,50312
ポリマ－232,9336
非ポリマー5706
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
Buried area20250 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area81090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.445, 140.285, 426.933
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-582-

HOH

21F-562-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 0:136 OR RESSEQ 151:165 OR RESSEQ 171:346 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 0:136 OR RESSEQ 151:165 OR RESSEQ 171:346 )
311CHAIN C AND (RESSEQ 0:136 OR RESSEQ 151:165 OR RESSEQ 171:346 )
411CHAIN D AND (RESSEQ 0:136 OR RESSEQ 151:165 OR RESSEQ 171:346 )
511CHAIN E AND (RESSEQ 0:136 OR RESSEQ 151:165 OR RESSEQ 171:346 )
611CHAIN F AND (RESSEQ 0:136 OR RESSEQ 151:165 OR RESSEQ 171:346 )

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要素

#1: タンパク質
Uridylate-specific endoribonuclease / nsp15 / Nonstructural protein 15


分子量: 38822.234 Da / 分子数: 6 / 変異: I26A, N52A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human coronavirus 229E (ヒトコロナウイルス 229E)
遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0C6X1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 519 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.73 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M sodium citrate tribasic dehydrate, pH 8.5, 15% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月16日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 89338 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.429 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RS4

4rs4


解像度: 2.504→43.222 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2848 4354 5.03 %RANDOM
Rwork0.241 ---
all0.2431 ---
obs0.2431 86626 96.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.612 Å2 / ksol: 0.325 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-22.0555 Å2-0 Å2-0 Å2
2---8.8805 Å2-0 Å2
3----13.175 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.504→43.222 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16074 0 30 519 16623
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01716432
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.51422313
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.125820
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1122566
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062816
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2588X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2588X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.091
13C2588X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.093
14D2588X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.097
15E2588X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.102
16F2588X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.089
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5044-2.53280.40541400.3279239187
2.5328-2.56260.3191340.2926257892
2.5626-2.59390.34031430.2932252591
2.5939-2.62670.36411430.2861258392
2.6267-2.66120.31491460.294260093
2.6612-2.69770.33311400.2897260193
2.6977-2.73620.38921400.3127265694
2.7362-2.77710.35531260.2998265295
2.7771-2.82050.35681550.2975267496
2.8205-2.86670.3561460.2887269096
2.8667-2.91610.33671540.2923271597
2.9161-2.96910.37261440.278274897
2.9691-3.02620.33381360.2893272597
3.0262-3.0880.33221370.2887278898
3.088-3.15510.3711250.2623280098
3.1551-3.22850.30831410.2705274598
3.2285-3.30920.28731440.2692282499
3.3092-3.39860.28321660.2679275299
3.3986-3.49860.31071510.2636279999
3.4986-3.61140.29261450.2553285099
3.6114-3.74050.2981510.2387280299
3.7405-3.89010.2911430.2301282199
3.8901-4.0670.24581370.2204281899
4.067-4.28130.25131550.2023282599
4.2813-4.54930.21811480.1944287699
4.5493-4.90010.22541600.1965281399
4.9001-5.39230.26181480.19772880100
5.3923-6.17070.23981520.21262893100
6.1707-7.76710.22761610.20132905100
7.7671-43.22890.24011430.2069294396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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