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- PDB-4s0h: TBX5 DB, NKX2.5 HD, ANF DNA Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s0h
タイトルTBX5 DB, NKX2.5 HD, ANF DNA Complex
要素
  • 5'-D(*CP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*G)-3'
  • Homeobox protein Nkx-2.5Nkx2.5
  • T-box transcription factor TBX5
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Transcription Factor (転写因子) / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiac left ventricle formation / positive regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / positive regulation of cardiac conduction / Nkx-2.5 complex / atrioventricular bundle cell differentiation / Purkinje myocyte differentiation / right ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / septum secundum development / proepicardium development / pulmonary myocardium development ...cardiac left ventricle formation / positive regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / positive regulation of cardiac conduction / Nkx-2.5 complex / atrioventricular bundle cell differentiation / Purkinje myocyte differentiation / right ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / septum secundum development / proepicardium development / pulmonary myocardium development / positive regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / cell-cell signaling involved in cardiac conduction / bundle of His cell to Purkinje myocyte communication by electrical coupling / cardiac ventricle formation / apoptotic process involved in heart morphogenesis / atrioventricular node cell fate commitment / cell migration involved in coronary vasculogenesis / bundle of His development / atrial cardiac muscle cell development / ventricular cardiac myofibril assembly / sinoatrial node development / atrioventricular node cell development / embryonic heart tube left/right pattern formation / positive regulation of cardioblast differentiation / forelimb morphogenesis / atrial cardiac muscle tissue development / atrioventricular node development / ventricular cardiac muscle cell development / regulation of cardiac muscle cell proliferation / atrial septum morphogenesis / endocardial cushion development / positive regulation of heart contraction / Physiological factors / pericardium development / negative regulation of myotube differentiation / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / cardiac conduction system development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / pattern specification process / pharyngeal system development / positive regulation of sodium ion transport / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / outflow tract septum morphogenesis / cardiac muscle tissue morphogenesis / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / heart trabecula formation / adult heart development / embryonic heart tube development / embryonic forelimb morphogenesis / aortic valve morphogenesis / cardiac muscle cell development / embryonic limb morphogenesis / Cardiogenesis / cell fate specification / atrioventricular valve morphogenesis / cardiac muscle cell proliferation / epithelial cell apoptotic process / ventricular septum development / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / DNA-binding transcription activator activity / ventricular septum morphogenesis / heart looping / cardiac septum morphogenesis / thyroid gland development / positive regulation of gap junction assembly / 造血 / regulation of cardiac conduction / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / regulation of cardiac muscle contraction / 脈管形成 / heart morphogenesis / cardiac muscle contraction / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / spleen development / epithelial cell differentiation / positive regulation of neuron differentiation / negative regulation of cell migration / epithelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / morphogenesis of an epithelium / デオキシリボ核酸 / lung development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / sequence-specific double-stranded DNA binding / cell-cell signaling / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / 細胞分化 / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation
類似検索 - 分子機能
Transcription factor, T-box / T-box transcription factor, DNA-binding domain / T-box transcription factor / Transcription factor, T-box, conserved site / T-box superfamily / T-box domain signature 2. / T-box domain signature 1. / T-box domain profile. / Domain first found in the mice T locus (Brachyury) protein / Tボックス ...Transcription factor, T-box / T-box transcription factor, DNA-binding domain / T-box transcription factor / Transcription factor, T-box, conserved site / T-box superfamily / T-box domain signature 2. / T-box domain signature 1. / T-box domain profile. / Domain first found in the mice T locus (Brachyury) protein / Tボックス / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス / Homeobox domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Nkx2.5 / T-box transcription factor TBX5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.817 Å
データ登録者Pradhan, L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Intermolecular Interactions of Cardiac Transcription Factors NKX2.5 and TBX5.
著者: Pradhan, L. / Gopal, S. / Li, S. / Ashur, S. / Suryanarayanan, S. / Kasahara, H. / Nam, H.J.
履歴
登録2014年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月16日Group: Database references
改定 1.22016年4月13日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-box transcription factor TBX5
B: Homeobox protein Nkx-2.5
E: T-box transcription factor TBX5
F: Homeobox protein Nkx-2.5
C: 5'-D(*TP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*A)-3'
G: 5'-D(*TP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*G)-3'
H: 5'-D(*CP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*A)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,1568
ポリマ－79,1568
非ポリマー00
水362
1
A: T-box transcription factor TBX5
B: Homeobox protein Nkx-2.5
C: 5'-D(*TP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*A)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5784
ポリマ－39,5784
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: T-box transcription factor TBX5
F: Homeobox protein Nkx-2.5
G: 5'-D(*TP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*G)-3'
H: 5'-D(*CP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*A)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5784
ポリマ－39,5784
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.217, 78.459, 78.695
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 T-box transcription factor TBX5 / T-box protein 5


分子量: 21396.799 Da / 分子数: 2 / 断片: DB (UNP residues 53-238) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TBX5 / 発現宿主: unidentified (未定義) / 参照: UniProt: Q99593
#2: タンパク質 Homeobox protein Nkx-2.5 / Nkx2.5 / Cardiac-specific homeobox / Homeobox protein CSX / Homeobox protein NK-2 homolog E


分子量: 6531.528 Da / 分子数: 2 / 断片: HD (UNP residues 142-194) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NKX2-5, CSX, NKX2.5, NKX2E / 発現宿主: unidentified (未定義) / 参照: UniProt: P52952
#3: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*G)-3'


分子量: 5795.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: ANF DNA strand 1 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*A)-3'


分子量: 5853.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: ANF DNA strand 2 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.55 %

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9767 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9767 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.817→74.481 Å / Num. all: 19742 / Num. obs: 18168 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 %
反射 シェル最高解像度: 2.817 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.817→38.164 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 28.93 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2475 1807 10 %
Rwork0.1888 --
obs0.1946 18072 91.58 %
all-18168 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.3562 Å20 Å2-8.6444 Å2
2--27.0418 Å2-0 Å2
3----17.6856 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.817→38.164 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3802 1546 0 2 5350
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115636
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3877931
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.2652213
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063861
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008740
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8166-2.89270.4249920.316835X-RAY DIFFRACTION61
2.8927-2.97780.41571150.29211035X-RAY DIFFRACTION77
2.9778-3.07390.35491190.28891080X-RAY DIFFRACTION80
3.0739-3.18370.36691390.251247X-RAY DIFFRACTION91
3.1837-3.31110.32411440.20951288X-RAY DIFFRACTION96
3.3111-3.46170.23691490.19371331X-RAY DIFFRACTION98
3.4617-3.6440.25141490.2071342X-RAY DIFFRACTION98
3.644-3.87220.24291490.18911346X-RAY DIFFRACTION99
3.8722-4.17080.24661490.18171335X-RAY DIFFRACTION97
4.1708-4.58990.22651490.16281344X-RAY DIFFRACTION98
4.5899-5.25260.23011500.1551351X-RAY DIFFRACTION99
5.2526-6.61210.21431520.17021374X-RAY DIFFRACTION99
6.6121-38.16750.1841510.16231357X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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