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- PDB-4rzt: Lac repressor engineered to bind sucralose, sucralose-bound tetramer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rzt
タイトルLac repressor engineered to bind sucralose, sucralose-bound tetramer
要素Lac repressor
キーワードTRANSCRIPTION / sucralose / lacI / lac repressor / lactose operon repressor / protein design / allostery / Escherichia coli
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / LacI-type HTH domain signature. / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I ...Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / LacI-type HTH domain signature. / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucralose / : / Lactose operon repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Arbing, M.A. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Kosuri, S. / Church, G.M.
引用ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2016
タイトル: Engineering an allosteric transcription factor to respond to new ligands.
著者: Taylor, N.D. / Garruss, A.S. / Moretti, R. / Chan, S. / Arbing, M.A. / Cascio, D. / Rogers, J.K. / Isaacs, F.J. / Kosuri, S. / Baker, D. / Fields, S. / Church, G.M. / Raman, S.
履歴
登録2014年12月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月6日Group: Database references
改定 1.22016年3月2日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lac repressor
B: Lac repressor
C: Lac repressor
D: Lac repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,1248
ポリマ－163,5344
非ポリマー1,5914
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11370 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area42790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.590, 74.080, 149.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.91, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUARGARGAA62 - 35583 - 376
21LEULEUARGARGBB62 - 35583 - 376
12GLNGLNGLNGLNAA60 - 36081 - 381
22GLNGLNGLNGLNCC60 - 36081 - 381
13LEULEUARGARGAA62 - 35583 - 376
23LEULEUARGARGDD62 - 35583 - 376
14LEULEUARGARGBB62 - 35583 - 376
24LEULEUARGARGCC62 - 35583 - 376
15LEULEULEULEUBB62 - 35683 - 377
25LEULEULEULEUDD62 - 35683 - 377
16LEULEUARGARGCC62 - 35583 - 376
26LEULEUARGARGDD62 - 35583 - 376

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Lac repressor / Transcriptional regulator / LacI family


分子量: 40883.488 Da / 分子数: 4 / 変異: D149T, V150A, I156L, S193D / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal thrombin-cleavable 6xHis-tag / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 MG1655 / 遺伝子: b0345, ECDH1ME8569_0332, EcDH1_3261, lacI / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: C9QQT3, UniProt: P03023*PLUS
#2: 多糖
4-chloro-4-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-2)-1,6-dichloro-1,6-dideoxy-beta-D-fructofuranose / sucralose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 397.634 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucralose
記述子タイププログラム
[][b-D-Fruf1chloro6chloro]{[(2+1)][a-D-Galp4chloro]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.1M HEPES, pH7.5, 10% polyethylene glycol 6000, and 5% MPD, pH 7.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.03→81.67 Å / Num. obs: 24030 / % possible obs: 84.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 12.24
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
3.03-3.180.582.04111.3
3.18-3.270.5512.27134.9
3.27-3.370.5252.36167.6
3.37-3.470.4882.75190.8
3.47-3.580.3873.53198.8
3.58-3.710.294.79198.7
3.71-3.850.2086.51198.6
3.85-4.010.1767.89198.5
4.01-4.190.1369.63196.9
4.19-4.390.10612.86199.3
4.39-4.630.09515.35199.2
4.63-4.910.09316.03198.7
4.91-5.250.08416.33198.6
5.25-5.670.08215.76197.4
5.67-6.210.07917.66199.3
6.21-6.940.06220.72198.3
6.94-8.020.03827.65197.1
8.02-9.820.02934.91198
9.82-13.880.02737.6197.7
13.880.02538.32193.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0049精密化
PHASER位相決定
BUSTER-TNTBUSTER 2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→81.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 59.306 / SU ML: 0.437 / SU R Cruickshank DPI: 0.4767 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.504 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24335 1230 5.1 %RANDOM
Rwork0.20513 ---
obs0.20713 22808 85.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 97.245 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.53 Å2-0 Å2-1 Å2
2--2.96 Å2-0 Å2
3---1.04 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.83 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→81.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8679 0 92 16 8787
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0198891
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.028571
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4961.98812143
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.003319591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.08951188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.97224.799323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.949151412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.141552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21531
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02110144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021856
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0535.074764
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0545.074763
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.027.6045948
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1525.2794127
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A170370.07
12B170370.07
21A181650.04
22C181650.04
31A170480.07
32D170480.07
41B171680.07
42C171680.07
51B175210.04
52D175210.04
61C171870.07
62D171870.07
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.185 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 8 -
Rwork0.374 225 -
obs--11.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.61030.38641.30144.918-0.05912.70340.32610.154-0.5672-0.5842-0.449-0.01290.3720.06390.12280.23070.11550.11070.07270.03660.2166-60.619-19.3194185.1021
25.2277-0.08380.11272.86420.16142.29720.16530.92020.8509-0.8765-0.4773-0.0208-0.14790.25410.31210.39240.17320.11580.28940.2410.3519-62.61284.3471175.716
34.5808-0.09081.3984.0851-0.41723.4748-0.0745-0.0850.44810.25-0.14210.2508-0.2778-0.08770.21660.58530.03070.01760.044-0.04510.0847-35.43449.779142.5396
43.46880.10611.40812.61930.32844.64490.3698-0.6374-0.3120.5336-0.1970.53280.6538-0.806-0.17280.7912-0.16650.05170.20540.06050.2363-44.4976-13.8871145.9985
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A60 - 501
2X-RAY DIFFRACTION2B62 - 501
3X-RAY DIFFRACTION3C60 - 501
4X-RAY DIFFRACTION4D62 - 501

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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