PDB-4rzs: Lac repressor engineered to bind sucralose, unliganded tetramer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rzs

タイトル

Lac repressor engineered to bind sucralose, unliganded tetramer

要素

Lac repressor

キーワード

TRANSCRIPTION / sucralose / lacI / lac repressor / lactose operon repressor / protein design / allostery / Escherichia coli

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription repressor activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.71 Å

データ登録者

Arbing, M.A. / Cascio, D. / Kosuri, S. / Church, G.M.

引用

ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2016
タイトル: Engineering an allosteric transcription factor to respond to new ligands.
著者: Taylor, N.D. / Garruss, A.S. / Moretti, R. / Chan, S. / Arbing, M.A. / Cascio, D. / Rogers, J.K. / Isaacs, F.J. / Kosuri, S. / Baker, D. / Fields, S. / Church, G.M. / Raman, S.

履歴

登録	2014年12月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月6日	Group: Database references
改定 1.2	2016年3月2日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rzs.cif.gz	489.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rzs.ent.gz	405.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rzs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/4rzs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/4rzs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rztC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5knl-1 5knl-2 6u5o-d 4qj3-d 6q84-2 4pbv-d 4dm0-1 9742 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (9) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lac repressor

B: Lac repressor

C: Lac repressor

D: Lac repressor

ヘテロ分子

164 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.090, 111.600, 189.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	GLU	GLU	A	A	3 - 357	24 - 378
2	1	PRO	PRO	GLU	GLU	B	B	3 - 357	24 - 378
1	2	SER	SER	GLU	GLU	A	A	61 - 357	82 - 378
2	2	SER	SER	GLU	GLU	C	C	61 - 357	82 - 378
1	3	SER	SER	ARG	ARG	A	A	61 - 355	82 - 376
2	3	SER	SER	ARG	ARG	D	D	61 - 355	82 - 376
1	4	SER	SER	LEU	LEU	B	B	61 - 356	82 - 377
2	4	SER	SER	LEU	LEU	C	C	61 - 356	82 - 377
1	5	SER	SER	ARG	ARG	B	B	61 - 355	82 - 376
2	5	SER	SER	ARG	ARG	D	D	61 - 355	82 - 376
1	6	SER	SER	ARG	ARG	C	C	61 - 355	82 - 376
2	6	SER	SER	ARG	ARG	D	D	61 - 355	82 - 376

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Lac repressor / Transcriptional regulator / LacI family 分子量: 40883.488 Da / 分子数: 4 / 変異: D149T, V150A, I156L, S193D / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal thrombin-cleavable 6xHis-tag / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 MG1655 / 遺伝子: b0345, ECDH1ME8569_0332, EcDH1_3261, lacI / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: C9QQT3, UniProt: P03023*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.2 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 16% polyethylene glycol 3350, 200 mM ammonium nitrate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.71→94.49 Å / Num. all: 36390 / Num. obs: 36390 / % possible obs: 68.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 84.064 Å² / R_merge(I) obs: 0.069 / Χ²: 1.001 / Net I/σ(I): 15.19

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.71-2.78		0.461	3.87	713	119	3.1
2.78-2.85		0.504	3.66	2093	354	9.3
2.85-2.94		0.492	4.18	3934	640	17.2
2.94-3.03		0.464	4.59	5882	926	26
3.03-3.13		0.491	4.52	8784	1345	38.5
3.13-3.24		0.454	4.86	12743	1907	56.8
3.24-3.36		0.493	4.43	19051	2874	88.2
3.36-3.49		0.361	5.41	19136	3143	99.6
3.49-3.65		0.249	7.61	20888	3018	100
3.65-3.83		0.165	10.31	19640	2872	99.8
3.83-4.04		0.121	13.92	18387	2747	99.8
4.04-4.28		0.089	17.71	16901	2613	100
4.28-4.58		0.065	20.9	14318	2456	99.6
4.58-4.94		0.062	23.75	15062	2295	99.9
4.94-5.41		0.062	24.5	13894	2123	100
5.41-6.05		0.06	25.26	12421	1931	99.9
6.05-6.99		0.05	26.58	9892	1722	99.6
6.99-8.56		0.043	32.7	9350	1468	99.9
8.56-12.11		0.041	33.95	6958	1158	99.7
	12.11	0.04	32.71	3785	679	98.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.71→94.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / WR_factor R_free: 0.2371 / WR_factor R_work: 0.1952 / FOM work R set: 0.8108 / SU B: 33.348 / SU ML: 0.29 / SU R Cruickshank DPI: 0.3965 / SU R_free: 0.4112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.411 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2392	3638	10 %	RANDOM
R_work	0.1989	32749	-	-
obs	0.2029	32745	68.11 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 104.82 Å² / B_iso mean: 79.965 Å² / B_iso min: 12.14 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.26 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.2 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.71→94.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9420	0	24	23	9467

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	9637
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	9286
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.566	1.967	13144
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.109	3	21221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.01	5	1303
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.38	24.765	361
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.819	15	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.222	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1624
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	11160
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	2061
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.835	4.205	5215
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.835	4.205	5214
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.665	6.304	6514

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	18959	0.08
1	2	B	18959	0.08
2	1	A	16975	0.07
2	2	C	16975	0.07
3	1	A	17453	0.07
3	2	D	17453	0.07
4	1	B	16738	0.05
4	2	C	16738	0.05
5	1	B	17202	0.06
5	2	D	17202	0.06
6	1	C	17112	0.05
6	2	D	17112	0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.707→2.777 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.739	105	-
R_free	-	10	-
all	-	115	-
obs	-	-	2.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5607	-0.584	-0.6468	2.2134	0.0799	1.6642	-0.1121	-0.1974	0.4327	0.4187	0.0166	0.3672	-0.3064	-0.0308	0.0955	0.2402	-0.0455	-0.0593	0.0557	0.0257	0.2524	-2.3886	-23.9939	18.634
2	3.5665	1.0734	-0.9769	1.9864	-0.6562	1.8843	0.0307	-0.3289	-0.0308	0.3609	-0.0575	0.3171	0.0633	-0.1324	0.0268	0.294	-0.0205	-0.0146	0.0612	0.0012	0.1107	-3.9129	-46.3838	26.5419
3	1.4736	0.3623	-0.3394	1.6452	-1.6544	3.999	0.1566	-0.1103	-0.5446	0.3114	-0.1042	-0.0593	0.2388	0.8149	-0.0524	0.2449	0.0903	0.0292	0.2888	-0.1413	0.673	30.9815	-45.7765	53.6158
4	1.6979	-0.8808	-1.6886	0.5081	0.5619	4.737	-0.0708	0.1878	-0.1072	0.1079	-0.083	0.1117	-0.5058	-0.1877	0.1537	0.2307	-0.1059	0.1054	0.1488	-0.0569	0.2683	19.9504	-22.9249	47.3596

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 501
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 501
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	61 - 501
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	61 - 501

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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