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- PDB-4rz7: Crystal Structure of PVX_084705 with bound PCI32765 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rz7
タイトルCrystal Structure of PVX_084705 with bound PCI32765
要素cGMP-dependent protein kinase, putative
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics Consortium / SGC / Kinase / PCI32765
機能・相同性
機能・相同性情報


cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent protein kinase activity / cAMP-dependent protein kinase activity / cAMP-dependent protein kinase complex / cGMP binding / endoplasmic reticulum membrane / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
cGMP-dependent kinase / cGMP-dependent protein kinase, catalytic domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily ...cGMP-dependent kinase / cGMP-dependent protein kinase, catalytic domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / RmlC-like jelly roll fold / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Jelly Rolls / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1E8 / cGMP-dependent protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax Sal-1 (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.351 Å
データ登録者Jiang, D.Q. / Tempel, W. / Loppnau, P. / Graslund, S. / He, H. / Seitova, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Hui, R. ...Jiang, D.Q. / Tempel, W. / Loppnau, P. / Graslund, S. / He, H. / Seitova, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Hui, R. / Hutchinson, A. / El Bakkouri, M. / Amani, M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of PVX_084705 with bound PCI32765
著者: Jiang, D.Q. / Tempel, W. / Loppnau, P. / Graslund, S. / He, H. / Seitova, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Hui, R. / Hutchinson, A. / El Bakkouri, M. / Amani, M.
履歴
登録2014年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月11日Group: Non-polymer description
改定 1.22015年6月24日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32015年7月22日Group: Structure summary
改定 1.42017年11月22日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.52024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cGMP-dependent protein kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,16768
ポリマ－96,7271
非ポリマー44067
水4,918273
1
A: cGMP-dependent protein kinase, putative
ヘテロ分子

A: cGMP-dependent protein kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,334136
ポリマ－193,4532
非ポリマー881134
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area3940 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area74580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)192.556, 117.422, 68.219
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.260, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 cGMP-dependent protein kinase, putative


分子量: 96726.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax Sal-1 (マラリア 病原虫)
株: SALVADOR I / 遺伝子: PVX_084705 / プラスミド: PFBOH-MHL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: A5K0N4
#2: 化合物 ChemComp-1E8 / 1-{(3R)-3-[4-amino-3-(4-phenoxyphenyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]piperidin-1-yl}prop-2-en-1-one / Imbruvica / PCI-32765 / イブルチニブ


分子量: 440.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H24N6O2
#3: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 66 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: PEG 8000, Tris 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 62726 / Num. obs: 62654 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 36.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Χ2: 1.402 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.35-2.393.60.72930680.887199.9
2.39-2.433.60.66131420.9021100
2.43-2.483.70.64330720.8811100
2.48-2.533.70.55931490.8911100
2.53-2.593.80.56331070.9441100
2.59-2.653.80.49331360.9271100
2.65-2.713.80.39831471.043199.9
2.71-2.793.80.33431060.9821100
2.79-2.873.80.27531341.0621100
2.87-2.963.80.22131651.0941100
2.96-3.073.80.1930871.2031100
3.07-3.193.80.15531351.3151100
3.19-3.333.80.13131501.5711100
3.33-3.513.80.11531191.933199.9
3.51-3.733.70.09331422.148199.8
3.73-4.023.70.07631612.343199.8
4.02-4.423.60.05831132.274199.9
4.42-5.063.60.0531662.128199.9
5.06-6.373.80.0531651.814199.9
6.37-503.60.03631901.743199.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9-1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
APSSBCCOLLECTデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.351→47.936 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.31 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: ELECTRON DENSITY FAILS TO RESOLVE THE POSITIONS OF SOME LIGAND ATOMS. TRUNCATION OF THE LIGAND MODEL RESULTS IN AN APPARENT SYMMETRY THAT CANNOT BE RESOLVED BY THE ELECTRON DENSITY ALONE. OUR ...詳細: ELECTRON DENSITY FAILS TO RESOLVE THE POSITIONS OF SOME LIGAND ATOMS. TRUNCATION OF THE LIGAND MODEL RESULTS IN AN APPARENT SYMMETRY THAT CANNOT BE RESOLVED BY THE ELECTRON DENSITY ALONE. OUR CHOSEN LIGAND POSE IS SUPPORTED BY PRECEDENT FROM PDB ENTRIES 4IFG AND 4WJC. MOREOVER, OUR POSE ESTABLISHES ADDITIONAL HYDROGEN BONDS WHEN COMPARED TO THE MOST PLAUSIBLE ALTERNATIVE POSE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 3037 4.85 %Random
Rwork0.1938 ---
all0.1959 62639 --
obs0.1959 62639 99.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 117.42 Å2 / Biso mean: 51.7004 Å2 / Biso min: 19.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.351→47.936 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6113 0 90 273 6476
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116258
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.188475
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048972
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061116
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9112245
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3507-2.38740.30891420.2922565270797
2.3874-2.42660.28661450.27226942839100
2.4266-2.46840.29021370.262327012838100
2.4684-2.51330.29161460.253826962842100
2.5133-2.56160.30311200.247827592879100
2.5616-2.61390.29221430.243826952838100
2.6139-2.67070.30721340.236226752809100
2.6707-2.73290.28021350.230227382873100
2.7329-2.80120.26031300.221926722802100
2.8012-2.87690.27831270.220327572884100
2.8769-2.96160.27931530.213527212874100
2.9616-3.05710.21911370.210726842821100
3.0571-3.16640.27151450.213627052850100
3.1664-3.29310.24821420.212626922834100
3.2931-3.4430.23111590.198927192878100
3.443-3.62440.2981460.182727022848100
3.6244-3.85140.22061620.178526812843100
3.8514-4.14860.21881120.162927452857100
4.1486-4.56580.17851320.145727472879100
4.5658-5.22580.18121380.15227412879100
5.2258-6.58130.1967970.194327652862100
6.5813-47.94590.22191550.17352748290399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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