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万見
- PDB-4ry8: Crystal structure of 5-methylthioribose transporter solute bindin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ry8
タイトルCrystal structure of 5-methylthioribose transporter solute binding protein TLET_1677 from Thermotoga lettingae TMO TARGET EFI-511109 in complex with 5-methylthioribose
要素Periplasmic binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SUGAR TRANSPORTER / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / STRUCTURAL GENOMICS
機能・相同性Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / 5-S-methyl-5-thio-alpha-D-ribofuranose / Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
機能・相同性情報
生物種Thermotoga lettingae TMO (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al obaidi, N. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Chamala, S. / Attonito, J.D. / Scott glenn, A. / Chowdhury, S. ...Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al obaidi, N. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Chamala, S. / Attonito, J.D. / Scott glenn, A. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Hillerich, B. / Siede, R.D. / Love, J. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of 5-methylthioribose binding protein TLET_1677 from Thermotoga lettingae TARGET EFI-511109
著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al obaidi, N. / Chamala, S. / Scott glenn, A. / Attonito, J.D. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / ...著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al obaidi, N. / Chamala, S. / Scott glenn, A. / Attonito, J.D. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Hillerich, B. / Love, J. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2014年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic binding protein
B: Periplasmic binding protein
C: Periplasmic binding protein
D: Periplasmic binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,0748
ポリマ－146,3534
非ポリマー7214
水8,575476
1
A: Periplasmic binding protein
C: Periplasmic binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5374
ポリマ－73,1772
非ポリマー3602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area24380 Å2
手法PISA
2
B: Periplasmic binding protein
D: Periplasmic binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5374
ポリマ－73,1772
非ポリマー3602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2980 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area24530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.622, 67.848, 83.653
Angle α, β, γ (deg.)91.83, 92.39, 89.93
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.999996, 0.000352, -0.002893), (0.000376, -0.999965, 0.008405), (-0.00289, -0.008406, -0.99996)0.01663, 65.3016, 21.83962
3given(-0.999996, 0.000311, 0.002959), (-0.000344, -0.999941, -0.010893), (0.002955, -0.010894, 0.999936)97.93922, 65.5398, 0.27788
4given(-1, 0.000197, -0.000738), (0.000197, 1, -0.000356), (0.000738, -0.000356, -1)97.90417, -0.02871, 21.37169

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要素

#1: タンパク質
Periplasmic binding protein


分子量: 36588.270 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 22-348 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga lettingae TMO (バクテリア)
遺伝子: Tlet_1677 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A8F7U7
#2: 糖
ChemComp-SR1 / 5-S-methyl-5-thio-alpha-D-ribofuranose / 5-S-methyl-5-thio-alpha-D-ribose / 5-S-methyl-5-thio-D-ribose / 5-S-methyl-5-thio-ribose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.222 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O4S
識別子タイププログラム
a-D-Ribf5SMeIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.88 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PROTEIN (10 MM HEPES PH 7.5, 5 MM DTT); RESERVOIR: 0.1 M HEPES-NAOH, PH 7.5, 0.2 M MAGNESIUM CHLORIDE, 30% PPG P400; CRYOPROTECTION: RESERVOIR SOLUTION; VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K;

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月22日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 128230 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXモデル構築
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 12.196 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26356 3771 3 %RANDOM
Rwork0.21444 ---
obs0.21593 119981 96.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.67 Å2-0.31 Å2-0.41 Å2
2---3.8 Å20.37 Å2
3---7.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9868 0 44 476 10388
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01910127
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029979
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6011.96613733
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.835322888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.36851276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.48424.695443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.933151776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3691568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21592
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02111397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022191
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.6721.5225104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.6651.5225103
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1822.2216371
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.1842.2216372
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.8562.4885023
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other10.8552.4885024
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other11.1813.2467360
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.6425.56411857
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.6425.56411858
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 291 -
Rwork0.335 8540 -
obs--93.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.51880.0897-0.21011.7457-0.10160.4295-0.0096-0.1745-0.23150.19760.00730.00880.0346-0.02490.00220.26530.02240.01950.23410.03880.025248.995815.766228.1799
22.4017-0.42060.2551.6949-0.1380.4197-0.01290.18950.2358-0.17960.00020.0092-0.0276-0.01830.01270.2694-0.00980.02660.23720.04560.032448.290349.7741-7.1626
32.16310.37770.2751.60650.16990.4329-0.008-0.18460.21580.1688-0.0033-0.0321-0.03490.01640.01130.26450.02570.02560.23940.00780.032349.594949.629528.5266
42.2903-0.1055-0.11951.90080.22590.4334-0.00120.1888-0.2433-0.21630.0181-0.08530.02070.0387-0.01690.2708-0.0040.02590.24570.00520.036549.4815.5388-7.0396
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 327
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 327
3X-RAY DIFFRACTION3C5 - 327
4X-RAY DIFFRACTION4D7 - 327

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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