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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ry8 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of 5-methylthioribose transporter solute binding protein TLET_1677 from Thermotoga lettingae TMO TARGET EFI-511109 in complex with 5-methylthioribose | |||||||||
![]() | Periplasmic binding protein | |||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / SUGAR TRANSPORTER / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / STRUCTURAL GENOMICS | |||||||||
機能・相同性 | Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / 5-S-methyl-5-thio-alpha-D-ribofuranose / Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al obaidi, N. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Chamala, S. / Attonito, J.D. / Scott glenn, A. / Chowdhury, S. ...Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al obaidi, N. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Chamala, S. / Attonito, J.D. / Scott glenn, A. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Hillerich, B. / Siede, R.D. / Love, J. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI) | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of 5-methylthioribose binding protein TLET_1677 from Thermotoga lettingae TARGET EFI-511109 著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al obaidi, N. / Chamala, S. / Scott glenn, A. / Attonito, J.D. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / ...著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al obaidi, N. / Chamala, S. / Scott glenn, A. / Attonito, J.D. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Hillerich, B. / Love, J. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 498.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 412.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36588.270 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 22-348 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Tlet_1677 / プラスミド: PET / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 糖 | ChemComp-SR1 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.88 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PROTEIN (10 MM HEPES PH 7.5, 5 MM DTT); RESERVOIR: 0.1 M HEPES-NAOH, PH 7.5, 0.2 M MAGNESIUM CHLORIDE, 30% PPG P400; CRYOPROTECTION: RESERVOIR SOLUTION; VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K; |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月22日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 128230 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 94.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.26 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→50 Å
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拘束条件 |
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