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- PDB-4ry2: Crystal structure of the peptidase-containing ABC transporter PCAT1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ry2
タイトルCrystal structure of the peptidase-containing ABC transporter PCAT1
要素ABC-type bacteriocin transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN/HYDROLASE / C39 peptidase / ABC transporter / bacteriocin transporter / bi-functional ABC transporter / ATP-binding cassette transporters / ATP Binding / Membrane / TRANSPORT PROTEIN-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type bacteriocin transporter activity / ABC-type oligopeptide transporter activity / cysteine-type peptidase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase C39, ABC-type bacteriocin transporter / Peptidase family C39 domain profile. / Peptidase C39 family / Peptidase C39, bacteriocin processing / ABC transporter transmembrane region fold / ABC transporter type 1, transmembrane domain / Cysteine proteinases / Cathepsin B; Chain A / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region ...Peptidase C39, ABC-type bacteriocin transporter / Peptidase family C39 domain profile. / Peptidase C39 family / Peptidase C39, bacteriocin processing / ABC transporter transmembrane region fold / ABC transporter type 1, transmembrane domain / Cysteine proteinases / Cathepsin B; Chain A / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC-type bacteriocin transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Ruminiclostridium thermocellum ATCC 27405 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.611 Å
データ登録者Lin, D.L. / Huang, S. / Chen, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Crystal structures of a polypeptide processing and secretion transporter.
著者: Lin, D.Y. / Huang, S. / Chen, J.
履歴
登録2014年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC-type bacteriocin transporter
B: ABC-type bacteriocin transporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,3622
ポリマ－162,3622
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10440 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area66730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.590, 89.730, 296.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ABC-type bacteriocin transporter


分子量: 81180.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruminiclostridium thermocellum ATCC 27405 (バクテリア)
株: ATCC 27405 / 遺伝子: ABN51770.1, Cthe_0534 / プラスミド: pMCSG20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL
参照: UniProt: A3DCU1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 19-22% PEG400, 100 mM sodium citrate, pH 5.2-5.4, and 1.4 mM N,N-bis-(3-D-Gluconamidopropyl). , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月16日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.61→50 Å / Num. obs: 20843 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
3.61-3.74190.7
3.74-3.89191.8
3.89-4.07191.9
4.07-4.28193
4.28-4.55196
4.55-4.9198.4
4.9-5.39199.7
5.39-6.171100
6.17-7.771100
7.77-50198.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1839)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QF4

3qf4


解像度: 3.611→19.966 Å / SU ML: 0.59 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 37.05 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2894 1064 5.14 %Random
Rwork0.2658 ---
obs0.267 20686 75.23 %-
all-27497 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.611→19.966 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9927 0 0 0 9927
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00410076
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7913706
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7013375
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0291681
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031746
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
3.6112-3.77450.3425210.343434334311
3.7745-3.9720.3883750.32981291129141
3.972-4.21870.35291070.33462042204264
4.2187-4.54090.33291450.29842778277886
4.5409-4.99140.34671850.27523190319098
4.9914-5.69890.32051910.312532353235100
5.6989-7.12530.38841650.354933043304100
7.1253-19.9660.20991750.200134393439100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.99921.446-0.21966.52643.76313.0489-0.30950.1265-0.20410.9520.74930.7370.749-1.5176-0.31261.4431-0.3159-0.26362.31210.61171.4016-14.7601-15.3072-23.5883
24.84020.1438-2.30671.8449-2.66045.3346-0.6128-0.09380.35330.28830.34010.0846-0.0099-0.28240.18391.53310.2144-0.39770.52040.0180.9908-4.243613.9774-69.4443
33.4261-1.1903-0.26991.95951.42310.84640.2426-1.01960.7366-0.3408-0.4660.27812.90120.5945-0.10491.82640.1948-0.36490.81960.33080.9046-3.95947.986-37.234
42.26590.43673.33330.38710.07363.24920.1206-1.1035-0.00030.1694-0.3202-0.23280.2833-0.68720.33251.06880.0187-0.47521.56910.0461.22441.7596-12.4166-46.3224
52.2223-2.6377-0.47796.444-0.41532.6488-0.5046-1.27340.1541-1.41710.4355-0.1805-0.894-1.77770.03391.0318-0.0735-0.44980.81220.02011.1507-9.616-6.3115-74.5755
60.65870.6084-0.69651.1161-0.54520.704-0.2076-1.1994-0.4821-0.41370.55680.76821.5718-1.4377-0.09852.5293-0.3663-0.79952.33650.54250.3632-9.99861.7767-39.805
74.6475-0.29410.20314.661-1.94314.7556-1.3964-0.8328-0.30991.66141.67021.7168-1.3069-1.96730.01151.61260.66010.10882.2579-0.13291.235-3.37787.63870.1993
85.6884-2.4218-1.70992.743-1.6023.48530.1457-1.88011.96093.63-0.0294-1.61530.37431.0410.03922.321-0.4541-0.58621.8816-0.28921.336915.182418.7913-11.2844
91.4338-0.5812-1.25788.57752.68585.79920.6463-2.57710.54973.5471.1842-1.72191.05842.8208-1.53151.42830.0429-0.03962.5994-0.41380.929323.999514.565-13.7589
108.5371-2.1289-0.18149.6586-2.42134.2241-1.69210.05741.51810.9975-0.43960.2982-2.19-0.74681.9392.92010.3616-0.6511.2882-0.32370.80138.273717.6009-0.5274
110.9357-0.10770.49020.0943-0.05740.25620.61180.175-0.0673-0.14350.4397-1.2771-0.41120.7575-0.3671.95211.0726-0.99522.2954-1.94292.661919.26894.022-2.0542
127.23587.0432-7.91956.8586-7.70728.6450.827-0.316-3.48930.433-1.8176-2.4658-0.37394.10651.27241.690.6909-0.77443.0091-0.87752.282322.505113.68273.9134
137.5646-1.04841.0037.33760.7939.383-2.1132-1.4419-0.17431.68582.8485-1.88481.2561.8028-0.79031.49750.4074-0.10922.0563-0.29931.140311.55636.77419.4581
141.9998-1.0229-0.88274.7784-4.45164.48840.1442-2.81790.8938-0.57160.4370.97060.2049-0.8236-0.25741.58651.0055-0.2463.20350.11231.1131-0.3538-2.065810.224
153.74390.974-0.70571.993-5.0232.4575-0.5412-0.7431-0.24172.0104-1.2647-0.5017-2.74080.73420.33772.47331.5925-0.59514.2048-0.31761.329310.3758-4.111818.2388
164.6774-0.94270.4492.86572.17274.0912-0.2096-0.99470.8066-0.79170.1099-0.8037-1.07250.86060.20391.7028-0.5876-0.20821.947-0.06271.821639.526711.1755-38.6515
173.50961.6583-0.21195.9227-1.79055.3737-0.8657-1.09840.7933-1.6456-1.1561-1.361-1.7985-0.38382.34641.14310.4962-0.24211.311-0.21041.433319.6119-18.6571-61.726
187.0569-0.2569-1.84463.79031.35342.8399-0.91990.68120.8665-0.8393-0.04070.21340.9522-0.20540.68321.2759-0.002-0.37670.4521-0.18231.0656-0.4595-16.3237-77.2153
191.7831-1.0534-0.40241.5097-0.72131.6597-0.1566-0.46440.27290.1298-0.1334-0.6323-1.07271.36480.32261.2665-0.4544-0.25890.91160.00851.026921.2881-9.3675-53.1675
201.04031.0953-2.19830.8045-2.38779.35810.149-0.47790.25330.103-0.45770.6046-2.81980.35550.58681.27130.1212-0.17490.8697-0.06931.366112.617910.8889-39.638
212.5189-1.53091.34546.69230.17840.7317-0.1718-0.559-0.2228-0.14840.0368-0.71510.34321.01350.1721.10260.0272-0.22911.08020.22160.87911.6083.021-69.8635
228.70827.5517-1.26396.6358-0.71572.2088-1.67852.1369-0.9518-0.4705-0.0837-2.1673-0.64620.997-1.08390.6461-0.1791-0.21063.6654-0.51111.400535.3873-12.7577-35.2455
232.18351.8757-1.18825.3332-0.37290.6936-1.4186-0.72120.7696-0.65711.2263-0.42690.4349-0.09110.15451.27490.0994-0.63443.62210.36721.315140.8314-10.3913-10.5402
241.9774-1.12042.48372.0493-1.04367.96350.49672.0762-2.21750.69980.0562-0.05720.60260.2465-0.53751.4598-0.18080.16612.59331.02411.43523.0286-22.9811-15.5793
254.70381.55071.70286.5112.35531.1416-0.5715-0.86030.47191.2215-0.52641.6015-0.36141.35840.54091.87280.0839-0.01062.59870.6270.992113.1317-21.44-8.8659
262.2984-1.29482.28313.8872-0.0235.7109-0.8959-0.23120.51151.72550.8940.4072-0.4265-1.3747-2.04082.1763-0.0107-0.24792.79841.60521.552822.2553-10.124-2.8257
271.6116-1.6391.28251.9472-1.63624.2296-0.4429-0.140.2116-0.4354-1.08660.2781.06570.19791.08551.7364-0.57891.03273.4264-0.40252.786516.3532-13.81753.4609
280.78690.6534-0.6930.4878-0.56940.78560.2285-0.2604-0.32060.4679-0.488-0.64840.1685-0.071-0.57951.6312-0.0319-0.39763.41421.53021.468727.5062-18.07251.6979
290.4580.1076-0.05260.93390.96392.1625-0.69970.18550.20460.2875-0.1812-0.41730.60110.00390.12043.5810.07580.0634.65060.91470.92529.3145-8.46467.7306
300.53070.65590.14571.44630.4580.17470.9127-2.1391-0.2911-0.7251-0.6331.1484-0.0953-1.97090.21562.03140.4013-0.73734.13140.25061.745938.4253-3.19287.1502
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 12:155)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 156:232)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 233:296)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 297:389)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 390:439)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 440:467)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 468:555)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 556:601)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 602:639)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 640:646)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 647:653)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 654:670)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 671:692)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 693:700)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 701:724)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 12:152)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 153:186)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 187:235)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 236:313)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 314:378)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain B and resid 379:457)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain B and resid 458:471)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain B and resid 484:551)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain B and resid 552:592)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain B and resid 593:643)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain B and resid 644:655)
27X-RAY DIFFRACTION27(chain B and resid 656:661)
28X-RAY DIFFRACTION28(chain B and resid 662:680)
29X-RAY DIFFRACTION29(chain B and resid 681:686)
30X-RAY DIFFRACTION30(chain B and resid 687:722)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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