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- PDB-4ry2: Crystal structure of the peptidase-containing ABC transporter PCAT1 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ry2 | ||||||
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Title | Crystal structure of the peptidase-containing ABC transporter PCAT1 | ||||||
![]() | ABC-type bacteriocin transporter | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN/HYDROLASE / C39 peptidase / ABC transporter / bacteriocin transporter / bi-functional ABC transporter / ATP-binding cassette transporters / ATP Binding / Membrane / TRANSPORT PROTEIN-HYDROLASE complex | ||||||
Function / homology | ![]() ABC-type bacteriocin transporter activity / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / cysteine-type peptidase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lin, D.L. / Huang, S. / Chen, J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structures of a polypeptide processing and secretion transporter. Authors: Lin, D.Y. / Huang, S. / Chen, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 462 KB | Display | |
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Data in CIF | ![]() | 63.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4s0fC ![]() 3qf4S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 81180.805 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 27405 / Gene: ABN51770.1, Cthe_0534 / Plasmid: pMCSG20 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A3DCU1, Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Cysteine endopeptidases |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.59 Å3/Da / Density % sol: 65.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.2 Details: 19-22% PEG400, 100 mM sodium citrate, pH 5.2-5.4, and 1.4 mM N,N-bis-(3-D-Gluconamidopropyl). , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 16, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce monochromator Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97924 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.61→50 Å / Num. obs: 20843 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): -3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3QF4 Resolution: 3.611→19.966 Å / SU ML: 0.59 / σ(F): 1.36 / Phase error: 37.05 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.611→19.966 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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