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万見
- PDB-4rx2: A triple mutant in the omega-loop of TEM-1 beta-lactamase changes... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rx2
タイトルA triple mutant in the omega-loop of TEM-1 beta-lactamase changes the substrate profile via a large conformational change and an altered general base for catalysis
要素Beta-lactamase TEM
キーワードHYDROLASE / globular / beta-lactamase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-lactamase TEM
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.315 Å
データ登録者Stojanoski, V. / Chow, D. / Hu, L. / Sankaran, B. / Gilbert, H. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: A Triple Mutant in the Omega-loop of TEM-1 beta-Lactamase Changes the Substrate Profile via a Large Conformational Change and an Altered General Base for Catalysis.
著者: Stojanoski, V. / Chow, D.C. / Hu, L. / Sankaran, B. / Gilbert, H.F. / Prasad, B.V. / Palzkill, T.
履歴
登録2014年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月11日Group: Database references
改定 1.22015年5月6日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase TEM
B: Beta-lactamase TEM
C: Beta-lactamase TEM
D: Beta-lactamase TEM
E: Beta-lactamase TEM
F: Beta-lactamase TEM
G: Beta-lactamase TEM
H: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,83116
ポリマ－231,0638
非ポリマー7698
水14,718817
1
A: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9792
ポリマ－28,8831
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9792
ポリマ－28,8831
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9792
ポリマ－28,8831
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9792
ポリマ－28,8831
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9792
ポリマ－28,8831
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9792
ポリマ－28,8831
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9792
ポリマ－28,8831
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9792
ポリマ－28,8831
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.320, 83.300, 95.920
Angle α, β, γ (deg.)90.06, 89.97, 90.02
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16A
26G
17A
27H
18B
28C
19B
29D
110B
210E
111B
211F
112B
212G
113B
213H
114C
214D
115C
215E
116C
216F
117C
217G
118C
218H
119D
219E
120D
220F
121D
221G
122D
222H
123E
223F
124E
224G
125E
225H
126F
226G
127F
227H
128G
228H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 26 - 288 / Label seq-ID: 1 - 261

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14AA
24EE
15AA
25FF
16AA
26GG
17AA
27HH
18BB
28CC
19BB
29DD
110BB
210EE
111BB
211FF
112BB
212GG
113BB
213HH
114CC
214DD
115CC
215EE
116CC
216FF
117CC
217GG
118CC
218HH
119DD
219EE
120DD
220FF
121DD
221GG
122DD
222HH
123EE
223FF
124EE
224GG
125EE
225HH
126FF
226GG
127FF
227HH
128GG
228HH

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28

-
要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase TEM / IRT-4 / Penicillinase / TEM-1 / TEM-16/CAZ-7 / TEM-2 / TEM-24/CAZ-6 / TEM-3 / TEM-4 / TEM-5 / TEM-6 ...IRT-4 / Penicillinase / TEM-1 / TEM-16/CAZ-7 / TEM-2 / TEM-24/CAZ-6 / TEM-3 / TEM-4 / TEM-5 / TEM-6 / TEM-8/CAZ-2


分子量: 28882.865 Da / 分子数: 8 / 断片: TEM-1 beta-lactamase / 変異: W165Y/E166Y/P167G/M182T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bla, blaT-3, blaT-4, blaT-5, blaT-6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62593, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 817 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M HEPES pH6.5, 30% W/V PEG 6,000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.997 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月20日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.315→62.89 Å / Num. all: 21570 / Num. obs: 21750 / % possible obs: 75 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.315-2.40.4813.1199.3
8.98-48.870.0997.5199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BTL

1btl


解像度: 2.315→62.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 8.669 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.726 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26795 4081 5 %RANDOM
Rwork0.23501 ---
obs0.23667 76898 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.496 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20.01 Å2-0.64 Å2
2---0.28 Å2-0.17 Å2
3---0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.315→62.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15679 0 40 817 16536
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01916021
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.0215567
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5191.97821681
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.19335792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.13352024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.02423.407678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.308152835
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.08315144
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.22509
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02117918
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.023470
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5822.0968156
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5822.0968155
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5553.13510160
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5543.13510161
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.622.2927865
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6192.2937833
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6783.3811473
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.44716.45219386
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.3116.55619015
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A167640.03
12B167640.03
21A167850.02
22C167850.02
31A168680.01
32D168680.01
41A167160.02
42E167160.02
51A166790.04
52F166790.04
61A164370.05
62G164370.05
71A164740.05
72H164740.05
81B168890.03
82C168890.03
91B168570.03
92D168570.03
101B166830.03
102E166830.03
111B166020.04
112F166020.04
121B163580.05
122G163580.05
131B163990.05
132H163990.05
141C168630.02
142D168630.02
151C166550.02
152E166550.02
161C166160.04
162F166160.04
171C163610.05
172G163610.05
181C164130.05
182H164130.05
191D167390.02
192E167390.02
201D166900.04
202F166900.04
211D164420.05
212G164420.05
221D164880.05
222H164880.05
231E165460.04
232F165460.04
241E162450.05
242G162450.05
251E163400.05
252H163400.05
261F162920.06
262G162920.06
271F164880.05
272H164880.05
281G161600.06
282H161600.06
LS精密化 シェル解像度: 2.315→2.376 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 314 -
Rwork0.223 5465 -
obs--96.69 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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