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万見
- PDB-4rwd: XFEL structure of the human delta opioid receptor in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rwd
タイトルXFEL structure of the human delta opioid receptor in complex with a bifunctional peptide
要素
  • Soluble cytochrome b562,Delta-type opioid receptor
  • bifunctional peptide
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Human opioid receptor / bifunctional peptide / GPCR signaling / GPCR network / PSI-Biology / Structural Genomics / GPCR / membrane / lipidic cubic phase / X-ray free-electron laser / serial femtosecond crystallography / BRIL
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
bifunctional peptide / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Fenalti, G. / Zatsepin, N.A. / Betti, C. / Giguere, P. / Han, G.W. / Ishchenko, A. / Liu, W. / Guillemyn, K. / Zhang, H. / James, D. ...Fenalti, G. / Zatsepin, N.A. / Betti, C. / Giguere, P. / Han, G.W. / Ishchenko, A. / Liu, W. / Guillemyn, K. / Zhang, H. / James, D. / Wang, D. / Weierstall, U. / Spence, J.C.H. / Boutet, S. / Messerschmidt, M. / Williams, G.J. / Gati, C. / Yefanov, O.M. / White, T.A. / Oberthuer, D. / Metz, M. / Yoon, C.H. / Barty, A. / Chapman, H.N. / Basu, S. / Coe, J. / Conrad, C.E. / Fromme, R. / Fromme, P. / Tourwe, D. / Schiller, P.W. / Roth, B.L. / Ballet, S. / Katritch, V. / Stevens, R.C. / Cherezov, V. / GPCR Network (GPCR)
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural basis for bifunctional peptide recognition at human delta-opioid receptor.
著者: Fenalti, G. / Zatsepin, N.A. / Betti, C. / Giguere, P. / Han, G.W. / Ishchenko, A. / Liu, W. / Guillemyn, K. / Zhang, H. / James, D. / Wang, D. / Weierstall, U. / Spence, J.C. / Boutet, S. / ...著者: Fenalti, G. / Zatsepin, N.A. / Betti, C. / Giguere, P. / Han, G.W. / Ishchenko, A. / Liu, W. / Guillemyn, K. / Zhang, H. / James, D. / Wang, D. / Weierstall, U. / Spence, J.C. / Boutet, S. / Messerschmidt, M. / Williams, G.J. / Gati, C. / Yefanov, O.M. / White, T.A. / Oberthuer, D. / Metz, M. / Yoon, C.H. / Barty, A. / Chapman, H.N. / Basu, S. / Coe, J. / Conrad, C.E. / Fromme, R. / Fromme, P. / Tourwe, D. / Schiller, P.W. / Roth, B.L. / Ballet, S. / Katritch, V. / Stevens, R.C. / Cherezov, V.
履歴
登録2014年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Database references
改定 1.22017年6月7日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32018年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_related_exp_data_set / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月20日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62023年12月6日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562,Delta-type opioid receptor
B: Soluble cytochrome b562,Delta-type opioid receptor
G: bifunctional peptide
H: bifunctional peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,68816
ポリマ－92,5954
非ポリマー3,09312
水48627
1
A: Soluble cytochrome b562,Delta-type opioid receptor
H: bifunctional peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8818
ポリマ－46,2982
非ポリマー1,5836
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area20490 Å2
手法PISA
2
B: Soluble cytochrome b562,Delta-type opioid receptor
G: bifunctional peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8078
ポリマ－46,2982
非ポリマー1,5096
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area20410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.230, 89.290, 96.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYGLNGLNAA39 - 331112 - 404
21GLYGLYGLNGLNBB39 - 331112 - 404
12ALAALALEULEUAA1001 - 11066 - 111
22ALAALALEULEUBB1001 - 11066 - 111

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABGH

#1: タンパク質 Soluble cytochrome b562,Delta-type opioid receptor / Cytochrome b-562


分子量: 45636.812 Da / 分子数: 2 / 変異: M29W, H124I, R138L,M29W, H124I, R138L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: cybC, OPRD, OPRD1, cybC / プラスミド: pFASTBAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: P0ABE7
#2: タンパク質・ペプチド bifunctional peptide


タイプ: Peptide-like / クラス: Unknown / 分子量: 660.782 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: bifunctional peptide

-
非ポリマー , 4種, 39分子

#3: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 36083

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: 0.1M MES pH 6.0, 10-180mM Lithium citrate, 30-32% (v/v) PEG400, Lipidic cubic phase, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 294 K
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.6 Å
検出器タイプ: Cornell-SLAC Pixel Array Detector (CSPAD) / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月2日
放射モノクロメーター: K-B Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.6 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→33.5 Å / Num. obs: 36838 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 560 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 209 % / Rmerge(I) obs: 0.879 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4N6H, PDB entry 4EIY

4n6h

4eiy


解像度: 2.7→33.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 25.109 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.47 / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23803 1831 5 %RANDOM
Rwork0.20827 ---
obs0.20973 34699 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.361 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.77 Å20 Å20.2 Å2
2---0.41 Å20 Å2
3---2.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→33.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6163 0 136 27 6326
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.026425
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.026316
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0021.9948723
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8483.00514458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3825799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.90923.991213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.357151009
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.0681522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.21039
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217057
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021397
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9395.3093202
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9395.3093201
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1527.9623999
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1527.9624000
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1025.6293223
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1025.633224
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5018.3054725
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.07443.1067264
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.07443.1097265
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A16560
12B16560
21A6178
22B6178
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 122 -
Rwork0.313 2533 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.91341.15710.09511.47880.00690.0852-0.05760.15160.0393-0.06130.10410.08020.00470.0235-0.04640.0122-0.02640.0070.0754-0.02380.1372-44.2788-5.178944.3416
22.1211-1.37330.0111.4971-0.03740.0493-0.0523-0.1823-0.03040.02460.11790.104-0.0094-0.0024-0.06560.0090.01960.01450.0577-0.00310.1699-42.534925.25673.8623
34.4524-2.7198-1.042.93411.54310.96810.0268-0.06990.05290.08990.04550.02660.11250.0156-0.07230.1042-0.0257-0.01450.09870.01680.1295-0.991512.576935.2715
44.01672.28070.70742.62450.89710.7710.09930.0323-0.1152-0.14660.0848-0.0279-0.2007-0.0562-0.18410.08250.01610.0390.10680.02070.08611.15297.36312.9432
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A39 - 333
2X-RAY DIFFRACTION2B39 - 332
3X-RAY DIFFRACTION3A1001 - 1106
4X-RAY DIFFRACTION4B1001 - 1106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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