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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rw4 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (K103N,Y181C) variant in complex with (E)-3-(3-chloro-5-(4-chloro-2-(2-(2,4-dioxo-3,4- dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)phenyl)acrylonitrile (JLJ494), a Non-nucleoside Inhibitor | ||||||
要素 |
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キーワード | Hydrolase/hydrolase Inhibitor / polymerase / transferase / hydrolase / RnaseH / Hydrolase-hydrolase Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.674 Å | ||||||
データ登録者 | Frey, K.M. / Anderson, K.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015 タイトル: Structure-Based Evaluation of Non-nucleoside Inhibitors with Improved Potency and Solubility That Target HIV Reverse Transcriptase Variants. 著者: Frey, K.M. / Puleo, D.E. / Spasov, K.A. / Bollini, M. / Jorgensen, W.L. / Anderson, K.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4rw4.cif.gz | 204.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4rw4.ent.gz | 161.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4rw4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/4rw4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/4rw4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63914.129 Da / 分子数: 1 / 変異: K103N, K172A, K173A, Y181C, C280S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Lentivirus 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: Bh10 isolate / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pCDF-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H |
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#2: タンパク質 | 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Lentivirus 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: Bh10 isolate / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pCDF-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase |
#3: 化合物 | ChemComp-494 / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.6 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 16-20% (w/v) PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, 5 mM spermine, and 50 mM citric acid (pH 7.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月29日 / 詳細: Monochrometer |
放射 | モノクロメーター: Cryogenically cooled double crystal monochrometer with horizontal focusing sagittal bend second mono crystal with 4:1 magnification ratio and vertically focusing mirror. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.63→50 Å / Num. all: 37152 / Num. obs: 37152 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 71.38 Å2 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 31.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.63→2.68 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1845 / Rsym value: 0.543 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB Code: 4H4M 解像度: 2.674→35.523 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.7561 / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.92 / 立体化学のターゲット値: Maximum Likelihood
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 155.79 Å2 / Biso mean: 67.6082 Å2 / Biso min: 13.49 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.674→35.523 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
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