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- PDB-4rvt: MAP4K4 in complex with a pyridin-2(1H)-one derivative -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rvt
タイトルMAP4K4 in complex with a pyridin-2(1H)-one derivative
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
キーワードTransferase/Transferase inhibitor / Pyridin-2(1H)-one Ligand / Type I / DFG-in / Serine/Threonine kinase / Transferase-Transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ARF protein signal transduction / creatine kinase activity / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of focal adhesion disassembly / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of focal adhesion assembly / regulation of MAPK cascade / regulation of JNK cascade / neuron projection morphogenesis / positive regulation of GTPase activity ...positive regulation of ARF protein signal transduction / creatine kinase activity / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of focal adhesion disassembly / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of focal adhesion assembly / regulation of MAPK cascade / regulation of JNK cascade / neuron projection morphogenesis / positive regulation of GTPase activity / MAPK cascade / microtubule binding / Oxidative Stress Induced Senescence / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of apoptotic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3XM / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Richters, A. / Becker, C. / Kleine, S. / Rauh, D.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: Neuritogenic Militarinone-Inspired 4-Hydroxypyridones Target the Stress Pathway Kinase MAP4K4.
著者: Schroder, P. / Forster, T. / Kleine, S. / Becker, C. / Richters, A. / Ziegler, S. / Rauh, D. / Kumar, K. / Waldmann, H.
履歴
登録2014年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Database references / Other
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5684
ポリマ－75,0722
非ポリマー4972
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area26530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.990, 90.250, 90.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4 / HPK/GCK-like kinase HGK / MAPK/ERK kinase kinase kinase 4 / MEK kinase kinase 4 / MEKKK 4 / Nck- ...HPK/GCK-like kinase HGK / MAPK/ERK kinase kinase kinase 4 / MEK kinase kinase 4 / MEKKK 4 / Nck-interacting kinase


分子量: 37535.883 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain (UNP residues 1-325) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HGK, KIAA0687, MAP4K4, NIK / プラスミド: pIEx/Bac3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O95819, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-3XM / 3-hexanoyl-4-hydroxy-5-(4-hydroxyphenyl)pyridin-2(1H)-one


分子量: 301.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19NO4
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 0.1M MES, 14% v/v PEG 8000, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00718 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月29日 / 詳細: Dynamic bendable mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00718 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→45.49 Å / Num. all: 26397 / Num. obs: 26382 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.47 % / Biso Wilson estimate: 58.827 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 16.64
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.012 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
2.4-2.466.81.791310019261926100
2.46-2.532.1812643187599.9
2.53-2.62.8112046181299.9
2.6-2.683.69114351772100
2.68-2.774.4410569171199.9
2.77-2.875.63105241671100
2.87-2.987.93108711608100
2.98-3.19.83105301549100
3.1-3.2412.44100171491100
3.24-3.3916.4193821419100
3.39-3.5820.5885061367100
3.58-3.7926.1379711305100
3.79-4.0631.6680021206100
4.06-4.3836.4674931140100
4.38-4.839.756712105499.9
4.8-5.3737.66563396599.7
5.37-6.238.27525784499.8
6.2-7.5943.384764747100
7.59-10.7350.77325757499.8
10.7355.06189834698.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.82 Å45.48 Å
Translation5.82 Å45.48 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 4U43

4u43


解像度: 2.4→45.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / WRfactor Rfree: 0.2621 / WRfactor Rwork: 0.1905 / FOM work R set: 0.7698 / SU B: 10.405 / SU ML: 0.236 / SU R Cruickshank DPI: 0.4443 / SU Rfree: 0.2939 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.444 / ESU R Free: 0.294 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2776 1319 5 %RANDOM
Rwork0.2087 ---
obs0.2121 26382 99.93 %-
all-26397 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 138.85 Å2 / Biso mean: 54.233 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.98 Å20 Å2-0 Å2
2--1.26 Å2-0 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4585 0 34 76 4695
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0194750
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2251.9636442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8725577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.14823.981216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.99815811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4531529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2706
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213595
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5615.4012317
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1218.082891
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.875.5772433
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 96 -
Rwork0.323 1825 -
all-1921 -
obs-1926 99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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