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- PDB-4rv7: Characterization of an essential diadenylate cyclase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rv7
タイトルCharacterization of an essential diadenylate cyclase
要素Diadenylate cyclase
キーワードTRANSFERASE / DAC-fold / ATP binding / c-di-AMP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


diadenylate cyclase / diadenylate cyclase activity / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
YojJ-like (1 / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain / Diadenylate cyclase CdaA, N-terminal domain / CdaA N-terminal transmembrane domain / Diadenylate cyclase CdaA / Diadenylate cyclase / : / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain superfamily / DisA bacterial checkpoint controller nucleotide-binding ...YojJ-like (1 / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain / Diadenylate cyclase CdaA, N-terminal domain / CdaA N-terminal transmembrane domain / Diadenylate cyclase CdaA / Diadenylate cyclase / : / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain superfamily / DisA bacterial checkpoint controller nucleotide-binding / Diadenylate cyclase (DAC) domain profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / HEXANE-1,6-DIOL / Diadenylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Dickmanns, A. / Neumann, P. / Ficner, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural and Biochemical Analysis of the Essential Diadenylate Cyclase CdaA from Listeria monocytogenes.
著者: Rosenberg, J. / Dickmanns, A. / Neumann, P. / Gunka, K. / Arens, J. / Kaever, V. / Stulke, J. / Ficner, R. / Commichau, F.M.
履歴
登録2014年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月25日Group: Database references
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32019年9月4日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rsym_value
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diadenylate cyclase
B: Diadenylate cyclase
C: Diadenylate cyclase
D: Diadenylate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,24713
ポリマ－84,0034
非ポリマー2,2449
水543
1
A: Diadenylate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6504
ポリマ－21,0011
非ポリマー6503
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Diadenylate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5323
ポリマ－21,0011
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Diadenylate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5323
ポリマ－21,0011
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Diadenylate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5323
ポリマ－21,0011
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.680, 130.680, 178.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (resseq 3:35 or resseq 44:152 or resseq...
21chain B and (resseq 3:35 or resseq 44:152 or resseq...
31chain C and (resseq 3:35 or resseq 44:152 or resseq...
41chain D and (resseq 3:35 or resseq 44:152 or resseq...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERALAALAchain A and (resseq 3:35 or resseq 44:152 or resseq...AA3 - 3522 - 54
12ILEILEGLUGLUchain A and (resseq 3:35 or resseq 44:152 or resseq...AA44 - 15263 - 171
13ATPATPATPATPchain A and (resseq 3:35 or resseq 44:152 or resseq...AE1001
21SERSERALAALAchain B and (resseq 3:35 or resseq 44:152 or resseq...BB3 - 3522 - 54
22ILEILEGLUGLUchain B and (resseq 3:35 or resseq 44:152 or resseq...BB44 - 15263 - 171
23ATPATPATPATPchain B and (resseq 3:35 or resseq 44:152 or resseq...BH1001
31SERSERALAALAchain C and (resseq 3:35 or resseq 44:152 or resseq...CC3 - 3522 - 54
32ILEILEGLUGLUchain C and (resseq 3:35 or resseq 44:152 or resseq...CC44 - 15263 - 171
33ATPATPATPATPchain C and (resseq 3:35 or resseq 44:152 or resseq...CJ1001
41SERSERALAALAchain D and (resseq 3:35 or resseq 44:152 or resseq...DD3 - 3522 - 54
42ILEILEGLUGLUchain D and (resseq 3:35 or resseq 44:152 or resseq...DD44 - 15263 - 171
43ATPATPATPATPchain D and (resseq 3:35 or resseq 44:152 or resseq...DL1001

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.160524, 0.824121, 0.543192), (0.882137, 0.127098, -0.45352), (-0.442794, 0.55197, -0.706585)36.1171, -71.906097, 34.603199
2given(0.107322, 0.880103, -0.462495), (0.822149, 0.183017, 0.539051), (0.559065, -0.438091, -0.703934)72.230103, -35.468899, -26.4676
3given(0.495519, 0.502494, -0.708492), (0.493988, 0.507886, 0.705711), (0.714448, -0.69968, 0.003442)0.283212, -65.037003, -45.916

-
要素

#1: タンパク質
Diadenylate cyclase / Cyclic-di-AMP synthase / c-di-AMP synthase


分子量: 21000.807 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 151-273 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal Strep TAG
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: dacA, lmo2120 / プラスミド: pBP33 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8Y5E4, diadenylate cyclase
#2: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.83 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 6-16 % 1,6 Hexanediol, 2 mM Spermine, 20 mM MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.77318 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月29日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.77318 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 38360 / Num. obs: 38360 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 78.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 0.985 / Net I/σ(I): 24.42
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.8-2.940.6812.74338745240199.7
2.94-3.090.4734.13299764341199.6
3.09-3.370.2387.67444286604199.5
3.37-3.910.09117.97515327858199.3
3.91-4.180.04832.86172262552199.3
4.18-4.450.03641.92129671974198.8
4.45-4.720.03143.8791011538198.4
4.72-140.02157.31505457906198.2
14-170.01477.84775157197.5
17-500.01670617190186.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
DNAデータ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FB5

2fb5


解像度: 2.8→48.864 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / σ(I): 0 / 位相誤差: 27.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2562 1918 5 %Random, thin shells
Rwork0.2399 ---
obs0.2407 38331 99.16 %-
all-38360 --
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 329.42 Å2 / Biso mean: 88.1814 Å2 / Biso min: 36.85 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a free: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.864 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4852 0 136 3 4991
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045055
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8896860
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057816
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003850
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6651901
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1015X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
12B1015X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
13C1017X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.015
14D1018X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.017
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.870.32781360.325325662702100
2.87-2.94760.33491350.311125592694100
2.9476-3.03430.34251350.317725742709100
3.0343-3.13230.34991350.302625702705100
3.1323-3.24420.33521360.293825682704100
3.2442-3.37410.28371350.27892566270199
3.3741-3.52760.2661360.2712590272699
3.5276-3.71350.34781360.27592582271899
3.7135-3.94610.27011370.243426092746100
3.9461-4.25060.22311370.21212593273099
4.2506-4.6780.23371360.2042600273699
4.678-5.35420.21491390.21742632277199
5.3542-6.74290.23041390.2322639277898
6.7429-48.8710.23131460.21992765291197
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.81541.0443-0.21143.73330.20192.03530.1003-0.20690.00670.1823-0.14540.22740.047-0.265-0.02390.4091-0.08920.00020.64830.01950.374-10.1051-63.54537.8502
21.66231.5988-0.30382.57431.06091.80840.04050.05520.1698-0.20920.0426-0.2695-0.37530.01520.02010.684-0.07140.00480.5980.07630.483511.7883-51.9113-10.0141
32.77591.4486-0.02681.472-0.44920.2610.01850.2804-0.4781-0.274-0.04-0.4455-0.090.25130.0990.6569-0.1157-0.02620.55780.06670.7106-12.3983-92.4563-1.5118
41.31490.63951.15872.18150.06551.30530.3037-0.1955-0.40050.2661-0.1147-0.43-0.03380.02440.18740.5381-0.2225-0.08140.60730.17350.683733.55-42.06958.6793
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA-1 - 1001
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB0 - 1001
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC-3 - 1001
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD1 - 1001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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