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- PDB-4ijx: Crystal structure of human Ap4A hydrolase E58A mutant complexed w... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ijx | ||||||
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Title | Crystal structure of human Ap4A hydrolase E58A mutant complexed with DPO | ||||||
![]() | Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical] | ||||||
![]() | HYDROLASE / NUDIX FOLD | ||||||
Function / homology | ![]() bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical) / bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (symmetrical) activity / AMP biosynthetic process / bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical) activity / ATP biosynthetic process / nucleobase-containing compound metabolic process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / apoptotic process / GTP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ge, H. / Chen, X. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of wild-type and mutant human Ap4A hydrolase. Authors: Ge, H. / Chen, X. / Yang, W. / Niu, L. / Teng, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 134.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 106.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 473.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 478.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 20.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3u53SC ![]() 4ickC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 17864.350 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E58A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P50583, bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical) |
---|
-Non-polymers , 5 types, 126 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/DPO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DPO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-MG / | ||
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#3: Chemical | ChemComp-DPO / | ||
#4: Chemical | ChemComp-GOL / | ||
#5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.67 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 285 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.4 Details: 0.1M Tris, 2.0M Ammonium phosphate monobasic, 5mM magnesium chloride, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Date: Jun 21, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→30 Å / Num. all: 21348 / Num. obs: 20214 |
Reflection shell | Resolution: 2.103→2.157 Å / Num. unique all: 1277 / % possible all: 98.9 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3u53 Resolution: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 8.654 / SU ML: 0.115 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.176 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 37.373 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.103→2.157 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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