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- PDB-4rv4: 2.65 Angstrom Resolution Crystal Structure of an orotate phosphor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rv4
タイトル2.65 Angstrom Resolution Crystal Structure of an orotate phosphoribosyltransferase from Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' in complex with 5-phospho-alpha-D-ribosyl diphosphate (PRPP)
要素Orotate phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / PYRIMIDINE RIBONUCLEOTIDE BIOSYNTHESIS / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / GLYCOSYLTRANSFERASE / PYRIMIDINE BIOSYNTHESIS / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Orotate phosphoribosyl transferase domain / Orotate phosphoribosyltransferase / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-PRP / Orotate phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Winsor, J. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 2.65 Angstrom resolution crystal structure of an orotate phosphoribosyltransferase from Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' in complex with 5-phospho-alpha-D-ribosyl diphosphate (PRPP)
著者: Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Winsor, J. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2014年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2014年12月17日ID: 3OSC
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Orotate phosphoribosyltransferase
B: Orotate phosphoribosyltransferase
C: Orotate phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,7317
ポリマ－76,4553
非ポリマー1,2764
水63135
1
A: Orotate phosphoribosyltransferase
B: Orotate phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8565
ポリマ－50,9702
非ポリマー8863
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area17720 Å2
手法PISA
2
C: Orotate phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子

C: Orotate phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7504
ポリマ－50,9702
非ポリマー7802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area17230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.268, 133.268, 151.348
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERTHRTHRAA-2 - 20922 - 233
21SERSERTHRTHRBB-2 - 20922 - 233
12SERSERALAALAAA-2 - 21022 - 234
22SERSERALAALACC-2 - 21022 - 234
13GLNGLNALAALABB-3 - 21021 - 234
23GLNGLNALAALACC-3 - 21021 - 234

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Orotate phosphoribosyltransferase / OPRT / OPRTase


分子量: 25484.902 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames Ancestor / 遺伝子: BAS3733, BA_4021, GBAA_4021, pyrE / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/pMAGIC / 参照: UniProt: Q81WF6, orotate phosphoribosyltransferase
#2: 糖 ChemComp-PRP / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / ALPHA-PHOSPHORIBOSYLPYROPHOSPHORIC ACID / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-ribose / PRPP


タイプ: D-saccharide / 分子量: 390.070 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H13O14P3
識別子タイププログラム
a-D-Ribf1PO35PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.02 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 7 MG/ML PROTEIN IN 10 MM TRIS/HCL PH 8.0, 500 MM NACL, 5 MM BME, 10 MM 5-PHOSPHO-ALPHA-D-RIBOSYL DIPHOSPHATE (PRPP). CRYSTALS GREW FROM 0.1 M MIB BUFFER PH 4.0, 25% (W/V) PEG1500 (THE PACT ...詳細: 7 MG/ML PROTEIN IN 10 MM TRIS/HCL PH 8.0, 500 MM NACL, 5 MM BME, 10 MM 5-PHOSPHO-ALPHA-D-RIBOSYL DIPHOSPHATE (PRPP). CRYSTALS GREW FROM 0.1 M MIB BUFFER PH 4.0, 25% (W/V) PEG1500 (THE PACT SUITE CONDITION #13), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月19日 / 詳細: Be Lenses/Diamond Laue Mono
放射モノクロメーター: DIAMOND[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→30 Å / Num. all: 18197 / Num. obs: 18197 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 64.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 20.82
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 983 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 3M3H

3m3h


解像度: 2.65→29.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 25.386 / SU ML: 0.255 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.357 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24181 919 5.1 %RANDOM
Rwork0.19581 ---
obs0.19814 17278 89.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 75.808 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.39 Å2-0 Å2-0 Å2
2---5.39 Å2-0 Å2
3---10.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→29.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4693 0 73 35 4801
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194881
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.024653
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6451.9816632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.128310766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.9235618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.54225.469192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.29615842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3481517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2764
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025423
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02988
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A11716
12B11716
21A11714
22C11714
31B11879
32C11879
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.714 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 89 -
Rwork0.294 1333 -
obs-1333 97.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.0750.00160.14871.8137-0.03160.8389-0.03650.1685-0.1183-0.1498-0.09860.1093-0.0167-0.0830.13510.2815-0.01750.00220.3293-0.08130.04348.0971-7.220115.5328
27.70142.86880.34663.1507-0.46931.1314-0.09610.0875-1.0091-0.2058-0.076-0.05390.0180.00830.17210.255-0.02270.01750.3135-0.12390.311148.3489-17.601615.236
312.24193.6122-1.39089.6531-3.10268.374-0.0731-0.6437-2.07230.2524-0.0461-1.21280.36010.27440.11910.06690.0675-0.0230.14190.09250.405668.9576-19.278420.1537
42.8236-0.0608-0.91920.20980.0741.42110.10780.19920.4451-0.04510.0434-0.0212-0.0572-0.06-0.15110.20580.0336-0.01730.2234-0.01940.086730.69948.552422.654
54.20661.4672-0.25562.16670.26492.08450.107-0.63510.50650.07820.0187-0.03560.00070.2411-0.12570.190.0301-0.01760.3571-0.1530.099342.77539.579431.6115
68.98630.6668-2.13361.06590.54651.00130.1777-0.31890.82450.2146-0.06160.15290.10280.0099-0.11610.230.03040.03440.2825-0.12390.11619.551412.872333.9331
74.8259-0.9113-2.84552.34330.38433.9865-0.0978-0.7541-0.07580.1008-0.05560.1682-0.37030.95090.15330.2974-0.0314-0.13770.52050.17350.209446.092846.866212.9958
82.7376-1.35-3.17725.61611.30045.7641-0.6794-0.6346-0.81180.1249-0.20750.36740.59391.00270.88680.47330.22330.08850.57520.31850.374449.868133.001111.4922
95.6136-1.4151-2.50483.70382.37154.7211-0.4009-1.9116-0.32580.78830.00170.44450.04621.01910.39920.73710.1138-0.10160.98190.18040.326939.330945.312330.2634
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 124
2X-RAY DIFFRACTION2A125 - 183
3X-RAY DIFFRACTION3A184 - 210
4X-RAY DIFFRACTION4B-7 - 95
5X-RAY DIFFRACTION5B103 - 152
6X-RAY DIFFRACTION6B153 - 210
7X-RAY DIFFRACTION7C-3 - 93
8X-RAY DIFFRACTION8C106 - 167
9X-RAY DIFFRACTION9C168 - 210

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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